المؤلفون: Alexander Peltzer, Anabella Trigila, Lorena Pantano, Phil Ewels, Chuan Wang, Jose Espinosa-Carrasco, Nicolás Schcolnicov, Christopher Mohr, nf-core bot, Kevin Menden, Harshil Patel, Gregor Sturm, CKComputomics, Lluc Cabús, Kevin L. Keys, Sébastien Guizard, Maxime U Garcia, Robert Syme, Adam Talbot, Erik Danielsson, Konrad Stawiski MD PhD, Sarah Djebali, Rickard Hammarén, Alex Bartlett, fhausmann, Miles, Denis OMeally, Anders Jemt, Witold Bauer, Paolo Di Tommaso

Relation: https://github.com/nf-core/smrnaseq/tree/2.4.0; https://doi.org/10.5281/zenodo.3456879; https://doi.org/10.5281/zenodo.13928318; oai:zenodo.org:13928318

الاتاحة: https://doi.org/10.5281/zenodo.13928318

المؤلفون: Sébastien Guizard, nf-core bot

Relation: https://github.com/nf-core/isoseq/tree/2.0.0; https://doi.org/10.5281/zenodo.7116978; https://doi.org/10.5281/zenodo.13694618; oai:zenodo.org:13694618

الاتاحة: https://doi.org/10.5281/zenodo.13694618

المؤلفون: Alexander Peltzer, Lorena Pantano, Phil Ewels, Chuan Wang, Jose Espinosa-Carrasco, Kevin Menden, nf-core bot, Christopher Mohr, Harshil Patel, Gregor Sturm, CKComputomics, Lluc Cabús, Kevin L. Keys, Sébastien Guizard, Maxime U Garcia, Robert Syme, Adam Talbot, Erik Danielsson, Konrad Stawiski MD PhD, Sarah Djebali, Rickard Hammarén, Alex Bartlett, fhausmann, Miles, Denis OMeally, BarryDigby, Daniel VM, MagdalenaZZ, Michael Steinbaugh, Paolo Di Tommaso

Relation: https://github.com/nf-core/smrnaseq/tree/2.3.0; https://doi.org/10.5281/zenodo.3456879; https://doi.org/10.5281/zenodo.10696391; oai:zenodo.org:10696391

الاتاحة: https://doi.org/10.5281/zenodo.10696391

المؤلفون: Sébastien Guizard

Relation: https://github.com/sguizard/nf-mixcr/tree/v1.0.1; https://doi.org/10.5281/zenodo.10678866; https://doi.org/10.5281/zenodo.10678867; oai:zenodo.org:10678867

الاتاحة: https://doi.org/10.5281/zenodo.10678867

المؤلفون: Sébastien Guizard, Katarzyna Miedzinska, Jacqueline Smith, Jonathan Smith, Richard I Kuo, Megan Davey, Alan Archibald, Mick Watson

المصدر: Guizard, S, Miedzinska, K, Smith, J, Smith, J, Kuo, R, Davey, M & Watson, M 2023, ' nf-core/isoseq: Simple gene and isoform annotation with PacBio Iso-Seq long-read sequencing ', Bioinformatics, vol. 39, no. 5, 24323, pp. 1-2 . https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad150

مصطلحات موضوعية: Statistics and Probability, Computational Mathematics, Alternative Splicing, Genome, Computational Theory and Mathematics, Protein Isoforms/genetics, Sequence Analysis, RNA, Molecular Sequence Annotation, Transcriptome, Molecular Biology, Biochemistry, Computer Science Applications

وصف الملف: application/pdf

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::7b24d1bc51afcc1a2abe19f7d6b7f63a
https://hdl.handle.net/20.500.11820/f3097549-c203-431e-bdd6-2bea6ccf38cc

المؤلفون: Sébastien Guizard, nf-core bot

Relation: https://github.com/nf-core/isoseq/tree/1.1.4; https://doi.org/10.5281/zenodo.7116978; https://doi.org/10.5281/zenodo.7728980; oai:zenodo.org:7728980

