Academic Journal
Analysis of KDM3A and DBX2 gene polymorphism for differentiation of Sus scrofa domesticus duroc pigs ; Анализ полиморфизма генов KDM3A и DBX2 для дифференциации свиней породы дюрок вида Sus scrofa domesticus
| العنوان: | Analysis of KDM3A and DBX2 gene polymorphism for differentiation of Sus scrofa domesticus duroc pigs ; Анализ полиморфизма генов KDM3A и DBX2 для дифференциации свиней породы дюрок вида Sus scrofa domesticus |
|---|---|
| المؤلفون: | V. N. Kipen, M. E. Mikhailova, E. V. Snytkov, R. I. Sheyko, В. Н. Кипень, М. Е. Михайлова, Е. В. Снытков, Р. И. Шейко |
| المصدر: | Doklady of the National Academy of Sciences of Belarus; Том 67, № 2 (2023); 119-125 ; Доклады Национальной академии наук Беларуси; Том 67, № 2 (2023); 119-125 ; 2524-2431 ; 1561-8323 ; 10.29235/1561-8323-2023-67-2 |
| بيانات النشر: | The Republican Unitary Enterprise Publishing House "Belaruskaya Navuka" |
| سنة النشر: | 2023 |
| المجموعة: | Doklady of the National Academy of Sciences of Belarus (E-Journal) / Доклады Национальной академии наук Беларуси |
| مصطلحات موضوعية: | генотипирование in silico, domestic pig, Duroc, single nucleotide polymorphism, differentiation, PCR-RFLP, in silico genotyping, домашняя свинья, дюрок, однонуклеотидный полиморфизм, дифференциация, ПЦР-ПДРФ |
| الوصف: | Genotyping of individuals of 7 commercial breeds of domestic pigs was carried out: Duroc, Landrace, Belarusian Large White, Belarusian Black-and-White, Belarusian meat, Pietrain and Yorkshire for the KDM3A and DBX2 genes. The high breed-specific potential of polymorphic loci g.58335217A>G (KDM3A gene) and g.75953650G>T (DBX2 gene) for differentiation of Duroc pigs of the species Sus scrofa domesticus was confirmed. A test model for differentiation of Duroc individuals by bioinformatic assessment of a total contribution of two SNPs of the KDM3A and DBX2 genes was proposed. This test model has no analogues in the world, and its estimation accuracy and specificity are 98.76 and 99.68 %, respectively. Using PCR-RFLP, a fast and simple approach has been developed to differentiate the Duroc breed based on the proposed test model. ; Проведено генотипирование особей 7 коммерческих пород домашних свиней: дюрок, ландрас, белорусская крупная белая, белорусская черно-пестрая, белорусская мясная, пьетрен и йоркшир по генам KDM3A и DBX2. Подтвержден высокий породоспецифичный потенциал полиморфных локусов g.58335217A>G (ген KDM3A) и g.75953650G>T (ген DBX2) для дифференциации свиней породы дюрок вида Sus scrofa domesticus. Предложена тест-модель для дифференциации особей породы дюрок по биоинформатической оценке совокупного вклада двух SNP генов KDM3A и DBX2. Данная тест-модель не имеет мировых аналогов, а точность ее оценки и специфичности составляет 98,76 и 99,68 % соответственно. С использованием ПЦР-ПДРФ разработан быстрый и простой подход для дифференциации породы дюрок на основании предложенной тест-модели. |
| نوع الوثيقة: | article in journal/newspaper |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | Russian |
| Relation: | https://doklady.belnauka.by/jour/article/view/1119/1118; Шейко, И. П. Свиноводство / И. П. Шейко, В. С. Смирнов. – Минск, 2005. – 384 с.; Identification of high utility SNPs for population assignment and traceability purposes in the pig using high-throughput sequencing / A. M. Ramos [et al.] // Anim. Genet. – 2011. – Vol. 42, N 6. – P. 613–620. https://doi.org/10.1111/j.1365-2052.2011.02198.x; Шейко, И. П. Белорусский внутрипородный тип свиней в породе дюрок / И. П. Шейко, Р. И. Шейко, Т. Н. Тимошенко // Вес. Нац. акад. навук Беларусі. Сер. аграр. навук. – 2016. – № 2. – С. 92–97.; Кипень, В. Н. Использование полногеномных данных проектов NGS для поиска решения криминалистической задачи по дифференциации диких кабанов и домашних свиней на основе анализа SNP / В. Н. Кипень // Молекулярная диагностика–2017: IX Всерос. науч.-практ. конф., 18–20 апр. 2017 г.: сб. материалов. – М., 2017. – С. 305–306.; Оценка интрогрессии генов свиньи домашней (Sus scrofa domesticus) в генофонд дикого кабана (Sus scrofa scrofa) на основе исследования полиморфизма генов MC1R и NR6A1 / В. Н. Кипень [и др.] // Молекулярная и прикладная генетика. – Минск, 2019. – Т. 26. – С. 83–95.; Биоинформатический анализ геномов коммерческих пород домашних свиней для идентификации породоспецифичных SNP / В. Н. Кипень [и др.] // Вес. Нац. акад. навук Беларусі. Сер. аграр. навук. – 2021. – Т. 59, № 4. – С. 464–476. https://doi.org/10.29235/1817-7204-2021-59-4-464-476; Дифференциация пород домашних свиней c использованием расширенного биоинформатического анализа SNP / В. Н. Кипень [и др.] // Докл. Нац. акад. наук Беларуси. – 2022. – Т. 66, № 3. – С. 301–309. https://doi.org/10.29235/1561-8323- 2022-66-3-301-309; Анализ полиморфизма гена гефестина (HEPH) на X-хромосоме для установления принадлежности биологических образцов к диким или домашним представителям вида Sus scrofa / В. Н. Кипень [и др.] // Генетика. – 2020. – Т. 56, № 9. – C. 1054–1064.; Okonechnikov, K. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit / K. Okonechnikov, O. Golosova, M. Fursov // Bioinformatics. – 2012. – Vol. 28, N 8. – P. 1166–1167. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091; Multifactor-dimensionality reduction reveals high-order interactions among estrogen-metabolism genes in sporadic breast cancer / M. D. Ritchie [at al.] // Am. J. Hum. Genet. – 2001. – Vol. 69, N 1. – P. 138–147. https://doi.org/10.1086/321276; https://doklady.belnauka.by/jour/article/view/1119 |
| DOI: | 10.29235/1561-8323-2023-67-2-119-125 |
| الاتاحة: | https://doklady.belnauka.by/jour/article/view/1119 https://doi.org/10.29235/1561-8323-2023-67-2-119-125 |
| Rights: | Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). ; Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). |
| رقم الانضمام: | edsbas.585F7CE2 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| DOI: | 10.29235/1561-8323-2023-67-2-119-125 |
|---|