Academic Journal
DNA barcoding: how many earthworm species are there in the south of West Siberia? ; ДНК-штрихкодирование: сколько видов дождевых червей живет на юге Западной Сибири?
| العنوان: | DNA barcoding: how many earthworm species are there in the south of West Siberia? ; ДНК-штрихкодирование: сколько видов дождевых червей живет на юге Западной Сибири? |
|---|---|
| المؤلفون: | S. V. Shekhovtsov, N. E. Bazarova, D. I. Berman, N. A. Bulakhova, E. V. Golovanova, S. V. Konyaev, T. M. Krugova, I. I. Lyubechanskii, S. E. Peltek, С. В. Шеховцов, Н. Э. Базарова, Д. И. Берман, Н. А. Булахова, Е. В. Голованова, С. В. Коняев, Т. М. Кругова, И. И. Любечанский, С. Е. Пельтек |
| المساهمون: | бюджетный проект VI.58.1.3, Государственным заданием 6.1957.2014/К и грант Президента Российской Федерации MK-6685.2015.4, Т.С.Всеволодова-Перель |
| المصدر: | Vavilov Journal of Genetics and Breeding; Том 20, № 1 (2016); 125-130 ; Вавиловский журнал генетики и селекции; Том 20, № 1 (2016); 125-130 ; 2500-3259 |
| بيانات النشر: | Institute of Cytology and Genetics of Siberian Branch of the RAS |
| سنة النشر: | 2016 |
| المجموعة: | Vavilov Journal of Genetics and Breeding / Вавиловский журнал генетики и селекции |
| مصطلحات موضوعية: | цитохром оксидаза 1, Lumbricidae, West Siberia, DNA barcoding, cox1, cytochrome oxidase, Западная Сибирь, ДНК-штрихкодирование |
| الوصف: | Earthworms are a widespread and ecologically important group of animals, which has the highest total biomass in some ecosystems and often defines the composition of soil fauna. Earthworms are known to have high cryptic genetic diversity. In this study we attempted to estimate earthworm species diversity in the south of West Siberia by DNA barcoding. This method employs short fragments of the genome to identify species, and allows one to work with specimens that cannot be identified by conventional techniques, as well as to search for new species and predict their phylogenetic affinities. As the target sequence we took a fragment of the mitochondrial cytochrome oxidase 1 (cox1) gene. The studied territory (Novosibirsk and Tomsk oblasts, Altai krai, and the Altai Republic) is known to contain 16 species and subspecies of earthworms. We analyzed 259 individuals from twelve locations and detected 27 genetic clusters. Ten of them correspond to known species (A. caliginosa, E. fetida, O. tyrtaeum, D. r. tenuis, D. octaedra, E. balatonica, E. sibirica, as well as three genetic lineages of E. nordenskioldi nordenskioldi). Seventeen of the 27 clusters do not have close sequence similarity to any known earthworm species. Representatives of some of these novel clusters are morphologically similar to the Eisenia n. nordenskioldi/E. n. pallida species complex and may belong to new genetic lineages of this complex. The rest of the novel clusters probably represent new earthworm species. Therefore, we can conclude that a large portion of earthworm biodiversity in the south of West Siberia is still unexplored. ; Дождевые черви – широко распространенная и экологически важная группа. Представители ее занимают первое место по суммарной биомассе в некоторых экосистемах и зачастую определяют видовой состав всей почвенной фауны. В ряде работ зарубежных исследователей было показано, что для дождевых червей характерна значительная скрытая генетическая изменчивость. В ряде случаев внутри одного морфологического вида обнаруживается ... |
| نوع الوثيقة: | article in journal/newspaper |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | Russian |
