المؤلفون: Ugarcina Perovic, Svetlana, Ramji, Vedanth, Chong, Hui, Duan, Yiqian, Gschwind, Rémi, Ruppe, Etienne, Maguire, Finlay, Coelho, Luis Pedro

المساهمون: Morić, Ivana, Đorđević, Valentina

المصدر: 5th Belgrade Bioinformatics Conference

مصطلحات موضوعية: microbiome, metagenome, antibiotic resistance gene

Relation: This work was supported by the International Development Research Centre, IDRC, (under the framework of JPI AMR, grant 109304-001, EMBARK) and the Shanghai Municipal Science and Technology Major Project (grant 2018SHZDZX01) (SUP, LPC); the Australian Research Council (grant FT230100724) and National Health and Medical Research Council (under the framework of JPI AMR, grant 2031902, SEARCHER) (LPC); and Emergent Ventures 2023 Fellowship (VR).; www.belbi.bg.ac.rs; https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/2708; https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_2708

الاتاحة: https://imagine.imgge.bg.ac.rs/handle/123456789/2708
https://imagine.imgge.bg.ac.rs/bitstream/id/846419/BelBi2024-Book-of-Abstracts_1-16,47,141-142.pdf
https://hdl.handle.net/21.15107/rcub_imagine_2708

المؤلفون: Lao, Julie, Tackx, Raphael, Marin, Pierre, Dieuaide, Amanda, Mignon, Thomas, Batut, Bérénice, Siguret, Clea, Dallet, Romain, Hillion, Kenzo-Hugo, Goué, Nadia, Ruppé, Etienne, Le Corguillé, Gildas, Glaser, Philippe, Mareuil, Fabien, Médigue, Claudine

المساهمون: Université Paris Cité and Université Sorbonne Paris Nord, Inserm, IAME, F-75018 Paris, France, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales (GDEC), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), Mésocentre Clermont Auvergne, Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Écologie et Évolution de la Résistance aux Antibiotiques / Ecology and Evolution of Antibiotics Resistance (EERA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Saclay-Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse Bio-Informatique pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Programme prioritaire de recherche Antibiorésistance (PPR Antibiorésistance), Secrétariat Général Pour l'Investissement (SGPI), Consortium Abromics

المصدر: Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, et Mathématiques - 2024 ; https://hal.science/hal-04618645 ; Journées Ouvertes en Biologie, Informatique, et Mathématiques - 2024, Jun 2024, Toulouse, France

مصطلحات موضوعية: Antimicrobial resistance, One Health, Web platform, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [INFO.INFO-WB]Computer Science [cs]/Web, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie

جغرافية الموضوع: Toulouse, France

الاتاحة: https://hal.science/hal-04618645
https://hal.science/hal-04618645v1/document
https://hal.science/hal-04618645v1/file/poster_jobim2024_abromics_V3.pdf

