Данная статья посвящена вопросам реализации механизма перевода бюджетных учреждений в автономные. Исследованы проблемы автономизации учреждений как на федеральном уровне, так и на уровнях субъектов Российской Федерации и муниципальных образований; в ходе исследования были выявлены факторы, существенно замедляющие развитие процесса перевода бюджетных учреждений в автономные, а также негативно влияющие на качество предоставляемых учреждениями услуг. Разработан механизм коммерческой адаптации автономных учреждений, базирующийся на принципах внедрения современных технологий маркетинга и управленческого учета.