Multivariate genomic model improves analysis of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) progeny tests
| العنوان: | Multivariate genomic model improves analysis of oil palm (Elaeis guineensis Jacq.) progeny tests |
|---|---|
| المؤلفون: | Catherine Carasco-Lacombe, Alexandre Marchal, David Cros, Leopoldo Sanchez, Tristan Durand-Gasselin, Bruno Nouy, Sébastien Tisné, Alphonse Omoré, Jean-Marc Bouvet, Aurore Manez, Edyana Suryana, Andres Legarra |
| المساهمون: | Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), Unité de recherche Amélioration, Génétique et Physiologie Forestières (AGPF), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), SOCFINDO (P.T. Socfin Indonesia), Partenaires INRAE, PalmElit, Grant from PalmElit SAS, Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) |
| المصدر: | Molecular Breeding Molecular Breeding 2 (36), Non paginé. (2016) Molecular Breeding, Springer Verlag, 2016, 36 (2), Non paginé. ⟨10.1007/s11032-015-0423-1⟩ |
| سنة النشر: | 2016 |
| مصطلحات موضوعية: | 0301 basic medicine, Progeny testing, Multivariate statistics, Multivariate analysis, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, huile de palme, modèle multivariable, Sélection, multivariate model, reciprocal recurrent selection, prédiction génétique, sélection récurrente réciproque, Plant Science, Elaeis guineensis, genomic selection, F30 - Génétique et amélioration des plantes, Marqueur génétique, 2. Zero hunger, biology, accuracy, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, Analyse multivariée, erreur de prédiction, [STAT.ME]Statistics [stat]/Methodology [stat.ME], Modèle mathématique, Biotechnology, modèle empirique, empirical data, Méthodologie, Biotechnologies, Best linear unbiased prediction, Genetic correlation, génomique, 03 medical and health sciences, Genetics, sélection génomique, Molecular Biology, précision de sélection, business.industry, Univariate, Methodology, Heritability, biology.organism_classification, Amélioration des plantes, blup, 030104 developmental biology, meilleure production linéaire non biaisee, Évaluation, U30 - Méthodes de recherche, business, Agronomy and Crop Science |
| الوصف: | International audience; Genomic selection is promising for plant breeding, particularly for perennial crops. Multivariate analysis, which considers several traits jointly, takes advantage of the genetic correlations to increase accuracy. The aim of this study was to empirically evaluate the potential of a univariate and multivariate genomic mixed model (G-BLUP) compared to the traditional univariate pedigree-based BLUP (T-BLUP) when analyzing progeny tests of oil palm, the world’s major oil crop. The dataset comprised 478 crosses between two heterotic groups, A and B, with 140 and 131 parents, respectively, genotyped with 313 simple sequence repeat markers. The traits were bunch number and average bunch weight. We found that G-BLUP with a genomic matrix based on a similarity index gave a higher likelihood than T-BLUP. In addition, multivariate G-BLUP improved the accuracy of additive effects (breeding values or general combining abilities, GCAs), in particular for the less heritable trait, and of dominance effects (specific combining abilities, SCAs). The average increase in accuracy was 22.5 % for GCAs and 18.7 % for SCAs. Using 160 markers in group A and 90 in group B was enough to reach maximum GCA prediction accuracy. The contrasted history of the parental groups likely explained the higher benefit of G-BLUP over T-BLUP for group A than for group B. Finally, G-BLUP should be used instead of T-BLUP to analyze oil palm progeny tests, with a multivariate approach for correlated traits. G-BLUP will allow breeders to consider SCAs in addition to GCAs when selecting between the progeny-tested parents. |
| وصف الملف: | text; application/pdf |
| اللغة: | English |
| تدمد: | 1380-3743 1572-9788 |
| DOI: | 10.1007/s11032-015-0423-1⟩ |
| URL الوصول: | https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::d6657381d0fec6915b35d7f63f53e75f http://agritrop.cirad.fr/579129/ |
| Rights: | OPEN |
| رقم الانضمام: | edsair.doi.dedup.....d6657381d0fec6915b35d7f63f53e75f |
| قاعدة البيانات: | OpenAIRE |
| تدمد: | 13803743 15729788 |
|---|---|
| DOI: | 10.1007/s11032-015-0423-1⟩ |