المؤلفون: Bertagnolio, Silvia, Dobreva, Zlatina, Centner, Chad M, Olaru, Ioana Diana, Donà, Daniele, Burzo, Stefano, Huttner, Benedikt D, Chaillon, Antoine, Gebreselassie, Nebiat, Wi, Teodora, Hasso-Agopsowicz, Mateusz, Allegranzi, Benedetta, Sati, Hatim, Ivanovska, Verica, Kothari, Kavita U, Balkhy, Hanan H, Cassini, Alessandro, Hamers, Raph L, Weezenbeek, Kitty Van, Aanensen, David, Alanio, Alexandre, Alastruey-Izquierdo, Ana, Alemayehu, Tinsae, Al-Hasan, Majdi, Allegaert, Karel, Al-Maani, Amal Saif, Al-Salman, Jameela, Alshukairi, Abeer Nizar, Amir, Afreenish, Applegate, Tanya, Araj, George F, Villalobos, Marlen Arce, Årdal, Christine Oline, Ashiru-Oredope, Diane, Ashley, Elizabeth A, Babin, François-Xavier, Bachmann, Laura H, Bachmann, Till, Baker, Kate Susan, Balasegaram, Manica, Bamford, Colleen, Baquero, Fernando, Barcelona, Laura Isabel, Bassat, Quique, Bassetti, Matteo, Basu, Sulagna, Beardsley, Justin, Vásquez, Grey Benoit, Berkley, James A, Bhatnagar, Anuj K, Bielicki, Julia, Bines, Julie, Bongomin, Felix, Bonomo, Robert A, Bradley, John S, Bradshaw, Catriona, Brett, Ana, Brink, Adrian, Brown, Colin, Brown, Jeremy, Buising, Kirsty, Carson, Carolee, Carvalho, Anna Cristina, Castagnola, Elio, Cavaleri, Marco, Cecchini, Michele, Chabala, Chishala, Chaisson, Richard E, Chakrabarti, Arunaloke, Chandler, Clare, Chandy, Sujith John, Charani, Esmita, Chen, Lisa, Chiara, Francesca, Chowdhary, Anuradha, Chua, Arlene, Chuki, Pem, Chun, Doo Ryeon, Churchyard, Gavin, Cirillo, Daniela, Clack, Lauren, Coffin, Susan E, Cohn, Jennifer, Cole, Michelle, Conly, John, Cooper, Ben, Corso, Alejandra, Cosgrove, Sara E, Cox, Helen, Daley, Charles L, Darboe, Saffiatou, Darton, Tom, Davies, Gerry, de Egea, Viviana, Dedeić-Ljubović, Amela, Deeves, Miranda, Denkinger, Claudia, Dillon, Jo-Anne R, Dramowski, Angela, Eley, Brian, Roberta Esposito, Susanna Maria, Essack, Sabiha Y, Farida, Helmia, Farooqi, Joveria, Feasey, Nicholas, Ferreyra, Cecilia, Fifer, Helen, Finlayson, Heather, Frick, Mike, Gales, Ana Cristina, Galli, Luisa, Gandra, Sumanth, Gerber, Jeffrey S, Giske, Christian, Gordon, Bruce, Govender, Nelesh, Guessennd, Nathalie, Guindo, Ibrehima, Gurbanova, Elmira, Gwee, Amanda, Hagen, Ferry, Harbarth, Stephan, Haze, John, Heim, Jutta, Hendriksen, Rene, Heyderman, Robert Simon, Holt, Kathryn Elizabeth, Hönigl, Martin, Hook, Edward W, Hope, William, Hopkins, Heidi, Hughes, Gwenda, Ismail, Ghada, Issack, Mohammad Iqbal, Jacobs, Jan, Jasovský, Dušan, Jehan, Fyeza, Pearson, Antonieta Jimenez, Jones, Makoto, Joshi, Mohan P, Kapil, Arti, Kariuki, Samuel, Karkey, Abhilasha, Kearns, Gregory