Empresas de base tecnológica (EBTs) encontram suporte no processo de incubação para auxiliá-las em suas atividades de gestão e de desenvolvimento de produtos. Este presente trabalho busca, a partir de um estudo qualitativo, descritivo e com estudo de multicasos, compreender como o processo de incubação influencia as capacidades de inovação, financeira e gerencial de EBTs incubadas. Os resultados mostraram que treinamentos e capacitações contribuem para a capacidade gerencial dos gestores das EBTs; as parcerias e relacionamentos contribuem para a capacidade de inovação das EBTs, e a capacidade financeira é a menos influenciada pelo processo de incubação.