Academic Journal
Avian paramyxovirus 4 isolated from the mallard (Anas platyrhynchos, Linnaeus, 1758): the first case detected in the Western Caspian region ; Парамиксовирус птиц APMV‐4, выделенный от кряквы обыкновенной (Anas platyrhynchos, Linnaeus, 1758): первый случай обнаружения в Западном Прикаспии
| العنوان: | Avian paramyxovirus 4 isolated from the mallard (Anas platyrhynchos, Linnaeus, 1758): the first case detected in the Western Caspian region ; Парамиксовирус птиц APMV‐4, выделенный от кряквы обыкновенной (Anas platyrhynchos, Linnaeus, 1758): первый случай обнаружения в Западном Прикаспии |
|---|---|
| المؤلفون: | A. A. Derko, N. A. Dubovitskiy, T. A. Murashkina, I. A. Sobolev, M. V. Solomatina, A. Yu. Alekseev, M. G. Magomedov, J. Mine, Yu. Uchida, T. Saito, M. M. Kallaeva, K. A. Sharshov, А. А. Дёрко, Н. А. Дубовицкий, Т. А. Мурашкина, И. А. Соболев, М. В. Соломатина, А. Ю. Алексеев, М. Г. Магомедов, М. М. Каллаева, К. А. Шаршов |
| المساهمون: | This work was supported by grants from the Russian Science Foundation RSF 20‐44‐07001 "Distribution of RNA viruses of birds in North Asia and the Asia‐Pacific region: genetic diversity, pathogenic potential and prediction of the impact on poultry farming" (laboratory diagnostics, virological experiments, material collection, analysis) and the Russian Foundation for Basic Research RFBR 21‐54‐53031 "Comparative analysis of the diversity of the intestinal microbiome and virome in waterfowl of the Central Asian region (Qinghai plateau and the south of Western Siberia)" (analysis). It was also partially supported by project JPJ008837 "Commissioned projects for promotion of strategic international collaborative research" funded by the Ministry of Agriculture, Forestry and Fisheries of Japan., Работа поддержана грантами РНФ 20‐44‐07001 «Распространение РНК‐вирусов птиц в Северной Азии и Азиатско‐Тихоокеанском регионе: генетическое разнообразие, патогенный потенциал и прогнозирование влияния на птицеводство» (лабораторная диагностика, вирусологические эксперименты, сбор материала, анализ) и РФФИ 21‐54‐53031 «Сравнительный анализ разнообразия микробиома и вирома кишечника у водоплавающих птиц Центрально‐Азиатского региона (плато Цинхай и юг Западной Сибири)» (анализ). Также данное исследование частично поддержано проектом JPJ008837 "Commissioned projects for promotion of strategic international collaborative research", финансируемым Министерством сельского, лесного и рыбного хозяйства Японии. |
| المصدر: | South of Russia: ecology, development; Том 16, № 3 (2021); 81‐87 ; Юг России: экология, развитие; Том 16, № 3 (2021); 81‐87 ; 2413-0958 ; 1992-1098 ; 10.18470/1992-1098-2021-3 |
| بيانات النشر: | State Institute of Applied Ecology of the Republic of Dagestan |
| سنة النشر: | 2021 |
| المجموعة: | South of Russia: ecology, development (E-Journal) / Юг России: экология, развитие |
| مصطلحات موضوعية: | Западный Прикаспий, AAvV‐4, complete genome sequence, mallard, wild waterfowl, Western Caspian region, APMV‐4, дикие водоплавающие птицы |
| الوصف: | Aim. The work is aimed at exploring the molecular and genetic properties of avian paramyxovirus 4 (APMV‐4) isolated from the mallard duck. Material and Methods. In 2018, as a part of an influenza A virus surveillance programme, biological samples were collected from wild birds on Lake Adzhi (Papas) in the Republic of Dagestan. The isolation of virus strains from biological samples was performed using 10‐day‐old special pathogen‐free chicken eggs. The primary detection of hemagglutinating agents in the fluid of the allantoic cavity was carried out via hemagglutination assay. The presence of RNA of the influenza A virus was determined using Real Time PCR. Then, for samples negative in PCR for the influenza A virus, the complete genome DNA sequences were established using NGS sequencing. It was determined that the APMV‐4 strain obtained belonged to intraspecific genetic lines was determined using phylogenetic analysis.Results. APMV‐4 strain was isolated for the first time in the Western Caspian region. Phylogenetic analysis of the complete genome and gene F showed that the APMV‐4/mallard/Dagestan/92d/2018 strain belongs to the Eurasian clade of subgenotypes. Analysis of amino acid substitutions showed that the cleavage site of the fusion protein is monobasic which is characteristic of lentogenic strains.Conclusion. During the surveillance program for influenza A viruses in autumn 2018, the APMV‐4 strain was isolated from the mallard duck. Analysis revealed that the APMV‐4 strain was closely phylogenetically related to strains isolated from two wild and one domestic duck from China. This suggests an interconnection between the bird populations in China and the Western Caspian region within the West Asian‐East African migration route. ; Цель. Исследовать молекулярно‐генетические свойства парамиксовируса птиц 4 (APMV‐4), выделенного от кряквы обыкновенной (Anas platyrhynchos).Материалы и методы. В 2018 году в рамках мониторинга вирусов гриппа А был проведён сбор биологического материала от диких птиц на озере Аджи ... |