L, Keddy, Karen Helena, Khanna, Nina, Kitamura, Akiko, Kolho, Kaija-Leena, Kontoyiannis, Dimitrios P, Kotwani, Anita, Kozlov, Roman S, Kranzer, Katharina, Kularatne, Ranmini, Lahra, Monica M, Langford, Bradley J, Laniado-Laborin, Rafael, Larsson, Joakim, Lass-Flörl, Cornelia, Le Doare, Kirsty, Lee, Hyukmin, Lessa, Fernanda, Levin, Anna S, Limmathurotsakul, Direk, Lincopan, Nilton, Lo Vecchio, Andrea, Lodha, Rakesh, Loeb, Mark, Longtin, Yves, Lye, David Chien, Mahmud, Asif Mujtaba, Manaia, Célia, Manderson, Lenore, Mareković, Ivana, Marimuthu, Kalisvar, Martin, Irene, Mashe, Tapfumanei, Mei, Zeng, Meis, Jacques F, Lyra Tavares De Melo, Flávio Augusto, Mendelson, Marc, Miranda, Angelica Espinosa, Moore, David, Morel, Chantal, Moremi, Nyambura, Moro, Maria Luisa, Moussy, Francis, Mshana, Stephen, Mueller, Arno, Ndow, Francis J, Nicol, Mark, Nunn, Andrew, Obaro, Stephen, Obiero, Christina W, Okeke, Iruka N, Okomo, Uduak, Okwor, Tochi J, Oladele, Rita, Omulo, Sylvia, Ondoa, Pascale, Ortellado de Canese, Juana Medarda, Ostrosky-Zeichner, Luis, Padoveze, Maria Clara, Pai, Madhukar, Park, Benjamin, Parkhill, Julian, Parry, Christopher M, Peeling, Rosanna, Sobreira Vieira Peixe, Luísa Maria, Perovic, Olga, Pettigrew, Melinda M, Principi, Nicola, Pulcini, Céline, Puspandari, Nelly, Rawson, Timothy, Reddy, Denasha Lavanya, Reddy, Kessendri, Redner, Paulo, Rodríguez Tudela, Juan Luis, Rodríguez-Baño, Jesús, Van Katwyk, Susan Rogers, Roilides, Emmanuel, Rollier, Christine, Rollock, Leslie, Ronat, Jean-Baptiste, Ruppe, Etienne, Sadarangani, Manish, Salisbury, David, Salou, Mounerou, Samison, Luc Hervé, Sanguinetti, Maurizio, Sartelli, Massimo, Schellack, Natalie, Schouten, Jeroen, Schwaber, Mitchell J, Seni, Jeremiah, Senok, Abiola, Shafer, William M, Shakoor, Sadia, Sheppard, Donald, Shin, Jong-Hee, Sia, Sonia, Sievert, Dawn, Singh, Ishwar, Singla, Rupak, Soge, Olusegun O, Sprute, Rosanne, Srinivasan, Arjun, Srinivasan, Subasree, Sundsfjord, Arnfinn Ståle, Tacconelli, Evelina, Tahseen, Sabira, Tangcharoensathien, Viroj, Tängdén, Thomas, Thursky, Karin, Thwaites, Guy, Tigulini de Souza Peral, Renata, Tong, Deborah, Tootla, Hafsah Deepa, Tsioutis, Constantinos, Turner, Katy M, Turner, Paul, Omar, Shaheed Vally, van de Sande, Wendy WJ, van den Hof, Susan, van Doorn, Rogier, Veeraraghavan, Balaji, Verweij, Paul, Wahyuningsih, Retno, Wang, Hui, Warris, Adilia, Weinstock, Hillard, Wesangula, Evelyn, Whiley, David, White, Peter J, Williams, Phoebe, Xiao, Yonghong, Moscoso, Martin Yagui, Yang, Hsu Li, Yoshida, Sachiyo, Yu, Yunsong, Żabicka, Dorota, Zignol, Matteo, Rudan, Igor