الاتاحة: https://doi.org/10.5281/zenodo.7728980

المؤلفون: Sébastien Guizard, nf-core bot

Relation: https://github.com/nf-core/isoseq/tree/1.1.5; https://doi.org/10.5281/zenodo.7116978; https://doi.org/10.5281/zenodo.8314365; oai:zenodo.org:8314365

الاتاحة: https://doi.org/10.5281/zenodo.8314365

المؤلفون: Sébastien Guizard, nf-core bot

Relation: https://github.com/nf-core/isoseq/tree/1.1.3; https://doi.org/10.5281/zenodo.7116978; https://doi.org/10.5281/zenodo.7711562; oai:zenodo.org:7711562

الاتاحة: https://doi.org/10.5281/zenodo.7711562

المؤلفون: Yves Bigot, Benoît Piégu, Elisabeth Le Bihan-Duval, Vincent Coustham, Sébastien Guizard, Sophie Brard, Emilie Raynaud, Peter Arensburger, Marie Chabault, Linda Beauclair, Thierry Burlot

المساهمون: Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Biologie des Oiseaux et Aviculture (BOA), Université de Tours-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Syndicat des Sélectionneurs Avicoles et Aquacoles Français (SYSAAF), Novogen, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Recherches Avicoles (SRA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE ), École nationale supérieure agronomique de Toulouse [ENSAT]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Université de Tours (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)

المصدر: Genomics
Genomics, Elsevier, 2020, 112 (2), pp.1660-1673. ⟨10.1016/j.ygeno.2019.10.004⟩
Genomics, Elsevier, 2019, ⟨10.1016/j.ygeno.2019.10.004⟩

مصطلحات موضوعية: 0106 biological sciences, Satellite DNA, Centromere, Biology, Breeding, 01 natural sciences, Genome, Domestication, 03 medical and health sciences, Genome Size, Gene Duplication, Genetics, Animals, Genome size, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, 030304 developmental biology, Segmental duplication, Genomic organization, 0303 health sciences, Polymorphism, Genetic, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, Telomere, Phenotype, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, Evolutionary biology, RNA, Ribosomal, Tandem Repeat Sequences, C-value, Chickens, 010606 plant biology & botany

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::a6738e2393f9fac02522819e60c323de
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02385792

المؤلفون: Catherine Feuillet, Raphael Flores, Tzion Fahima, Marco Maccaferri, Delphine Steinbach, Hadi Quesneville, Silvio Salvi, Umar Masood Quraishi, Jérôme Salse, Jaroslav Doležel, Michael Alaux, Beat Keller, Caroline Pont, Hikmet Budak, Séverine Foucrier, Sébastien Guizard, Florent Murat, Yannick Bidet

المساهمون: University of Zurich, Salse, Jérôme, Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Plateforme GINA, Université de Clermont, Centre of the Region Hana for Biotechnological and Agricultural Research, Institute of Experimental Botany of the Czech Academy of Sciences (IEB / CAS), Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS)-Czech Academy of Sciences [Prague] (CAS), Departement of Evolutionary and Environmental Biology, University of Haifa [Haifa], Faculty of Engineering and Natural Sciences, Sabanci University [Istanbul], Institut de Biologie des Plantes, Universität Zürich [Zürich] = University of Zurich (UZH), DiSTA- Agronomia, Alma Mater Studiorum Università di Bologna [Bologna] (UNIBO), DiSTA-Agronomia, INRA (Genetique et Amelioration des Plantes' reference: 'Appel d'Offre AIP Bioressources'), Auvergne region (Pole de competitivite: Cereales Vallee reference: programme 'Semences de Demain'), Agence Nationale de la Recherche (Programs ANRjc-PaleoCereal) [ANR-09-JCJC-0058-01], Agence Nationale de la Recherche (programme ANR Blanc-PAGE) [ANR-2011-BSV6-00801], European 7th Framework Programme (programme 'TRITICEAE GENOME') [FP7-212019], Institute of Experimental Botany, Universität Zürich [Zürich] (UZH), Università di Bologna [Bologna] (UNIBO), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Caroline Pont, Florent Murat, Sébastien Guizard, Raphael Flore, Séverine Foucrier, Yannick Bidet, Umar Masood Quraishi, Michael Alaux, Jaroslav Doležel, Tzion Fahima, Hikmet Budak, Beat Keller, Silvio Salvi, Marco Maccaferri, Delphine Steinbach, Catherine Feuillet, Hadi Quesneville, Jérôme Salse

