Dissertation/ Thesis
Aspects of Penicillium genomics : Molecular combing genome assembly, genetic exchange in food and potential for secondary metabolite production ; Aspects de la génomique des Penicilliums : Assemblage de génome par Peignage Moléculaire, échange génétique dans les aliments et potentiel de production de métabolites secondaires
| العنوان: | Aspects of Penicillium genomics : Molecular combing genome assembly, genetic exchange in food and potential for secondary metabolite production ; Aspects de la génomique des Penicilliums : Assemblage de génome par Peignage Moléculaire, échange génétique dans les aliments et potentiel de production de métabolites secondaires |
|---|---|
| المؤلفون: | Cheeseman, Kevin |
| المساهمون: | MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé (MICALIS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AgroParisTech, Université Paris Sud - Paris XI, Pierre Renault |
| المصدر: | https://theses.hal.science/tel-01124167 ; Agricultural sciences. Université Paris Sud - Paris XI, 2013. English. ⟨NNT : 2013PA112280⟩ ; https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01124167. |
| بيانات النشر: | HAL CCSD |
| سنة النشر: | 2013 |
| مصطلحات موضوعية: | Molecular Combing, Fungi, Horizontal Gene transfer, Cheesemaking, Lateral Gene Transfer, Peignage Moléculaire, Penicillium, Champignons, Transfert horizontal de gène, Transfert lateral de gène, Fabrication du fromage, [SDV.SA]Life Sciences [q-bio]/Agricultural sciences |
| الوصف: | Penicillium are filamentous fungi belonging to the Ascomycota genus. Penicillium species have been used by Man for centuries in food making processes. More recently they have also been used in the biotechnology industry for the production of compounds of pharmaceutical interest. Some Penicillium species are food spoilage agents, pathogens of plants including fruits. Aspects of their genomics are largely unknown. In this study, we analysed the genomes of two newly sequenced species, Penicillium roqueforti and Penicillium camemberti. Here we report the development of a new methodology for improving and validating genome assembly using an original single DNA molecule technology, Molecular Combing. Using this methodology we were able to produce a high quality genome assembly of Penicillium roqueforti. This work also reports the multiple and recurrent horizontal transfer of a large genomic island of over half a megabase between several Penicillium species. This horizontal transfer indicates a higher frequency of lateral genetic exchange between cheesemaking fungi than previously expected. Finally, we present an early assessment of the genomic potential for secondary metabolite production in these important food associated penicilliums. ; Les Penicilliums sont des champignons filamenteux appartenant au genre Ascomycota. Ces champignons ont été utilisés par l’homme pour la production de nourriture depuis des siècles. Plus récemment, ils ont aussi été utilisés dans l’industrie biotechnologique pour la production de composés chimiques d’intérêts pharmaceutiques. Certaines espèces de Penicillium sont par ailleurs des moisissures contaminants certains aliments, d’autres sont des pathogènes de plantes, y compris de certains fruits. Leur génomique est globalement peut connue. Dans cette étude, nous avons analysé les génomes de deux espèces nouvellement séquencées, Penicillium roqueforti et Penicillium camemberti. Nous reportons ici le développement d’une nouvelle méthodologie pour l’amélioration et la validation d’assemblage ... |
| نوع الوثيقة: | doctoral or postdoctoral thesis |
| اللغة: | English |
| Relation: | NNT: 2013PA112280; tel-01124167; https://theses.hal.science/tel-01124167; https://theses.hal.science/tel-01124167/document; https://theses.hal.science/tel-01124167/file/2013PA112280.pdf; PRODINRA: 313099 |
| الاتاحة: | https://theses.hal.science/tel-01124167 https://theses.hal.science/tel-01124167/document https://theses.hal.science/tel-01124167/file/2013PA112280.pdf |
| Rights: | info:eu-repo/semantics/OpenAccess |
| رقم الانضمام: | edsbas.C390FA93 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| الوصف غير متاح. |