Relation: Lancet Microbe; FRIDAID 2333644; https://hdl.handle.net/10037/36113

الاتاحة: https://hdl.handle.net/10037/36113
https://doi.org/10.1016/S2666-5247(24)00134-4

المؤلفون: Olivares, Carlos, Ruppé, Etienne, Ferreira, Stéphanie, Corbel, Tanguy, Andremont, Antoine, de Gunzburg, Jean, Guedj, Jeremie, Burdet, Charles

المساهمون: Da Volterra, Agence Nationale de la Recherche

المصدر: Gut Microbes ; volume 17, issue 1 ; ISSN 1949-0976 1949-0984

الاتاحة: https://doi.org/10.1080/19490976.2024.2442523
https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.1080/19490976.2024.2442523

المؤلفون: D’humières, Camille, Delavy, Margot, Alla, Laurie, Ichou, Farid, Gauliard, Emilie, Ghozlane, Amine, Levenez, Florence, Galleron, Nathalie, Quinquis, Benoit, Pons, Nicolas, Mullaert, Jimmy, Bridier-Nahmias, Antoine, Condamine, Bénédicte, Touchon, Marie, Rainteau, Dominique, Lamazière, Antonin, Lesnik, Philippe, Ponnaiah, Maharajah, Lhomme, Marie, Sertour, Natacha, Devente, Savannah, Docquier, Jean-Denis, Bougnoux, Marie-Elisabeth, Tenaillon, Olivier, Magnan, Mélanie, Ruppé, Etienne, Grall, Nathalie, Duval, Xavier, Ehrlich, Dusko, Mentré, France, Denamur, Erick, Rocha, Eduardo, P C, Le Chatelier, Emmanuelle, Burdet, Charles

المساهمون: Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Biologie et Pathogénicité fongiques - Fungal Biology and Pathogenicity (BPF), Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), MetaGenoPolis (MGP (US 1367)), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition CHU Pitié Salpêtrière (IHU ICAN), CHU Pitié-Salpêtrière AP-HP, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), CIC Hôpital Bichat, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard Paris, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-UFR de Médecine, Unité de Recherche sur les Maladies Cardiovasculaires, du Métabolisme et de la Nutrition = Research Unit on Cardiovascular and Metabolic Diseases (ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut de Cardiométabolisme et Nutrition = Institute of Cardiometabolism and Nutrition CHU Pitié Salpêtrière (IHU ICAN), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Pitié-Salpêtrière AP-HP, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Università degli Studi di Siena = University of Siena (UNISI), Unité de Parasitologie-Mycologie, Service de Microbiologie Hôpital Necker-Enfants-Malades, Paris, Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Centre d'investigation Clinique CHU Bichat - Épidémiologie clinique (CIC 1425), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), University College of London London (UCL), ANR-16-CE15-0022,PREDIRES,PREDIction de l'émergence de la RESistance bactérienne dans le microbiote intestinal humain lors d'un traitement antibiotique(2016), ANR-14-IFEC-0004,FunComPath,From fungal commensalism to pathogenicity:dissection of the colonization-to-infection shift of Candida albicans(2014), ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-11-DPBS-0001,MGP,MetaGenoPolis(2011)

المصدر: EISSN: 2049-2618 ; Microbiome ; https://u-paris.hal.science/hal-04582235 ; Microbiome, 2024, 12 (1), pp.50. ⟨10.1186/s40168-023-01746-0⟩ ; https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-023-01746-0#Ack1

مصطلحات موضوعية: Antibiotics, Human gut microbiota, Metagenomics, Metabolomics, Resilience, β-lactamase, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/38468305; hal-04582235; https://u-paris.hal.science/hal-04582235; https://u-paris.hal.science/hal-04582235v1/document; https://u-paris.hal.science/hal-04582235v1/file/s40168-023-01746-0.pdf; PUBMED: 38468305; PUBMEDCENTRAL: PMC10929231; WOS: 001182496800001

الاتاحة: https://u-paris.hal.science/hal-04582235
https://u-paris.hal.science/hal-04582235v1/document
https://u-paris.hal.science/hal-04582235v1/file/s40168-023-01746-0.pdf
https://doi.org/10.1186/s40168-023-01746-0