المصدر: Plant Journal
Plant Journal, 2013, pp.1-29. ⟨10.1111/tpj.12366⟩
Plant Journal, Wiley, 2013, pp.1-29. ⟨10.1111/tpj.12366⟩
Plant Journal, 1-29. (2013)

مصطلحات موضوعية: 0106 biological sciences, ble tendre, [SDV.BIO]Life Sciences [q-bio]/Biotechnology, Plant Science, 580 Plants (Botany), 01 natural sciences, paléogène, 1307 Cell Biology, 10126 Department of Plant and Microbial Biology, partitioning, 1110 Plant Science, [INFO.INFO-BT]Computer Science [cs]/Biotechnology, Conserved Sequence, Triticum, Genes, Dominant, 2. Zero hunger, Genetics, 0303 health sciences, paleogenomic, conserved orthologous set, food and beverages, Genomics, Gene conservation, gène dominant, Genome, Plant, Recombination, Autre (Sciences du Vivant), Genetic Markers, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], DNA, Plant, SNP, Biotechnologies, Plasticity, Biology, dominance, Models, Biological, Polymorphism, Single Nucleotide, Synteny, Chromosomes, Plant, Evolution, Molecular, Polyploidy, 03 medical and health sciences, 1311 Genetics, COS, Gene, 030304 developmental biology, Single nucleotide polymorphisms, Sequence Analysis, DNA, Cell Biology, paleogenomics, évolution chromosomique, 010606 plant biology & botany

وصف الملف: application/pdf; STAMPA

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::202ee1b881c49087298daff042707e52
https://doi.org/10.1111/tpj.12366

المؤلفون: Sébastien Guizard, Florian Guillou, Yves Bigot, Peter Arensburger, Benoît Piégu

المساهمون: Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Biological Sciences [Pomona], California State Polytechnic University [Pomona] (CAL POLY POMONA), Centre Val de Loire (AviGeS Project), C.N.R.S., I.N.R.A., the Groupements de Recherche CNRS 3546 (Elements Génétiques Mobiles) and 3604 (Modèles Aviaires), Ministère de l’Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: BMC Genomics
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), ⟨10.1186/s12864-016-3015-5⟩
BMC Genomics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.1-23. ⟨10.1186/s12864-016-3015-5⟩
Guizard, S, Piegu, B, Arensburger, P, Guillou, F & Bigot, Y 2016, ' Deep landscape update of dispersed and tandem repeats in the genome model of the red jungle fowl, Gallus gallus, using a series of de novo investigating tools ', BMC Genomics, vol. 17, 659 . https://doi.org/10.1186/s12864-016-3015-5
BMC Genomics 1 (17), 1-23. (2016)

مصطلحات موضوعية: 0301 basic medicine, Transposable element, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Bioinformatics, Satellite DNA, [SDV]Life Sciences [q-bio], benchmarking repeat, satellite DNA, transposable elements, bioinformatic, Genomics, Computational biology, Biology, Repeat, Genome, 03 medical and health sciences, Tandem repeat, Genetics, Animals, Data Mining, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, génome, [SDV.BA]Life Sciences [q-bio]/Animal biology, eucaryote, Chromosome Mapping, Computational Biology, Molecular Sequence Annotation, volaille, Benchmarking, 030104 developmental biology, Tandem Repeat Sequences, DNA Transposable Elements, Microsatellite, CpG Islands, DNA microarray, Transposable elements, Chickens, Software, Autre (Sciences du Vivant), Microsatellite Repeats, Research Article, Biotechnology

وصف الملف: application/pdf

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::4b195ae993936a4b94827002cea80913
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02385842