| نوع الوثيقة: | article in journal/newspaper |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | Russian |
| Relation: | https://ecodag.elpub.ru/ugro/article/view/2281/1222; Kariithi H.M., Ferreira H.L., Welch C.N., Ateya L.O., Apopo A.A., Zoller R., Volkening J.D., Williams‐Coplin D., Parris D.J., Olivier T.L., Goldenberg D., Binepal Y.S., Hernandez S.M., Afonso C.L., Suarez D.L. Surveillance and Genetic Characterization of Virulent Newcastle Disease Virus Subgenotype V.3 in Indigenous Chickens from Backyard Poultry Farms and Live Bird Marketsin Kenya // Viruses. 2021. V. 13. Iss. 1. P. 103. DOI:10.3390/v13010103; Newcastle disease: OIE ‐ World Organisation for Animal Health. URL: https://www.oie.int/en/animal-health-in-theworld/animal-diseases/newcastle-disease/ (дата обращения: 17.01.2021); Shortridge K.F., Alexander D.J. Incidence and preliminary characterisation of a hitherto unreported, serologically distinct, avian paramyxovirus isolated in Hong Kong // Res Vet Sci. 1978. N 1 (25). P. 128‐130.; Warke A., Stallknecht D., Williams S.M., Pritchard N., Mundt E. Comparative study on the pathogenicity and immunogenicity of wild bird isolates of avian paramyxovirus 2, 4, and 6 in chickens // Avian Pathology. 2008. V. 37. Iss. 4. P. 429‐434. DOI:10.1080/03079450802216645; Zhang Q., Liu J., Han S., Wang B., Su Q., Yuan G., He H. Genetic and evolutionary characterization of avian paramyxovirus type 4 in China // Infection, Genetics and Evolution. 2021. V. 91. P. 104777. DOI:10.1016/j.meegid.2021.104777; Tseren‐Ochir E.O., Yuk S.S., Khishgee B., Kwon J.H., Noh J.Y., Hong W.T., Jeong J.H., Gwon G.B., Jeong S., Kim Y.J., Kim J.B., Lee J.H., Kim K.J., Damdinjav B., Song C.S. Molecular characterization of avian paramyxovirus types 4 and 8 isolated from wild migratory waterfowl in Mongolia // Journal of Wildlife Diseases. 2018. V. 54. Iss. 2. P. 342‐346. DOI:10.7589/2017‐03‐067; Yin R., Zhang P., Liu X., Chen Y., Tao Z., Ai L., Li J., Yang Y., Li M., Xue C., Qian J., Wang X., Chen J., Li Y., Xiong Y., Zhang J., Stoeger T., Bi Y., Chen J., Ding Z. Dispersal and transmission of avian paramyxovirus serotype 4 among wild birds and domestic poultry // Frontiers in Cellular and Infection Microbiology. 2017. V. 7. P. 212. DOI:10.3389/fcimb.2017.00212; Abolnik C., Castro M. de, Rees J. Full genomic sequence of an African Avian Paramyxovirus Type 4 strain isolated from a wild duck // Virus Genes. 2012. V. 45. Iss. 3. P. 537‐541. DOI:10.1007/s11262‐012‐0805‐y; Tseren‐Ochir E.O., Kwon J.H., Noh J.Y., Jeong J.H., Jeong S., Kim K.J., Lee J.H., Kim J.B., Kim Y.J., Lee S.H., Kim J.Y., Song C.S. Molecular characterization and genetic diversity of avian paramyxovirus type 4 isolated in South Korea from 2013 to 2017 // Infection, Genetics and Evolution. 2018. V. 61. P. 127‐133. DOI:10.1016/j.meegid.2018.03.025; Shortridge K.F., Alexander D.J., Collins M.S. Isolation and Properties of Viruses from Poultry in Hong Kong which Represent a New (Sixth) Distinct Group of Avian Paramyxoviruses // The Journal of general virology. 1980. V. 49. Iss. 2. P. 255‐262. DOI:10.1099/0022‐1317‐49‐22551980; McGinnes L.W., Pantua H., Reitter J., Morrison T.G. Newcastle disease virus: propagation, quantification, and storage // Curr Protoc Microbiol. 2006. V. 1. Iss. 1. P. 15F.2.1‐15F.2.18. DOI:10.1002/9780471729259.mc15f02s01; Kumar S., Stecher G., Li M., Knyaz C., Tamura K. MEGA X: Molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms // Molecular Biology and Evolution. 2018. V. 35. Iss. 6. P. 1547‐1549. DOI:10.1093/molbev/msy096; Home – Nucleotide – NCBI. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/ (дата обращения: 17.01.2021); Алексеев A.Ю., Мурашкина Т.А., Джамалутдинов Д.М., Абдуллаев С.С., Ахмедрабаданов Х.А., Шаршов К.А. Анализ миграций птиц водного и околоводного комплекса на территории Республики Дагестан и обоснование выбора ключевых точек мониторинга гриппа А // Юг России: экология, развитие. 2019. T. 14. N 1. C. 137‐149. DOI:10.18470/1992‐1098‐2019‐1‐137‐149; Liu H., Servan de Almeida R., Gil P., Albina E. Cleavage site of Newcastle disease virus determines viral fitness in persistent infection cells // Veterinary Microbiology. 2018. V. 216. C. 123‐131. DOI:10.1016/j.vetmic.2018.02.006; https://ecodag.elpub.ru/ugro/article/view/2281 |
| DOI: | 10.18470/1992-1098-2021-3-81-87 |
| الاتاحة: | https://ecodag.elpub.ru/ugro/article/view/2281 https://doi.org/10.18470/1992-1098-2021-3-81-87 |
| Rights: | Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). ; Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). |
| رقم الانضمام: | edsbas.ADB90C53 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| DOI: | 10.18470/1992-1098-2021-3-81-87 |
|---|