المؤلفون: Amarsy, R., Granger, B., Fournier, S., Monteil, C., Trystram, D., Siorat, V., Jarlier, V., Robert, J., Lefevre, Laurence Armand, Aubry, Alexandra, Avettand-Fenoel, Véronique, Barbut, Frédéric, Belec, Laurent, Bercot, Béatrice, Bonacorsi, Stéphane, Calvez, Vincent, Cambau, Emmanuelle, Carbonnelle, Etienne, Charpentier, Charlotte, Chevaliez, Stéphane, Decousser, Jean-Winoc, Delaugerre, Constance, Descamps, Diane, Dortet, Laurent, Doucet-Populaire, Florence, Frange, Pierre, Fourati, Slim, Gaillard, Jean-Louis, Gault, Elyanne, Herrmann, Jean-Louis, Jarlier, Vincent, Kerneis, Solen, Le Goff, Jérôme, Mainardi, Jean-Luc, Marcelin, Anne-Geneviève, Morand-Joubert, Laurence, Pawlotsky, Jean-Michel, Poyart, Claire, Rameix-Welti, Marie-Anne, Robert, Jérôme, Rodriguez, Christophe, Roque Afonso, Anne-Marie, Rottman, Martin, Rozenberg, Flore, Ruppé, Etienne, Skurnik, David, Veziris, Nicolas, Zahar, Jean-Ralph, Barnaud, Guilene, Billard-Pomares, Typhaine

المصدر: Journal of Hospital Infection ; volume 143, page 97-104 ; ISSN 0195-6701

الاتاحة: http://dx.doi.org/10.1016/j.jhin.2023.09.022
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0195670123003328?httpAccept=text/xml
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0195670123003328?httpAccept=text/plain

المؤلفون: Gschwind, Rémi, Petitjean, Marie, Fournier, Claudine, Lao, Julie, Clermont, Olivier, Nordmann, Patrice, Mellmann, Alexander, Denamur, Erick, Poirel, Laurent, Ruppé, Etienne

المساهمون: Uhlemann, Anne-Catrin, French Ministry of Defense | Direction Générale de l'Armement, Joint Programming Initiative on Antimicrobial Resistance, Universität Freiburg | National Center of Competence in Research Bio-Inspired Materials, University of Fribourg, Swiss national science foundation, Laboratoire Europeen Associe, INSERM "Emerging antibiotic resistance in Gram-negative bacteria"

المصدر: Antimicrobial Agents and Chemotherapy ; volume 68, issue 4 ; ISSN 0066-4804 1098-6596

الاتاحة: http://dx.doi.org/10.1128/aac.01459-23
https://journals.asm.org/doi/pdf/10.1128/aac.01459-23

المؤلفون: Bengtsson-Palme, Johan, 1985, Abramova, Anna, 1990, Berendonk, Thomas U., Coelho, Luis P., Forslund, Sofia K., Gschwind, Rémi, Heikinheimo, Annamari, Jarquín-Díaz, Víctor Hugo, Khan, Ayaz Ali, Klümper, Uli, Löber, Ulrike, Nekoro, Marmar, Osińska, Adriana D., Ugarcina Perovic, Svetlana, Pitkänen, Tarja, Rødland, Ernst Kristian, Ruppé, Etienne, Wasteson, Yngvild, Wester, Astrid Louise, Zahra, Rabaab

المصدر: Framtidens patogener och resistensgener Etablering av normalnivåer för antibiotikaresistens i olika miljöer för miljöövervakning Environment International. 178

مصطلحات موضوعية: Antibiotic resistance, AMR, Transmission, One-health, Infectious diseases, Surveillance

وصف الملف: electronic

URL الوصول: https://research.chalmers.se/publication/536717
https://research.chalmers.se/publication/536717/file/536717_Fulltext.pdf

المؤلفون: Dalmasso Guillaume, Beyrouthy Racha, Brugiroux Sandrine, Ruppé Etienne, Guillouard Laurent, Bonnin Virginie, Saint-Sardos Pierre, Ghozlane Amine, Gaumet Vincent, Barnich Nicolas, Delmas Julien, Bonnet Richard

المصدر: Microbiome, Vol 11, Iss 1, Pp 1-17 (2023)

مصطلحات موضوعية: mcr-1, Colistin, Antibiotic resistance, Antimicrobial peptides, Virulence, Inflammation, Microbial ecology, QR100-130