المؤلفون: Benoît Piégu, Sébastien Guizard, Yves Bigot

المساهمون: Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Région Centre (AviGeS Project), C.N.R.S., I.N.R.A., Groupements de Recherche CNRS 3546 (Elements Génétiques Mobiles) and 3604 (Modèles Aviaires), Ministère de l’Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: Guizard, S, Piegu, B & Bigot, Y 2016, ' DensityMap : a genome viewer for illustrating the densities of features ', BMC Bioinformatics, vol. 17, 204 . https://doi.org/10.1186/s12859-016-1055-0
BMC Bioinformatics
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2016, 17 (1), pp.1-6. ⟨10.1186/s12859-016-1055-0⟩
BMC Bioinformatics 1 (17), 1-6. (2016)

مصطلحات موضوعية: 0106 biological sciences, 0301 basic medicine, RNA, Untranslated, GFF, annotation, genome, visualization, Genetic Linkage, Computer science, computer.software_genre, 01 natural sciences, Biochemistry, Genome, Exon, Structural Biology, computer.programming_language, Visualization, Base Composition, Applied Mathematics, Nucleic acid sequence, food and beverages, Exons, Genomics, Computer Science Applications, Drosophila melanogaster, Feature (computer vision), Bio-informatique, Data mining, DNA microarray, Autre (Sciences du Vivant), [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], Retroelements, Bioinformatics, Annotation, Interspersed repeat, Long Interspersed Nucleotide Elements, Plot (graphics), 03 medical and health sciences, Genetic linkage, Animals, linux, développement informatique, Molecular Biology, Gene, Linkage (software), logiciel informatique, Chromosome, 030104 developmental biology, visualisation de données, Perl, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], computer, Software, GC-content, 010606 plant biology & botany

وصف الملف: application/pdf

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::ec59d51cb31722c8220074fb650423fa
https://www.pure.ed.ac.uk/ws/files/349874574/s12859_016_1055_0.pdf

المؤلفون: Hadi Quesneville, Raphael Flores, Florent Murat, Delphine Steinbach, Sébastien Guizard, Rongzhi Zhang, Haris Gavranović, Eric Tannier, Jérôme Salse

المساهمون: Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), PCSV, Laboratoire de Physique Corpusculaire - Clermont-Ferrand (LPC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules du CNRS (IN2P3)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of Sarajevo, UNIVERZITET U SARAJEVU, Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Artificial Evolution and Computational Biology (BEAGLE), Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Bioinformatique, phylogénie et génomique évolutive (BPGE), Département PEGASE [LBBE] (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), UNIVERSITY OF SARAJEVO - UNIVERZITET U SARAJEVU, Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (INSA Lyon), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Grenoble - Rhône-Alpes, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire d'InfoRmatique en Image et Systèmes d'information (LIRIS), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Université de Lyon-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École Centrale de Lyon (ECL), Université de Lyon-Université Lumière - Lyon 2 (UL2)

المصدر: Genome Biology and Evolution
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2015, 7 (3), pp.735-749. ⟨10.1093/gbe/evv014⟩
Genome Biology and Evolution, 2015, 7 (3), pp.735-749. ⟨10.1093/gbe/evv014⟩
Genome Biology and Evolution 3 (7), 735-749. (2015)
Murat, F, Zhang, RZ, Guizard, S, Gavranovic, H, Flores, R, Steinbach, D, Quesneville, H, Tannier, E & Salse, J 2015, ' Karyotype and Gene Order Evolution from Reconstructed Extinct Ancestors Highlight Contrasts in Genome Plasticity of Modern Rosid Crops ', Genome Biology and Evolution, vol. 7, no. 3, pp. 735-749 . https://doi.org/10.1093/gbe/evv014

مصطلحات موضوعية: Crops, Agricultural, Plasticity, Evolution, Bioinformatics, Karyotype, Lotus, dominance, paleogenomics, evolution, polyploidy, plasticity, Vitaceae, Synteny, Genome, Chromosomes, Plant, Polyploidy, Evolution, Molecular, Magnoliopsida, Gene Duplication, Gene Order, Botany, Genetics, Gene, Dominance, Phylogeny, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, 2. Zero hunger, biology, Brassicaceae, Genomics, Fabaceae, 15. Life on land, biology.organism_classification, Paleogenomics, Bio-informatique, Ploidy, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], Genome, Plant, Research Article

وصف الملف: application/pdf

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::4318200efeca9221c5ba89603ca6b957
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01133906