| Relation: | https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/471/758; Всеволодова-Перель Т.С. Дождевые черви России: кадастр и определитель: М.: Наука, 1997.; Стриганова Б.Р., Порядина Н.М. Животное население почв бореальных лесов Западно-Сибирской Равнины: М.: КМК; 2005.; Birky C.W. Jr., Adams J., Gemmel M., Perry J. Using population genetic theory and DNA sequences for species detection and identification in asexual organisms. PLoS One. 2010; 5(5):10609. DOI:10.1371/journal.pone.0010609; Bienert F., De Danieli S., Miquel C., Coissac E., Poillot C., Brun J-J. Tracking earthworm communities from soil DNA. Molecular Ecology. 2012;21(8):2017-30. DOI:10.1111/j.1365-294X.2011.05407.x; Buckley T.R., James S., Allwood J., Bartlam S., Howitt R., Prada D. Phylogenetic analysis of New Zealand earthworms (Oligochaeta: Megascolecidae) reveals ancient clades and cryptic taxonomic diversity. Molecular Phylogenetics and Evolution. 2011; 58:e85–96. DOI:10.1016/j.ympev.2010.09.024; Chang C.-H., James S. A critique of earthworm molecular phylogenetics. Pedobiologia. 2011;54:S3-S9. DOI:10.1016/j.pedobi.2011.07.015; Decaëns T., Porco D., Rougerie R., Brown G.G., James S.W. Potential of DNA barcoding for earthworm research in taxonomy and ecology. Applied Soil Ecology. 2013; 65:35-42. http://dx.doi.org/10.1016/j.apsoil.2013.01.001; Fernández R., Almodóvar A., Novo M., Simancas B., Díaz Cosín D.J. Adding complexity to the complex: New insights into the phylogeny, diversification and origin of parthenogenesis in the Aporrectodea caliginosa species complex (Oligochaeta, Lumbricidae). Mol. Phylogen. and Evol. 2012; 64(2):368-79. http://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2012.04.011; Giska I., Sechi P., Babik W. Deeply divergent sympatric mitochondrial lineages of the earthworm Lumbricus rubellus are not reproductively isolated. BMC Evolutionary Biology. 2015;15:217. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. DOI 10.1186/s12862-015-0488-9; Hebert P.D.N., Ratnasingham S., deWaard J.R. Barcoding animal life: cytochrome c oxidase subunit 1 divergences among closely related species. 2003; 270:96-9. DOI 10.1098/rsbl.2003.0025; Hendrix P.F., Callaham M.A., Drake J.M., Huang C.-Y., James S.W., Snyder B.A. et al. Pandora’s Box Contained Bait: The Global Problem of Introduced Earthworms. Annual Reviews of Ecology, Evolution and Systematics. 2008;39:593-613. 10.1146/annurev.ecolsys.39.110707.173426; James S.W., Davidson S.K. Molecular phylogeny of earthworms (Annelida : Crassiclitellata) based on 28S, 18S and 16S gene sequences. Invertebrate Systematics. 2012; 26:213–29. http://dx.doi.org/10.1071/IS11012; King R.A., Tibble A.L., Symondson W.O.C. Opening a can of worms: unprecedented sympatric cryptic diversity within British lumbricid earthworms. Molecular Ecology. 2008; 17(21):4684-98. DOI:10.1111/j.1365-294X.2008.03931.x; Pérez-Losada M., Bloch R., Breinholt J.W., Pfenninger M., Domínguez J. Taxonomic assessment of Lumbricidae (Oligochaeta) earthworm genera using DNA barcodes. European Journal of Soil Biology. 2012;48:41-7. DOI:10.1016/j.ejsobi.2011.10.003; Pop A.A., Cech G., Wink M., Csuzdi C., Pop V.V. Application of 16S, 8S rDNA and COI sequences in the molecular systematics of the earthworm family Lumbricidae (Annelida, Oligochaeta). European Journal of Soil Biology. 2007;43:S43-S52. DOI:10.1016/j.ejsobi.2007.08.007; Porco D., Decaens T., Deharveng L., James S.W., Skarzynski D., Erséus C. et al. Biological invasions in soil: DNA barcoding as a monitoring tool in a multiple taxa survey targeting European earthworms and springtails in North America. Biological Invasions. 