وصف الملف: electronic resource

Relation: https://doaj.org/toc/2049-2618

URL الوصول: https://doaj.org/article/e88107f5cb8e4a6f981450fa6ecbd0ab

المؤلفون: Safaei, Nasim, Deng, Zhi-Luo, Ohlendorf, Valerie, Junk, Beate, Sedlacek, Ludwig, Kay, Gemma, O'Grady, Justin, Debarry, Jennifer, RUPPE, Étienne, Cornberg, Markus, Maasoumy, Benjamin, McHardy, Alice

Relation: https://doi.org/10.5281/zenodo.10577453; https://doi.org/10.5281/zenodo.10577454; oai:zenodo.org:10577454

الاتاحة: https://doi.org/10.5281/zenodo.10577454

المؤلفون: Lao, Julie, Marin, Pierre, Dallet, Romain, Mareuil, Fabien, Toisy, Alix De, Hillion, Kenzo-Hugo, Birer, Aurélien, Goué, Nadia, Bonnet, Richard, Ruppé, Etienne, Corguillé, Gildas Le, Glaser, Philippe, Médigue, Claudine

المساهمون: Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), Mésocentre Clermont Auvergne, Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Nantes Université (Nantes Univ), CHU Clermont-Ferrand, Écologie et Évolution de la Résistance aux Antibiotiques / Ecology and Evolution of Antibiotics Resistance (EERA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Saclay-Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work is financially supported by the French Priority Research Programme on Antimicrobial Resistance (PPR Antibiorésistance), coordinated by Inserm and funded by the Secrétariat général pour l’investissement (SGPI), Federation of European Microbiological Society

المصدر: FEMS 2023 European Congress of Microbiology ; https://hal.science/hal-04369134 ; FEMS 2023 European Congress of Microbiology, Jul 2023, Congress Center Hamburg Hamburg, Germany, Germany

مصطلحات موضوعية: antibioresistance, genomic surveillance, epidemiology, FAIR data, database, Galaxy Workflow, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology

جغرافية الموضوع: Germany

Time: Congress Center Hamburg Hamburg, Germany, Germany

الاتاحة: https://hal.science/hal-04369134
https://hal.science/hal-04369134v1/document
https://hal.science/hal-04369134v1/file/ABRomics_poster_FEMS_2023.pdf

المؤلفون: Lao, Julie, Marin, Pierre, Dallet, Romain, Mareuil, Fabien, Toisy, Alix De, Birer, Aurélien, Goue, Nadia, Bonnet, Richard, Ruppe, Etienne, Corguille, Gildas Le, Glaser, Philippe, Médigue, Claudine

المساهمون: Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), Mésocentre Clermont Auvergne, Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), CHU Clermont-Ferrand, Écologie et Évolution de la Résistance aux Antibiotiques / Ecology and Evolution of Antibiotics Resistance (EERA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Saclay-Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse Bio-Informatique pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work is financially supported by the French Priority Research Programme on Antimicrobial Resistance (PPR Antibiorésistance), coordinated by Inserm and funded by the Secrétariat général pour l’investissement (SGPI), INRAE (Benoit Doublet)

المصدر: 9ème symposium sur la résistance aux antimicrobiens chez les animaux et dans l'environnement (ARAE 2023)
https://hal.science/hal-04369175
9ème symposium sur la résistance aux antimicrobiens chez les animaux et dans l'environnement (ARAE 2023), Jul 2023, Vinci International Convention Centre, Tours, France

مصطلحات موضوعية: antibioresistance, genomic surveillance and research, epidemiology, FAIR data, database, Galaxy Workflow, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology

جغرافية الموضوع: Tours, France

Time: Vinci International Convention Centre, Tours, France

الاتاحة: https://hal.science/hal-04369175
https://hal.science/hal-04369175v1/document
https://hal.science/hal-04369175v1/file/ABRomics_poster_ARAE_2023%20copie.pdf

المؤلفون: Ruppé, Etienne, on behalf of the Network for Enhancing Tricycle ESBL Surveillance Efficiency (NETESE) group