المؤلفون: Corinne Cruaud, Arnault Couloux, Brian A. Federici, Benoît Piégu, Dennis K. Bideshi, Sébastien Guizard, Tatsinda Spears, Yves Bigot

المساهمون: Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Entomology, Molecular and Developmental Biology, Interdepartmental Graduate Programs in Cell, Molecular and Developmental Biology, University of California, Interdepartmental Graduate Programs in Cell, Molecular and Developmental Biology, Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Department of Entomology, School of Medicine-University of California, Department of Natural and Mathematical Sciences, California Baptist University (CBU), CNRS and the GENOSCOPE, Ministère de l’Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie, Groupement de Recherche CNRS 3546, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California (UC), School of Medicine-University of California (UC)

المصدر: Journal of Invertebrate Pathology
Journal of Invertebrate Pathology, Elsevier, 2014, 116, pp.43-47. ⟨10.1016/j.jip.2013.12.007⟩
Journal of Invertebrate Pathology, 2014, 116, pp.43-47. ⟨10.1016/j.jip.2013.12.007⟩

مصطلحات موضوعية: Iridoviridae, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], food.ingredient, iridovirus, Iridovirus, media_common.quotation_subject, Molecular Sequence Data, invertebrate, Insect, Genome, Viral, Moths, intein, Genome, food, dsdna virus, mite, iridoviridae, Animals, Gene, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, media_common, Whole genome sequencing, Genetics, biology, Base Sequence, fungi, Chromosome Mapping, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, Virology, Helicoverpa zea, insect, GC-content

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::4eadcb96891c0c99da06e6e18c8caf8c
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01129797

المؤلفون: Corinne Cruaud, Yves Bigot, Dennis K. Bideshi, Brian A. Federici, Sébastien Guizard, Tan Yeping, Benoît Piégu, Sassan Asgari

المساهمون: Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Entomology, Molecular and Developmental Biology, Interdepartmental Graduate Programs in Cell, Molecular and Developmental Biology, University of California (UC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut de Génomique, School of Biological Sciences, University of Queensland [Brisbane], Department of Natural and Mathematical Sciences, California Baptist University (CBU), Department of Entomology, Molecular and Developmental Biology, Interdepartmental Graduate Programs in Cell, Molecular and Developmental Biology, CNRS et GENOSCOPE, Ministère de l’Education Nationale de la Recherche et de la Technologie , Groupement de Recherche CNRS 3546, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), University of California, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: Journal of General Virology
Journal of General Virology, 2014, 95 (7), pp.1585-1590. ⟨10.1099/vir.0.066076-0⟩
Journal of General Virology, Microbiology Society, 2014, 95 (7), pp.1585-1590. ⟨10.1099/vir.0.066076-0⟩
Piegu, B, Guizard, S, Tan, YP, Cruaud, C, Asgari, S, Bideshi, DK, Federici, BA & Bigot, Y 2014, ' Genome sequence of a crustacean iridovirus, IIV31, isolated from the pill bug, Armadillidium vulgare ', Journal of General Virology, vol. 95, pp. 1585-1590 . https://doi.org/10.1099/vir.0.066076-0

مصطلحات موضوعية: [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], food.ingredient, Iridovirus, viruses, Molecular Sequence Data, Genome, Viral, Genome, Virus, California, Open Reading Frames, food, Microscopy, Electron, Transmission, Virology, Botany, Animals, ORFS, Armadillidium vulgare, Genetics, Whole genome sequencing, Base Composition, biology, Virion, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, Crustacean, DNA, Viral, Class crustacea, Isopoda

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URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::22ddfe12d007b1eadbbd3142f3f53ec2
https://hal.science/hal-01129876

المؤلفون: Corinne Cruaud, Brian A. Federici, Dennis K. Bideshi, Sébastien Guizard, Arnault Couloux, Tan Yeping, Benoît Piégu, Yves Bigot

