Academic Journal
OPTIMIZATION OF THE TECHNOLOGICAL SCHEME FOR THE PRODUCTION OF PREPARATIONS FOR GENE DIAGNOSTICS OF PARTICULARLY DANGEROUS INFECTIOUS DISEASES USING POLYMERASE CHAIN REACTION WITH HYBRIDIZATION-FLUORESCENT REGISTRATION OF RESULTS ; ОПТИМИЗАЦИЯ ТЕХНОЛОГИЧЕСКОЙ СХЕМЫ ПРОИЗВОДСТВА ПРЕПАРАТОВ ДЛЯ ГЕННОЙ ДИАГНОСТИКИ ОСОБО ОПАСНЫХ ИНФЕКЦИОННЫХ БОЛЕЗНЕЙ МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ
| العنوان: | OPTIMIZATION OF THE TECHNOLOGICAL SCHEME FOR THE PRODUCTION OF PREPARATIONS FOR GENE DIAGNOSTICS OF PARTICULARLY DANGEROUS INFECTIOUS DISEASES USING POLYMERASE CHAIN REACTION WITH HYBRIDIZATION-FLUORESCENT REGISTRATION OF RESULTS ; ОПТИМИЗАЦИЯ ТЕХНОЛОГИЧЕСКОЙ СХЕМЫ ПРОИЗВОДСТВА ПРЕПАРАТОВ ДЛЯ ГЕННОЙ ДИАГНОСТИКИ ОСОБО ОПАСНЫХ ИНФЕКЦИОННЫХ БОЛЕЗНЕЙ МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ С ГИБРИДИЗАЦИОННО-ФЛУОРЕСЦЕНТНЫМ УЧЕТОМ РЕЗУЛЬТАТОВ |
|---|---|
| المؤلفون: | A. V. Stepanov, N. A. Osina, N. V. Mayorov, А. В. Степанов, Н. А. Осина, Н. В. Майоров |
| المصدر: | Problems of Particularly Dangerous Infections; № 3 (2017); 105-109 ; Проблемы особо опасных инфекций; № 3 (2017); 105-109 ; 2658-719X ; 0370-1069 ; 10.21055/0370-1069-2017-3 |
| بيانات النشر: | Russian Research Anti-Plague Institute “Microbe” |
| سنة النشر: | 2017 |
| المجموعة: | Problems of Particularly Dangerous Infections (E-Journal) / Проблемы особо опасных инфекций |
| مصطلحات موضوعية: | синтез зондов, gene diagnostic preparations, detection, 6-carboxyfluorescein, pathogenic biological agents, probe synthesis, генодиагностические препараты, детекция, 6-карбоксифлуоресцеин, патогенные биологические агенты |
| الوصف: | Objective of the study was to optimize technological scheme for the production of preparation for gene diagnostics of plague with hybridization-fluorescent registration (HFR) of results, which is associated with the assessment and selection of synthesis conditions and method of oligonucleotide probe purification included into the kit and carrying fluorophore (6-carboxyfluorescein) and quencher (Black Hole Quencher-1) tags, as well as to evaluate their properties and implement this new technological line into manufacturing.Materials and methods. The object of investigation was the reagent panel “Gene Yersinia pestis Identification-HFR” and its constituent elements, probes and primers, providing for hmsH gene amplification. Synthesis of the primers and probes was carried out in 8-well DNA synthesizer ASM-800 (Bioset, Russia), using solid phosphite amid method. For the experiments the probes obtained were purified either by means of electrophoresis in 20 % polyacrylamide gel (size 20×20) or (size 8×10) with further purification through RP-cartridges in semi-automated mode in OPS-201 system and manually, or on RP-cartridges only in manual mode; or applying highperformance liquid chromatography (HPLC). Specific activity of the produced probes was tested by polymerase chain reaction using the DNA isolated from bacterial suspensions of Yersinia pestis C-624 strain, in concentrations up to 1·103 – 1·106 mc/ml.Results and conclusions. Optimized has been synthesis technology; selected has been the method for oligonucleotide probe purification, carrying phluorophore-6-carboxyphluorescin and Black Hole Quencher-1. Demonstrated is viability of applying the stated oligonucleotides or HPLC, or electrophoresis in 20 % polyacrylamide gel with 7 M urea and further purification through RP-cartridges in manual mode for purification purposes. Introduction of the optimized technological scheme in manufacturing of preparations for gene indication and identification of particularly dangerous pathogens with hybridization-fluorescent ... |
| نوع الوثيقة: | article in journal/newspaper |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | Russian |
| Relation: | https://journal.microbe.ru/jour/article/view/422/419; Куклев В.Е., Осина Н.А., Бугоркова Т.В., Кутырев В.В. Набор и способ для ускоренной идентификации чумного микроба с одновременной дифференциацией вирулентных и авирулентных штаммов Y. pestis, определением их плазмидного профиля. Патент РФ № 2473701. 2013.Бюлл. 3 от 27.01.2013.; Олиго Кальк: Программа для расчета свойств олигонуклеотидов (праймеров). Интернет-портал биологического факультета Белорусского Государственного Университета. http:// bio.bsu.by/molbiol/index.php?pg=oligocalc (дата обращения 24.04.2017).; Поллард Дж. Справочник по вычислительным методам статистики. М.: Финансы и статистика; 1982. 344 с.; Ke G., Zhu Z., Wang W., Zou Y., Guan Z., Jia S., Zhang H., Wu X., Yang C.J. A Cell-Surface-Anchored Ratiometric Fluorescent Probe for Extracellular pH Sensing. ACS Appl. Mater. Interfaces. 2014; 6(17):15329–34. DOI:10.1021/am503818n.; Mullah B., Livak K., Andrus A., Kenney P. Efficient synthesis of double dye-labeled oligodeoxyribonucleotide probes and their application in a real time PCR assay. Nucleic Acids Res. 1998; 26(4):1026–31. DOI:10.1093/nar/26.4.1026.; Tatarinova O.N., Lukyanova T.N., Zaitseva M.A., Veremeev K.Y., Karpov V.A., Chuvilin A.N., Petrunin D.D., Pozmogova G.E. Significance of Methods for Purification of Oligodeoxyribonucleotide Probes for the Efficiency of Gene Diagnosis by Real-Time PCR. Bull. Exp. Biol. Med. 2008; 145(3):312–6. DOI:10.1007/s10517-008-0078-6.; https://journal.microbe.ru/jour/article/view/422 |
| DOI: | 10.21055/0370-1069-2017-3-105-109 |
| الاتاحة: | https://journal.microbe.ru/jour/article/view/422 https://doi.org/10.21055/0370-1069-2017-3-105-109 |
| Rights: | Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). ; Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). |
| رقم الانضمام: | edsbas.7B45A132 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| DOI: | 10.21055/0370-1069-2017-3-105-109 |
|---|