مصطلحات موضوعية: Policy and Practice

جغرافية الموضوع: Geneve

Relation: Bulletin of the World Health Organization; 10; 101; https://iris.who.int/handle/10665/373250; PMC10523813

الاتاحة: https://iris.who.int/handle/10665/373250
https://doi.org/10.2471/BLT.22.289520

المؤلفون: Gschwind, Rémi, Ugarcina Perovic, Svetlana, Weiss, Maja, Petitjean, Marie, Lao, Julie, Coelho, Luis Pedro, Ruppé, Etienne

المساهمون: Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Fudan University Shanghai, Danmarks Tekniske Universitet = Technical University of Denmark (DTU), ANR-19-JAMR-0004,EMBARK,Establishing a Monitoring Baseline for Antibiotic Resistance in Key environments(2019)

المصدر: ISSN: 0305-1048.

مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37207327; PUBMED: 37207327; PUBMEDCENTRAL: PMC10320180

الاتاحة: https://inserm.hal.science/inserm-04510976
https://inserm.hal.science/inserm-04510976v1/document
https://inserm.hal.science/inserm-04510976v1/file/Gschwind%20Nucleic%20Acid%20Research%202023.pdf
https://doi.org/10.1093/nar/gkad384

المؤلفون: Dalmasso, Guillaume, Beyrouthy, Racha, Brugiroux, Sandrine, Ruppé, Etienne, Guillouard, Laurent, Bonnin, Virginie, Saint-Sardos, Pierre, Ghozlane, Amine, Gaumet, Vincent, Barnich, Nicolas, Delmas, Julien, Bonnet, Richard

المساهمون: Microbes, Intestin, Inflammation et Susceptibilité de l'Hôte (M2iSH), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre de Recherche en Nutrition Humaine d'Auvergne (CRNH d'Auvergne)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Clermont Auvergne (UCA), Centre National de Référence de la Résistance aux Antibiotiques CHU Clermont-Ferrand (CNR), CHU Clermont-Ferrand, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard Paris, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Bioinformatique évolutive - Evolutionary Bioinformatics, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Imagerie Moléculaire et Stratégies Théranostiques (IMoST), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Clermont Auvergne (UCA)

المصدر: EISSN: 2049-2618 ; Microbiome ; https://hal.science/hal-04205871 ; Microbiome, 2023, 11 (1), pp.23. ⟨10.1186/s40168-023-01489-y⟩

مصطلحات موضوعية: Antibiotic resistance, Antimicrobial peptides, Colistin, Commensalism, Escherichia coli, Inflammation, Microbiota, Virulence, mcr-1, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/36755345; hal-04205871; https://hal.science/hal-04205871; https://hal.science/hal-04205871/document; https://hal.science/hal-04205871/file/s40168-023-01489-y.pdf; PUBMED: 36755345; PUBMEDCENTRAL: PMC9909984

الاتاحة: https://hal.science/hal-04205871
https://hal.science/hal-04205871/document
https://hal.science/hal-04205871/file/s40168-023-01489-y.pdf
https://doi.org/10.1186/s40168-023-01489-y

المؤلفون: Hauser, S, Lazarevic, Vladimir, Tournoud, M, Ruppe, Etienne, Santiago Allexant, E, Guigon, G, Schicklin, S, Lanet, V, Girard, Myriam, Mirande, C, Gervasi, G, Schrenzel, Jacques

المصدر: ISSN: 2165-0497 ; Microbiology spectrum, vol. 11, no. 6 (2023) e0129423.