المساهمون: Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Entomology and Interdepartmental Graduate Programs in Cell, Molecular and Developmental Biology, University of California, Interdepartmental Graduate Programs in Cell, Molecular and Developmental Biology, 3Interdepartmental Graduate Programs in Cell, Molecular and Developmental Biology, Department of Entomology, School of Medicine-University of California, California Baptist University (CBU), Department of Entomology and 3Interdepartmental Graduate Programs in Cell, Molecular and Developmental Biology, CNRS, Genoscope, Ministère de l'Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie, Groupement de Recherche CNRS3546, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: Standards in Genomic Sciences
Standards in Genomic Sciences, BioMedCentral, 2014, 9 (3), pp.940-947. ⟨10.4056/sigs.5059132⟩
Standards in Genomic Sciences 3 (9), 940-947. (2014)

مصطلحات موضوعية: Iridoviridae, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], food.ingredient, iridovirus, media_common.quotation_subject, Iridovirus, viruses, invertebrate, Insect, intein, Genome, iridoviridae, insect, mite, dsdna virus, 03 medical and health sciences, food, invertébré, Genetics, ORFS, Simulium, mouche, 030304 developmental biology, media_common, Whole genome sequencing, 0303 health sciences, Larva, biology, 030306 microbiology, biology.organism_classification, larve, Short Genome Reports, séquence du génome, Autre (Sciences du Vivant)

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URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::08d943508cef1a55745ea74bd7c2ea77
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01129866

المؤلفون: Florent Murat, Jérôme Salse, Alix Armero, Delphine Steinbach, Caroline Pont, Raphael Flores, Sébastien Guizard, Rongzhi Zhang, Richard Cooke, Hadi Quesneville

المساهمون: Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales - Clermont Auvergne (GDEC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherche Génomique Info (URGI), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Laboratoire Génome et développement des plantes (LGDP), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand 2 (UBP), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: Murat, F, Zhang, RZ, Guizard, S, Flores, R, Armero, A, Pont, C, Steinbach, D, Quesneville, H, Cooke, R & Salse, J 2013, ' Shared Subgenome Dominance Following Polyploidization Explains Grass Genome Evolutionary Plasticity from a Seven Protochromosome Ancestor with 16K Protogenes ', Genome Biology and Evolution, vol. 6, no. 1, pp. 12-33 . https://doi.org/10.1093/gbe/evt200
Genome Biology and Evolution
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2014, 6 (1), pp.12-33. ⟨10.1093/gbe/evt200⟩
Genome Biology and Evolution 1 (6), 12-33. (2014)
Genome Biology and Evolution, Society for Molecular Biology and Evolution, 2013, 6 (1), pp.12-33
Genome Biology and Evolution, 2013, 6 (1), pp.12-33

مصطلحات موضوعية: Duplication, [SDV]Life Sciences [q-bio], syntenie, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy, Genome, Gene Duplication, Gene duplication, évolution, Phylogeny, ComputingMilieux_MISCELLANEOUS, Genes, Dominant, Recombination, Genetic, Genetics, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], synteny, food and beverages, [SDV.BBM.MN]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular Networks [q-bio.MN], Karyotype, Genomics, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biomolecules [q-bio.BM], duplication, Recombination, Research Article, Evolution, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, Biology, Genes, Plant, Poaceae, dominance, Synteny, Chromosomes, Plant, Evolution, Molecular, Polyploidy, [SDV.GEN.GPL]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Plants genetics, Phylogenetics, [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], evolution, [SDV.BV]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology, [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology, [SDV.BBM.BC]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biochemistry [q-bio.BM], genome, Ecology, Evolution, Behavior and Systematics, Dominance, Comparative genomics, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics, génome, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.BV.AP]Life Sciences [q-bio]/Vegetal Biology/Plant breeding, ancestor, Ancestor, Gene Deletion, Software

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https://hdl.handle.net/20.500.11820/e6bc5dfc-6987-4b3b-a8c7-ca0ee3932be5

المؤلفون: Dennis K. Bideshi, Brian A. Federici, Arnault Couloux, Benoît Piégu, Yves Bigot, Sébastien Guizard, Tatsinda Spears, Corinne Cruaud

