Dissertation/ Thesis
Microbial communities through the lens of high throughput sequencing, data integration and metabolic networks analysis ; Μικροβιακές κοινότητες υπό το πρίσμα της αλληλουχίας υψηλής απόδοσης, της ολοκλήρωσης δεδομένων και της ανάλυσης μεταβολικών δικτύων
| العنوان: | Microbial communities through the lens of high throughput sequencing, data integration and metabolic networks analysis ; Μικροβιακές κοινότητες υπό το πρίσμα της αλληλουχίας υψηλής απόδοσης, της ολοκλήρωσης δεδομένων και της ανάλυσης μεταβολικών δικτύων |
|---|---|
| المؤلفون: | Zafeiropoulos, Charalampos, Ζαφειρόπουλος, Χαράλαμπος |
| بيانات النشر: | University of Crete (UOC) Πανεπιστήμιο Κρήτης |
| سنة النشر: | 2022 |
| المجموعة: | National Archive of PhD Theses (National Documentation Centre Greece) |
| مصطلحات موضوعية: | Ολοκλήρωση δεδομένων, Μετακωδικοποίηση, Περιβαλλοντικό DNA, Μεταβολική μοντελοποίηση, Δειγματοληψία ροής, Yπεραλατώδεις μικροβιακοί τάπητες, Data integration, Metabarcoding, Environmental DNA, Metabolic modelling, Flux sampling, Hypersaline microbial mats, Βιολογία, Φυσικές Επιστήμες, Μαθηματική και Υπολογιστική βιολογία, Μικροβιολογία, Biological Sciences, Natural Sciences, Mathematical and Computational Biology, Microbiology |
| الوصف: | Οι μικροβιακές κοινότητες αποτελούν ακρογωνιαίο λίθο για τους περισσότερους τύπους οικοσυστημάτων. Για να διευκρινιστούν οι μηχανισμοί που καθορίζουν τέτοιες κοινότητες είναι καθοριστικής σημασίας η αναγνώριση των τάξων που τις απαρτίζουν (ποιος) καθώς και των διεργασιών που πραγματοποιούνται (τι) στους διάφορους τύπους περιβαλλόντων (που). Χάρη σε μια σειρά τεχνολογικών επιτευγμάτων, ιδιαίτερα μεγάλες ποσότητες πληροφορίας/δεδομένων από όλα τα επίπεδα οργάνωσης της ζωής έχουν σωρευτεί τις τελευταίες δεκαετίες. Σε αυτό το πλαίσιο, οι μελέτες μικροβιακής οικολογίας είναι άρρηκτα συνδεδεμένες και βασίζονται σε βιοπληροφορικές μεθόδους και αναλύσεις. Ωστόσο, έχει προκύψει ένας σημαντικός αριθμός προκλήσεων τόσο από την βιολογική σκοπιά όσο και από αυτήν την επιστήμης υπολογιστών. Μεταξύ αυτών, καθοριστικό ερώτημα αποτελεί το τι μπορούμε να κάνουμε με όλα αυτά τα επιμέρους κομμάτια πληροφορίας·. Το παράδειγμα της Βιολογίας Συστημάτων απαντά σε αυτό το ερώτημα περνώντας από πιο αναγωγικές σε πιο ολιστικές προσεγγίσεις προσπαθώντας να ερμηνεύσει το πως προκύπτουν και συνδέονται οι ιδιότητες ενός συστήματος.Στόχος αυτής της διδακτορικής διατριβής ήταν να ενισχύσει την ανάλυση δεδομένων από μικροβιώματα αναπτύσσοντας λογισμικά εργαλεία που να απαντούν σε τρέχουσσες υπολογιστικές προκλήσεις για την μελέτη μικροβιακών κοινοτήτων. Επιπλέον, να μελετήσει μικροβιακές κοινότητες σε ακραία περιβάλλοντα εφαρμόζοντας σύγχρονες μεθόδους για την αναγνώριση τάξων και διεργασιών. Για την επίτευξη αυτού του στόχου, το έλος Τριστόμου στο νησί της Καρπάθου, επιλέχθηκε ως περιοχή μελέτης.Το περιβαλλοντικό DNA και η μέθοδος της μετακωδικοποίησης έχουν χρησιμοποιηθεί σημαντικά για την εκτίμηση της βιοποικιλότητας (ποιος) και τη δομή των κοινοτήτων. Σημαντικός αριθμός αλληλουχικών δεδομένων που στοχεύουν σε ορισμενα γονίδια δείκτες και που εξαρτόνται από τις ταξινομικές ομάδες στόχους, είναι διαθέσιμα χάρη στις τεχνικές αλληλούχισης υψηλής απόδοσης HTS. Ωστόσο, η βιοπληροφορική ανάλυση τέτοιων δεδομένων απαιτούν μεγάλο αριθμό βημάτων και ... |
| نوع الوثيقة: | doctoral or postdoctoral thesis |
| اللغة: | English |
| Relation: | http://hdl.handle.net/10442/hedi/52097 |
| DOI: | 10.12681/eadd/52097 |
| الاتاحة: | http://hdl.handle.net/10442/hedi/52097 https://doi.org/10.12681/eadd/52097 |
| رقم الانضمام: | edsbas.5599D357 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| DOI: | 10.12681/eadd/52097 |
|---|