2013;15:899-910. DOI 10.1007/s10530-012-0338-2; Richard B., Decaëns T., Rougerie R., James S.W., Porco D., Hebert PDN. Re-integrating earthworm juveniles into soil biodiversity studies: species identification through DNA barcoding. Molecular Ecology Resources. 2010;10(4):606-14. DOI:10.1111/j.1755-0998.2009.02822.x; Shekhovtsov S.V., Golovanova E.V., Peltek S.E. Cryptic diversity within the Nordenskiold’s earthworm, Eisenia nordenskioldi subsp. nordenskioldi (Lumbricidae, Annelida). European Journal of Soil Biology. 2013;58:13-8. DOI:10.1016/j.ejsobi.2013.05.004; Shekhovtsov S.V., Golovanova E.V., Peltek S.E. Genetic diversity of the earthworm Octolasion tyrtaeum (Lumbricidae,Annelida). Pedobiologia. 2014a;57:245-50. http://dx.doi.org/10.1016/j.pedobi.2014.09.002; Shekhovtsov S.V., Golovanova E.V., Peltek S.E. Invasive lumbricid earthworms of Kamchatka (Oligochaeta). Zoological Studies. 2014b;53:52. DOI:10.1186/s40555-014-0052-0; Shekhovtsov S.V., Berman D.I., Peltek S.E. Phylogeography of the Earthworm Eisenia nordenskioldi nordenskioldi (Lumbricidae, Oligochaeta) in Northeastern Eurasia. Doklady Biological Sciences. 2015;461:1-4. DOI:10.1134/S0012496615020039; Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., Kumar S. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods. Molecular Biology and Evolution. 2011;28:2731-9. DOI:10.1093/molbev/msr121; Waugh J. DNA barcoding in animal species: progress, potential and pitfalls. BioEssays. 2007;29:188–97. DOI:10.1002/bies.20529 Available at http:// http://www.ncbi.nlm.nih.gov Available at http://www.boldsystems.org; https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/471 |
| DOI: | 10.18699/VJ15.110 |
| الاتاحة: | https://vavilov.elpub.ru/jour/article/view/471 https://doi.org/10.18699/VJ15.110 |
| Rights: | Authors who publish with this journal agree to the following terms:Authors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution License that allows others to share the work with an acknowledgement of the work's authorship and initial publication in this journal.Authors are able to enter into separate, additional contractual arrangements for the non-exclusive distribution of the journal's published version of the work (e.g., post it to an institutional repository or publish it in a book), with an acknowledgement of its initial publication in this journal.Authors are permitted and encouraged to post their work online (e.g., in institutional repositories or on their website) prior to and during the submission process, as it can lead to productive exchanges, as well as earlier and greater citation of published work (See The Effect of Open Access). ; Авторы, публикующие в данном журнале, соглашаются со следующим:Авторы сохраняют за собой авторские права на работу и предоставляют журналу право первой публикации работы на условиях лицензии Creative Commons Attribution License, которая позволяет другим распространять данную работу с обязательным сохранением ссылок на авторов оригинальной работы и оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы сохраняют право заключать отдельные контрактные договорённости, касающиеся не-эксклюзивного распространения версии работы в опубликованном здесь виде (например, размещение ее в институтском хранилище, публикацию в книге), со ссылкой на ее оригинальную публикацию в этом журнале.Авторы имеют право размещать их работу в сети Интернет (например в институтском хранилище или персональном сайте) до и во время процесса рассмотрения ее данным журналом, так как это может привести к продуктивному обсуждению и большему количеству ссылок на данную работу (См. The Effect of Open Access). |
| رقم الانضمام: | edsbas.4974DE97 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| DOI: | 10.18699/VJ15.110 |
|---|