التفاصيل البيبلوغرافية
| العنوان: |
Gram-Negatif Bakterilerde Moleküler ve Moleküler Olmayan Yöntemlerle Karbapenemazların Tanımlanmasının Karşılaştırılması. (Turkish) |
| Alternate Title: |
Comparison of Genotypic and Phenotypic Methods to Identify Carpabanemase Production in Gram-Negative Bacteria. (English) |
| المؤلفون: |
Yılmaz, Ezgi, Başaran, Seniha, Yıldız-Süzük, Serap, Şimşek-Yavuz, Serap, Çağatay, Atahan, Öncül, Oral, Özsüt, Halit, Eraksoy, Haluk |
| المصدر: |
Klimik Journal / Klimik Dergisi; Mar2024, Vol. 37 Issue 1, p44-49, 6p |
| مصطلحات موضوعية: |
POLYMERASE chain reaction, DESCRIPTIVE statistics, GENE expression, COMPARATIVE studies, CEFTAZIDIME, GENOTYPES, PHENOTYPES, GRAM-negative bacteria, ALGORITHMS, SENSITIVITY & specificity (Statistics) |
| Abstract (English): |
Objective: Identifying the presence and type of carbapenemases is essential to determine the treatment choices for carbapenem-resistant Gram-negative bacilli (CRB). Genotypic characterization of CRB needs technical support and experienced staff and is not an option for most laboratories due to its high cost. For this reason, especially in countries with limited resources, cheap, reliable phenotypic methods are an alternative, do not require experience, and can be easily applied in daily practice. The goal of the study was to evaluate the performance of phenotypic methods for carbapenemase production in CRB and to form a simple algorithm to differentiate carbapenemase types such as blaOXA-48 or blaNDM, which are common in our country. Methods: The study included 16 consecutive carbapenem-resistant, Gram-negative bacteria. Simplified carbapenem inactivation methods (sCIM) and modified Hodge test (MHT) were performed. Genes responsible for carbapenemase production (blaOXA-48, blaNDM, and blaKPC) were detected by real-time polymerase chain reaction. Temocillin resistance and ceftazidime-avibactam disc diffusion test were also applied to define carbapenemase types. Results: The carbapenemase gene was detected in 12 of the 16 strains; sCIM positivity was found in 11, and MHT was positive in 10. Sensitivity for sCIM and MHT were 91.9% and 83.3%, respectively. All Enterobacterales strains were positive for sCIM, and blaOXA-48 was the most common carbapenemase. sCIM false negativity was detected for only one strain. High-level temocillin resistance (MIC >128 μg/mL) was present in all strains with blaOXA-48; it wasn't detected in the strain carrying isolated blaNDM. Conclusion: sCIM positivity was present for all Enterobacterales, which were shown to carry the carbapenemase gene by RT-PCR. Our findings support the usage of sCIM in daily practice to screen for carbapenemase production in CRB. [ABSTRACT FROM AUTHOR] |
| Abstract (Turkish): |
Amaç: Karbapenemlere dirençli Gram-negatif çomak (KRGNÇ) infeksiyonlarının tedavisini planlarken, karbapenemaz varlığının ve karbapenemaz tipinin değerlendirilmesi önemli olmakla birlikte genotipik yöntemlerin rutinde kullanımı teknik donanım ve deneyimli personel gerektirdiğinden uygulanması her zaman mümkün olamayabilir. Bu nedenle özellikle kaynakları sınırlı ülkelerde ucuz, güvenilir, deneyim gerektirmeyen ve günlük pratikte kolaylıkla uygulanabilecek fenotipik yöntemler bir alternatiftir. Bu çalışmada, KRGNÇ'lerdeki karbapenemaz varlığı ve ülkemizde karbapenem direncinin en önemli nedenlerinden olan blaOXA-48 ve blaNDM genlerini veya her iki geni birden taşıyan suşları ayırt etmede kullanılan moleküler olmayan, ucuz ve kolay yapılabilen yöntemlerin etkinliği değerlendirilerek bir algoritma oluşturulmaya çalışıldı. Yöntemler: Çalışmaya, klinik örneklerde üreyen ve karbapeneme dirençli olduğu belirlenmiş 16 ardışık Gram-negatif çomak suşu dahil edildi. Karbapenemaz varlığını saptamak için fenotipik test olarak basitleştirilmiş karbapenem inaktivasyon metodu (simplified carbapenem inactivation method -- sCIM) ve modifiye Hodge testi (MHT); blaOXA-48, blaNDM ve blaKPC genlerini tanımlamak içinse moleküler yöntem olarak gerçek zamanlı polimerize zincir reaksiyonu (RT-PCR) testi kullanıldı. Karbapenemaz türlerinin ayrımı için fenotipik yöntemlerden yüksek düzey temosilin direnç testi ve seftazidim-avibaktam disk difüzyon duyarlılık testi uygulandı; testlerin sonuçlarıyla günlük pratikte karbapenemaz türlerinin fenotipik yöntemlerle tayini için bir algoritma oluşturuldu. Bulgular: Toplamda 16 suş değerlendirilmiş olup 12'sinde karbapenemaz geni saptandı; 11'inde sCIM, 10'unda MHT pozitif bulundu (duyarlılık sırasıyla %91.9 ve %83.3 idi). Enterobacterales suşlarının yedisinde blaOXA-48, birinde blaNDM, ikisinde blaNDM ve blaOXA-48 birlikte saptanmış olup hepsinde sCIM pozitifti. Karbapenemaz geni saptanan fakat sCIM negatif olan bir suş mevcuttu. Karbapenemaz geni saptanmayan dört suşun birinde sCIM pozitifti. Yüksek düzey temosilin direnci (MİK >128 μg/ml) izole blaOXA-48 taşıyan tüm suşlarda saptanırken, izole blaNDM taşıyan suşta gösterilemedi. Sonuç: Çalışmamızda moleküler yöntemlerle karbapenemaz geni saptanan Enterobacterales suşlarının tamamında sCIM pozitif saptandı. Verilerimiz literatürle uyumlu olarak, KRGNÇ'lerde sCIM'in karbapenemaz varlığının araştırılmasında günlük pratikte kullanılabileceğini destekler niteliktedir. [ABSTRACT FROM AUTHOR] |
|
Copyright of Klimik Journal / Klimik Dergisi is the property of DOC Design & Informatics Co. Ltd and its content may not be copied or emailed to multiple sites or posted to a listserv without the copyright holder's express written permission. However, users may print, download, or email articles for individual use. This abstract may be abridged. No warranty is given about the accuracy of the copy. Users should refer to the original published version of the material for the full abstract. (Copyright applies to all Abstracts.) |
| قاعدة البيانات: |
Complementary Index |
Full Text Finder