Academic Journal
Genotype-first in a cohort of 95 fetuses with multiple congenital abnormalities: when exome sequencing reveals unexpected fetal phenotype-genotype correlations
| العنوان: | Genotype-first in a cohort of 95 fetuses with multiple congenital abnormalities: when exome sequencing reveals unexpected fetal phenotype-genotype correlations |
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| المؤلفون: | Lefebvre, M., Bruel, A. L., Tisserant, E., Bourgon, N., Duffourd, Y., Collardeau-Frachon, S., Attie-Bitach, T., Kuentz, P., Assoum, M., Schaefer, E., El Chehadeh, S., Antal, M. C., Kremer, V., Girard-Lemaitre, F., Mandel, J. L., Lehalle, D., Nambot, S., Jean-Marcais, N., Houcinat, N., Moutton, S., Marle, N., Lambert, L., Jonveaux, P., Foliguet, B., Mazutti, J. P., Gaillard, D., Alanio, E., Poirisier, C., Lebre, A. S., Aubert-Lenoir, M., Arbez-Gindre, F., Odent, S., Quelin, C., Loget, P., Fradin, M., Willems, M., Bigi, N., Perez, M. J., Blesson, S., Francannet, C., Beaufrere, A. M., Patrier-Sallebert, S., Guerrot, A. M., Goldenberg, A., Brehin, A. C., Lespinasse, J., Touraine, R., Capri, Y., Saint-Frison, M. H., Laurent, N., Philippe, C., Tran Mau-Them, F., Thevenon, J., Faivre, L., Thauvin-Robinet, C., Vitobello, A. |
| المساهمون: | Centre d’Investigation Clinique de Nantes (CIC Nantes), Université de Nantes (UN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre Hospitalier Universitaire de Nantes = Nantes University Hospital (CHU Nantes), Centre Hospitalier Universitaire de Dijon - Hôpital François Mitterrand (CHU Dijon), Lipides - Nutrition - Cancer Dijon - U1231 (LNC), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Hospices Civils de Lyon (HCL), Hôpital Necker - Enfants Malades AP-HP, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Equipe GAD (LNC - U1231), Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement-Université de Bourgogne (UB)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-AgroSup Dijon - Institut National Supérieur des Sciences Agronomiques, de l'Alimentation et de l'Environnement, Laboratoire de Diagnostic Génétique CHU Strasbourg, Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre Hospitalier Universitaire Strasbourg (CHU Strasbourg), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS)-Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Centre Hospitalier Universitaire Strasbourg (CHU Strasbourg), Les Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS), Hôpital de Hautepierre Strasbourg, Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire (IGBMC), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon), European Organization for Nuclear Research (CERN), Service de Génétique CHRU Nancy, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Nancy (CHRU Nancy), Hôpital universitaire Robert Debré Reims (CHU Reims), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Besançon (CHRU Besançon), Service d'Anatomie pathologique CHRU Besançon, Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Centre de référence Maladies Rares CLAD-Ouest Rennes, Centre Hospitalier Universitaire de Rennes CHU Rennes = Rennes University Hospital Ponchaillou, Hôpital Lapeyronie Montpellier (CHU), Centre Hospitalier Régional Universitaire Montpellier (CHRU Montpellier), Institut de Biomécanique Humaine Georges Charpak (IBHGC), Université Sorbonne Paris Nord-Arts et Métiers Sciences et Technologies, HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM)-HESAM Université - Communauté d'universités et d'établissements Hautes écoles Sorbonne Arts et métiers université (HESAM), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours), Service de Génétique Médicale CHU Clermont-Ferrand, CHU Estaing Clermont-Ferrand, CHU Clermont-Ferrand-CHU Clermont-Ferrand, CHU Clermont-Ferrand, CHU Rouen, Normandie Université (NU), Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre Hospitalier Métropole Savoie Chambéry, Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne CHU Saint-Etienne (CHU ST-E), Département de génétique Robert Debré, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré Paris, Hôpital Robert Debré, Plateau technique de Biologie CHU de Dijon, Centre Hospitalier Universitaire CHU Grenoble (CHUGA), 14-013 FOETEX, Interregional French PHRC |
| المصدر: | ISSN: 0022-2593. |
| بيانات النشر: | HAL CCSD BMJ Publishing Group |
| سنة النشر: | 2021 |
| المجموعة: | Université de Rennes 1: Publications scientifiques (HAL) |
| مصطلحات موضوعية: | genetics, complex traits, molecular genetics, reproductive medicine, [SDV]Life Sciences [q-bio] |
| الوصف: | International audience ; PURPOSE: Molecular diagnosis based on singleton exome sequencing (sES) is particularly challenging in fetuses with multiple congenital abnormalities (MCA). Indeed, some studies reveal a diagnostic yield of about 20%, far lower than in live birth individuals showing developmental abnormalities (30%), suggesting that standard analyses, based on the correlation between clinical hallmarks described in postnatal syndromic presentations and genotype, may underestimate the impact of the genetic variants identified in fetal analyses. METHODS: We performed sES in 95 fetuses with MCA. Blind to phenotype, we applied a genotype-first approach consisting of combined analyses based on variants annotation and bioinformatics predictions followed by reverse phenotyping. Initially applied to OMIM-morbid genes, analyses were then extended to all genes. We complemented our approach by using reverse phenotyping, variant segregation analysis, bibliographic search and data sharing in order to establish the clinical significance of the prioritised variants. RESULTS: sES rapidly identified causal variant in 24/95 fetuses (25%), variants of unknown significance in OMIM genes in 8/95 fetuses (8%) and six novel candidate genes in 6/95 fetuses (6%). CONCLUSIONS: This method, based on a genotype-first approach followed by reverse phenotyping, shed light on unexpected fetal phenotype-genotype correlations, emphasising the relevance of prenatal studies to reveal extreme clinical presentations associated with well-known Mendelian disorders. |
| نوع الوثيقة: | article in journal/newspaper |
| اللغة: | English |
| Relation: | info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/32732226; inserm-03231676; https://inserm.hal.science/inserm-03231676; PUBMED: 32732226 |
| DOI: | 10.1136/jmedgenet-2020-106867 |
| الاتاحة: | https://inserm.hal.science/inserm-03231676 https://doi.org/10.1136/jmedgenet-2020-106867 |
| رقم الانضمام: | edsbas.17508A06 |
| قاعدة البيانات: | BASE |
| DOI: | 10.1136/jmedgenet-2020-106867 |
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