Background: Candida auris is an emerging yeast frequently reported as resistant to multiple antifungal drugs commonly used to treat Candida infections. This specie can colonize the patient’s skin and has great ability for producing outbreaks in hospitals. C. auris is phylogenetically related to other Candida species, can be misidentified using conventional biochemical or commercial methods and requires specific technology for its identification. Case report: We report the first isolate of C. auris in Cali, Colombia, from a central venous catheter in a 37-year-old patient with rheumatoid arthritis and endocarditis who did not have symptoms of sepsis. The yeast was initially misidentified as C. haemulonii using the Phoenix system and subsequently identified as C. auris by matrix-assisted laser desorption/ionization-time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). The broth microdilution method was used to determine the minimum inhibitory concentration; the isolate was susceptible to fluconazole, itraconazole, voriconazole and amphotericin B. Conclusions: This report contributes to knowledge of the epidemiology of C. auris infections in individuals with underlying disease and describes an isolate with a behavior different from what is usually reported. Resumen Antecedentes: Candida auris es una levadura emergente, informada con frecuencia como resistente a diversos antifúngicos usados comúnmente para tratar infecciones por Candida. Esta especie puede colonizar la piel y tiene gran capacidad de producir brotes en ambientes hospitalarios. Está filogenéticamente relacionada con otras especies de Candida, es mal identificada por los métodos bioquímicos o comerciales, y requiere tecnología específica para su identificación. Reporte de caso: Se informa el primer aislamiento de C. auris en Cali, Colombia en un paciente de 37 años con artritis reumatoide y endocarditis, sin síntomas de sepsis, a partir de la punta de catéter venoso central. La levadura inicialmente se identificó como C. haemulonii por el sistema Phoenix® y posteriormente como C. auris por espectrometría de masas desorción/ionización láser asistida por una matriz con detección de masas por tiempo de vuelo (MALDI-TOF MS). Se determinó la concentración inhibitoria mínima por el método de microdilución en caldo que mostró un aislamiento sensible a fluconazol, itraconazol, voriconazol y anfotericina B. Conclusión: Este informe contribuye al conocimiento de la epidemiología de las infecciones por C. auris en individuos con enfermedad subyacente y describe un aislamiento con un comportamiento diferente a lo indicado en otros estudios.