مصطلحات موضوعية: info:eu-repo/classification/ddc/616, HAP-VAP, Absolute quantification, Calibrator, Clinical metagenomics, Diagnosis, Metagenomics threshold, Sample processing control, Spike-in bacteria, Standardization

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37889000; info:eu-repo/semantics/dataset/url/https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA771365; https://archive-ouverte.unige.ch/unige:175404; unige:175404

الاتاحة: https://archive-ouverte.unige.ch/unige:175404

المؤلفون: de Lorenzi-Tognon, Mikaël, Ruppé, Etienne, Schrenzel, Jacques

المساهمون: Hôpitaux Universitaires de Genève, bioMérieux

المصدر: Microbes and Infection ; volume 25, issue 4, page 105105 ; ISSN 1286-4579

الاتاحة: http://dx.doi.org/10.1016/j.micinf.2023.105105
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S1286457923000084?httpAccept=text/xml
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S1286457923000084?httpAccept=text/plain

المؤلفون: Marin, Pierre, Lao, Julie, Hillion, Kenzo-Hugo, Birer, Aurélien, Goué, Nadia, Bonnet, Richard, Mareuil, Fabien, Le Gorguille, Gildas, Ruppe, Etienne, Abromics, Consortium, Glaser, Philippe, Médigue, Claudine

المساهمون: Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Plateforme Auvergne Bioinformatique (AuBi), Mésocentre Clermont Auvergne, Université Clermont Auvergne (UCA)-Université Clermont Auvergne (UCA), Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, Nantes Université (Nantes Univ), CHU Clermont-Ferrand, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), ABiMS - Informatique et bioinformatique = Analysis and Bioinformatics for Marine Science (ABIMS), Fédération de recherche de Roscoff (FR2424), Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Station biologique de Roscoff = Roscoff Marine Station (SBR), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Écologie et Évolution de la Résistance aux Antibiotiques / Ecology and Evolution of Antibiotics Resistance (EERA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris-Saclay-Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Analyse Bio-Informatique pour la Génomique et le Métabolisme (LABGeM), Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), SFBI et IFB, Campus de Beaulieu de l’Université de Rennes

المصدر: JOURNÉES OUVERTES EN BIOLOGIE, INFORMATIQUE ET MATHÉMATIQUES ( JOBIM ) 2022 ; https://hal.science/hal-04369049 ; JOURNÉES OUVERTES EN BIOLOGIE, INFORMATIQUE ET MATHÉMATIQUES ( JOBIM ) 2022, Jul 2022, Rennes, France. Actes JOBIM 2022

مصطلحات موضوعية: antibioresistance, genomic surveillance, FAIR data, database, Galaxy Workflow, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology

جغرافية الموضوع: Rennes, France

الاتاحة: https://hal.science/hal-04369049
https://hal.science/hal-04369049v1/document
https://hal.science/hal-04369049v1/file/abromics_jobim2022_4.0.pdf

المؤلفون: Tap, Julien, Ruppé, Etienne, Derrien, Muriel

المساهمون: Danone Research, Groupe DANONE, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord

المصدر: Comprehensive Gut Microbiota ; https://hal.inrae.fr/hal-03825745 ; Comprehensive Gut Microbiota, Elsevier, pp.161-178, 2022, ⟨10.1016/B978-0-12-819265-8.00039-5⟩

مصطلحات موضوعية: Gut microbiota, Human, Stability, Challenge, Resilience, Keystone species, Recovery, Solutions, Clinical studies, Alpha-diversity, Function, Antibiotics, Protection, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology

Relation: hal-03825745; https://hal.inrae.fr/hal-03825745; https://hal.inrae.fr/hal-03825745/document; https://hal.inrae.fr/hal-03825745/file/Tap_et_al_2022_Comprehensive_Gut_Microbiota.pdf

الاتاحة: https://hal.inrae.fr/hal-03825745
https://hal.inrae.fr/hal-03825745/document
https://hal.inrae.fr/hal-03825745/file/Tap_et_al_2022_Comprehensive_Gut_Microbiota.pdf
https://doi.org/10.1016/B978-0-12-819265-8.00039-5

المؤلفون: Lazarevic, Vladimir, Gaïa, Nadia, Girard, Myriam, Mauffrey, Florian, Ruppé, