Academic Journal
Some structural properties of recombinant HIV-1 protease ; Một số đặc điểm cấu trúc của protease HIV-1 tái tổ hợp
| العنوان: | Some structural properties of recombinant HIV-1 protease ; Một số đặc điểm cấu trúc của protease HIV-1 tái tổ hợp |
|---|---|
| المؤلفون: | Hong Loan, Nguyen Thi, Sang, Nguyen Van, Thai, Trinh Hong, Nghia, Phan Tuan, Thuan, Bui Phuong |
| المصدر: | TAP CHI SINH HOC; Vol 37, No 4 (2015); 520-527 ; Academia Journal of Biology; Vol 37, No 4 (2015); 520-527 ; 2615-9023 |
| بيانات النشر: | Publishing House for Science and Technology |
| سنة النشر: | 2016 |
| المجموعة: | Vietnam Academy of Science and Technology: Journals Online |
| مصطلحات موضوعية: | 3D structure, HIV-1, HIV-1 protease, primary structure, secondary structure |
| الوصف: | HIV-1PrHis Protease was produced in the recombinant form of 114 amino acid residues (ca. 12.8 kDa), consisting of 99 amino acid peptide of HIV-1 protease fused with TEV and 6xHis sequences at the C terminal. The MS/MS analysis indicated that the amino acid sequence of HIV-1PrHis was exactly the same as theoretically designed. The circular dichroism spectrum of the HIV-1PrHis showed clear β sheet with a negative peak at 205 nm and intensity of nearly -8 mdeg. By using ProMod-II software and based on 3D structures of reported HIV-1 proteases, 3D structure of the HIV-1PrHis was deduced, it had RMSD of 0.154 Å; TM-score of 0.9882 and Z-core in the same range of the known HIV-1proteases analyzed by NMR and X-ray diffraction. The obtained results will enable to use the recombinant HIV-1PrHis for screening its inhibitors. ; Protease của HIV-1 (protease HIV-1) tái tổ hợp được tạo ra dưới dạng protein dung hợp chứa 114 gốc axit amin, bao gồm chuỗi peptide của protease HIV-1 (99 gốc axit amin), trình tự nhận biết của protease virus Etch thuốc lá (TEV, 7 gốc axit amin) và 6 gốc histidine, có khối lượng phân tử gần 12,8 kDa. Các kết quả phân tích cấu trúc bậc một bằng khối phổ MS/MS đã khẳng định trình tự axit amin của protease là hoàn toàn (100%) tương đồng với trình tự axit amin như tính toán lý thuyết. Cấu trúc bậc hai của protease HIV-1 có dạng gấp nếp β (β sheet) rõ rệt với đỉnh phổ âm tại bước sóng 205 nm và cường độ gần -8 mdeg bằng phuơng pháp phổ CD (circular Dichroism). Bằng việc sử dụng phần mềm SWISS-MODEL và các cấu trúc protease HIV-1 đã công bố, cấu trúc 3D của protease HIV-1 đã được dự đoán với các chỉ số tin cậy như TM-score là 0,9982; Z-core là tối ưu so với Z-core của các cấu trúc protein thu được từ phương pháp NMR và X-ray; hầu hết các góc Phi và Psi đều nằm trong vùng tối ưu. Theo đó, protease HIV-1 là một homodimer với dạng chủ yếu là phiến gấp nếp β. Kết quả nghiên cứu là cơ sở để sử dụng protease HIV-1 dạng dung hợp trong việc sàng lọc các chất ức chế của enzyme. |
| نوع الوثيقة: | article in journal/newspaper |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | English |
| Relation: | http://vjs.ac.vn/index.php/vjbio/article/view/7522/6630; http://vjs.ac.vn/index.php/vjbio/article/downloadSuppFile/7522/1502; http://vjs.ac.vn/index.php/vjbio/article/downloadSuppFile/7522/1504; http://vjs.ac.vn/index.php/vjbio/article/downloadSuppFile/7522/1505; http://vjs.ac.vn/index.php/vjbio/article/downloadSuppFile/7522/1506; http://vjs.ac.vn/index.php/vjbio/article/downloadSuppFile/7522/1507; http://vjs.ac.vn/index.php/vjbio/article/view/7522 |
| DOI: | 10.15625/0866-7160/v37n4.7522 |
| الاتاحة: | http://vjs.ac.vn/index.php/vjbio/article/view/7522 https://doi.org/10.15625/0866-7160/v37n4.7522 |
| رقم الانضمام: | edsbas.548ED57F |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| DOI: | 10.15625/0866-7160/v37n4.7522 |
|---|