Analiza energijsko pomembnih interakcij v kompleksih nanotelo-antigen

التفاصيل البيبلوغرافية
العنوان: Analiza energijsko pomembnih interakcij v kompleksih nanotelo-antigen
المؤلفون: Zgonik, Timotej
المساهمون: Hadži, San
سنة النشر: 2023
مصطلحات موضوعية: nanobody, epitope, FoldX, energijsko pomembne interakcije, hot spot, nanotelo, kontakt, epitop, contact
الوصف: Nanotelesa so proteini izvedeni iz posebne vrste imunoglobulinov, ki imajo samo težko verigo in imajo zaradi tega posebne lastnosti. Dodaten vpogled v način prepoznave antigenov z nanotelesi lahko dobimo z analizo energijsko močnejših interakcij (ang. hot-spot). Za iskanje teh interakcij in silico smo uporabili program FoldX, s katerim lahko izvedemo iskanje z mutacijo aminokislinskih ostankov v alanin in ovrednotimo nastalo spremembo proste energije pri nastanku kompleksa nanotelo-antigen. Na ta način smo našli 652 energijsko močnih interakcij v bazi 123 struktur kompleksov nanotelo-antigen. Ugotovili smo, da aminokislinski ostanek tirozin najpogosteje tvori energijsko močne interakcije, pretežno pa se te nahajajo v področju zanke CDR3. Zdi se tudi, da med številom interakcij in kontaktov ni nikakršne korelacije. Izsledki bi lahko bili eden od korakov za morebitno načrtovanje nanoteles za medicinsko uporabo. Nanobodies are proteins derived from heavy chain-only antibodies and as a result, have unique properties. To study how a nanobody binds to the appropriate antigen, we can analyse the places in the structure where energy interactions are the strongest, called hot spots. To find such interactions in silico, the FoldX program can be used to perform an alanine scanning method, because of which we can evaluate how free energy changes in the nanobody-antigen complex. With that method, we found 652 hot spots in a dataset of 123 nanobody-antigen complexes. We found that the amino acid most represented in hot spots is tyrosine and that the majority can be found in the CDR3 region of the nanobody. Furthermore, there appears to be no correlation between the number of hot spots and contacts in each nanobody. The results could be one of the steps on the way to designing nanobodies for medical use.
وصف الملف: application/pdf
اللغة: Slovenian
URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=od______3505::d9865fa88e25be7bdf5146a46ef9986a
https://repozitorij.uni-lj.si/Dokument.php?id=167702&dn=
Rights: OPEN
رقم الانضمام: edsair.od......3505..d9865fa88e25be7bdf5146a46ef9986a
قاعدة البيانات: OpenAIRE