التفاصيل البيبلوغرافية
| العنوان: |
Study of the evolution of the transposable element space in plant genomes ; Estudio de la evolución del espacio de los elementos transponibles en plantas ; Estudi de l'evolució de l'espai dels elements transponibles en plantes |
| المؤلفون: |
Zhu, Yujie |
| المساهمون: |
Mulet Salort, José Miguel, Bombarely Gomez, Aureliano, Universitat Politècnica de València. Departamento de Biotecnología - Departament de Biotecnologia |
| بيانات النشر: |
Universitat Politècnica de València |
| سنة النشر: |
2024 |
| المجموعة: |
Universitat Politécnica de Valencia: RiuNet / Politechnical University of Valencia |
| مصطلحات موضوعية: |
Genómica, Bioinformática, Genomica, Evolución, Diversidad, Bioinformatics, Genomics, Evolution, Diversity, BIOQUIMICA Y BIOLOGIA MOLECULAR, Máster Universitario en Biotecnología Molecular y Celular de Plantas-Màster Universitari en Biotecnologia Molecular i Cel·lular de Plantes |
| الوصف: |
[ES] Los elementos transponibles (TE) son pequeños trozos de ADN que forman parte del genoma. El movimiento de TE está asociado con varios procesos que dan forma a la composición de un genoma, como la alteración de genes y el aumento de la tasa de recombinación. Nuestra hipótesis es que la diversidad del TE será diferente de una especie a otra, pero que estará contenida en un rango determinado asociado a los diferentes clados evolutivos. El objetivo del proyecto es estudiar la variación de la diversidad del TE entre diferentes linajes de plantas, desde algas hasta angiospermas. Seleccionaremos entre 50 y 100 genomas de plantas diferentes que representan los siguientes linajes: clorofitas, carofitas, hepáticas, musgos, hornworts, licófitas, helechos, gimnospermas y angiospermas. Volveremos a anotar el TE utilizando RepeatModeler2, LTR_Retriever y RepeatMasker y analizaremos la diversidad de TE en función de las familias y subfamilias de TE y los perfiles de K-mer. Estimaremos parámetros de diversidad como la entropía de Shannon (Hj) y la complejidad de Kolmogorov (KC). Estimará el índice de especialización TE (índice δ) y la divergencia con respecto al TE promedio total utilizando la divergencia Kullback-Leibler (Divj). ; [EN] Transposable elements (TE) are small pieces of DNA that are part of the genome. The movement of TE is associated with several process that shape the composition of a genome such as the disruption of genes and the increase of the recombination rate. Our hypothesis is that the diversity of the TE will be different from one species to another, but that it will be contained to certain range associated to the different evolutionary clades. The aim of the project is to study the variation of the diversity of the TE among different plant lineages, from algae to angiosperms. We will select 50-100 different plant genomes representing the following lineages: Chlorophytes, Charophytes, Liverworts, Mosses, Hornworts, Lycophytes, Ferns, Gymnosperms and Angiosperms. We will re-annotate the TE using ... |
| نوع الوثيقة: |
master thesis |
| اللغة: |
English |
| Relation: |
http://hdl.handle.net/10251/202923 |
| الاتاحة: |
http://hdl.handle.net/10251/202923 |
| Rights: |
http://rightsstatements.org/vocab/InC/1.0/ ; info:eu-repo/semantics/openAccess |
| رقم الانضمام: |
edsbas.2A185A1C |
| قاعدة البيانات: |
BASE |