Putative bacterial interactions from metagenomic knowledge with an integrative systems ecology approach
| العنوان: | Putative bacterial interactions from metagenomic knowledge with an integrative systems ecology approach |
|---|---|
| المؤلفون: | Mauricio Latorre, Maria-Paz Cortés, Philippe Bordron, Anne Siegel, Sven Thiele, Alejandro Maass, Damien Eveillard, Mauricio González |
| المساهمون: | Inria Chile, Universidad Diego Portales [Santiago] (UDP)-Universidad de la frontera [Chile]-Universidad de Concepción [Chile]-Pontificia Universidad Católica de Chile (UC)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (PUCV)-Universidad Adolfo Ibáñez [Santiago]-Universidad de Valparaiso [Chile]-Universidad Tecnica Federico Santa Maria [Valparaiso] (UTFSM), Centre de Modélisation Mathématique / Centro de Modelamiento Matemático (CMM), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidad de Santiago de Chile [Santiago] (USACH), Max Planck Institute for Dynamics of Complex Technical Systems, Max-Planck-Gesellschaft, Dynamics, Logics and Inference for biological Systems and Sequences (Dyliss), Inria Rennes – Bretagne Atlantique, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (IRISA-D7), Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-CentraleSupélec-Télécom Bretagne-Université de Rennes 1 (UR1), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Université de Bretagne Sud (UBS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Rennes (UNIV-RENNES)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique (LINA), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Mines Nantes (Mines Nantes)-Université de Nantes (UN), Universidad Diego Portales [Santiago] (UDP)-Universidad de la frontera [Chile]-Pontificia Universidad Católica de Chile (UC)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (PUCV)-Universidad Adolfo Ibáñez [Santiago]-Universidad de Valparaiso [Chile]-Universidad Tecnica Federico Santa Maria [Valparaiso] (UTFSM)-Universidad de Concepción - University of Concepcion [Chile], Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rennes (UR)-Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (INSA Rennes), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (IRISA), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Bretagne Sud (UBS)-École normale supérieure - Rennes (ENS Rennes)-Télécom Bretagne-CentraleSupélec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Mines Nantes (Mines Nantes)-Université de Nantes (UN)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Universidad de Valparaiso [Chile]-Universidad Tecnica Federico Santa Maria [Valparaiso] (UTFSM)-Universidad Adolfo Ibáñez [Santiago]-Pontificia Universidad Católica de Valparaíso (PUCV)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Pontificia Universidad Católica de Chile (UC)-Universidad de Concepción [Chile]-Universidad de la frontera [Chile]-Universidad Diego Portales [Santiago] (UDP) |
| المصدر: | Microbiology Open Artículos CONICYT CONICYT Chile instacron:CONICYT MicrobiologyOpen MicrobiologyOpen, Wiley, 2016, 5 (1), pp.106-117. ⟨10.1002/mbo3.315⟩ MicrobiologyOpen, 2016, 5 (1), pp.106-117. ⟨10.1002/mbo3.315⟩ |
| سنة النشر: | 2016 |
| مصطلحات موضوعية: | DNA, Bacterial, Acidithiobacillus, [SDV]Life Sciences [q-bio], Metabolic network, Computational biology, Biology, Microbiology, Genome, Microbial ecology, in silico analysis, metabolic pathways, Acidiphilium cryptum, Gene, Ecosystem, Original Research, Clostridiales, Acidiphilium, Environmental microbiology, business.industry, biology.organism_classification, molecular microbial ecology, Biotechnology, Metabolic pathway, Metagenomics, [SDE]Environmental Sciences, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], business, Copper, Genome, Bacterial, Metabolic Networks and Pathways |
| الوصف: | International audience; Following the trend of studies that investigate microbial ecosystems using different metagenomic techniques, we propose a new integrative systems ecology approach that aims to decipher functional roles within a consortium through the integration of genomic and metabolic knowledge at genome scale. For the sake of application, using public genomes of five bacterial strains involved in copper bioleaching: Acidiphilium cryptum, Acidithiobacillus ferrooxidans, Acidithiobacillus thiooxidans, Leptospirillum ferriphilum, and Sulfobacillus thermosulfidooxidans, we first reconstructed a global metabolic network. Next, using a parsimony assumption, we deciphered sets of genes, called Sets from Genome Segments (SGS), that (1) are close on their respective genomes, (2) take an active part in metabolic pathways and (3) whose associated metabolic reactions are also closely connected within metabolic networks. Overall, this SGS paradigm depicts genomic functional units that emphasize respective roles of bacterial strains to catalyze metabolic pathways and environmental processes. Our analysis suggested that only few functional metabolic genes are horizontally transferred within the consortium and that no single bacterial strain can accomplish by itself the whole copper bioleaching. The use of SGS pinpoints a functional compartmentalization among the investigated species and exhibits putative bacterial interactions necessary for promoting these pathways. |
| وصف الملف: | application/pdf |
| اللغة: | English |
| تدمد: | 2045-8827 |
| DOI: | 10.1002/mbo3.315⟩ |
| DOI: | 10.1002/mbo3.315/full |
| URL الوصول: | https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::6ba8ae05f384dc971bea667fd27120fa |
| Rights: | OPEN |
| رقم الانضمام: | edsair.doi.dedup.....6ba8ae05f384dc971bea667fd27120fa |
| قاعدة البيانات: | OpenAIRE |
| تدمد: | 20458827 |
|---|---|
| DOI: | 10.1002/mbo3.315⟩ |