المساهمون: Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Entomology and Interdepartmental Graduate Programs in Cell, Molecular and Developmental Biology, University of California, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Department of Entomology, School of Medicine-University of California, Department of Natural and Mathematical Sciences, California Baptist University (CBU), Department of Entomology and Interdepartmental Graduate Programs in Cel, Ministère de l’Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie et le Groupement de Recherche CNRS 3546, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California (UC), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), School of Medicine-University of California (UC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: Archives of Virology
Archives of Virology, Springer Verlag, 2014, 159 (5), pp.1181-1185. ⟨10.1007/s00705-013-1918-x⟩
Archives of Virology, 2014, 159 (5), pp.1181-1185. ⟨10.1007/s00705-013-1918-x⟩

مصطلحات موضوعية: Iridoviridae, Gene Expression Regulation, Viral, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], food.ingredient, Iridovirus, media_common.quotation_subject, invertebrate, Insect, Genome, Viral, intein, Genome, Virus, food, dsdna virus, mite, iridoviridae, Virology, parasitic diseases, Animals, Simulium, media_common, Whole genome sequencing, Larva, biology, Diptera, General Medicine, biology.organism_classification, insect

URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::7aa6ecf4b3dd85ae5faa4e158a912af5
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24232916

المؤلفون: Arnault Couloux, Sébastien Guizard, Yves Bigot, Tatsinda Spears, Dennis K. Bideshi, Brian A. Federici, Corinne Cruaud, Benoît Piégu

المساهمون: Physiologie de la reproduction et des comportements [Nouzilly] (PRC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Tours-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Department of Entomology and Interdepartmental Graduate Programs in Cell, Molecular and Developmental Biology, University of California, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay, Department of Entomology, School of Medicine-University of California, Department of Natural and Mathematical Sciences, California Baptist University (CBU), Department of Entomology and Interdepartmental Graduate Programs in Cel, Ministère de l’Education Nationale, de la Recherche et de la Technologie et le Groupement de Recherche CNRS 3546, Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur] (IFCE)-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), University of California (UC), School of Medicine-University of California (UC), Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Institut Français du Cheval et de l'Equitation [Saumur]-Université de Tours (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: Journal of General Virology
Journal of General Virology, Microbiology Society, 2013, 94 (9), pp.2112-2116. ⟨10.1099/vir.0.054213-0⟩
Piegu, B, Guizard, S, Spears, T, Cruaud, C, Couloux, A, Bideshi, DK, Federici, BA & Bigot, Y 2013, ' Complete genome sequence of invertebrate iridescent virus 22 isolated from a blackfly larva ', Journal of General Virology, vol. 94, pp. 2112-2116 . https://doi.org/10.1099/vir.0.054213-0
Journal of General Virology, 2013, 94 (9), pp.2112-2116. ⟨10.1099/vir.0.054213-0⟩

مصطلحات موضوعية: Family Iridoviridae, [SDV.OT]Life Sciences [q-bio]/Other [q-bio.OT], food.ingredient, Iridovirus, Molecular Sequence Data, Insect Viruses, Genome, Viral, Genome, Virus, 03 medical and health sciences, food, Virology, parasitic diseases, Animals, Simuliidae, Simulium, 030304 developmental biology, Invertebrate, Whole genome sequencing, Genetics, Base Composition, 0303 health sciences, Larva, Wales, Base Sequence, biology, 030306 microbiology, Sequence Analysis, DNA, biology.organism_classification, DNA, Viral

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URL الوصول: https://explore.openaire.eu/search/publication?articleId=doi_dedup___::adc7e371a325742ac243e61b59e680cd
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01129740

المؤلفون: Benoît Piégu, Sébastien Guizard, Tan Yeping, Corinne Cruaud, Arnault Couloux, Nis K. Bideshi, Brian A. Federici, Yves Bigot

المساهمون: The Pennsylvania State University CiteSeerX Archives

المصدر: http://standardsingenomics.org/index.php/sigen/article/view/sigs.5059132/pdf/.

مصطلحات موضوعية: iridoviridae, iridovirus, dsDNA virus, insect, invertebrate, MITE, intein

Relation: http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.466.2934; http://standardsingenomics.org/index.php/sigen/article/view/sigs.5059132/pdf/

الاتاحة: http://citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.466.2934
http://standardsingenomics.org/index.php/sigen/article/view/sigs.5059132/pdf/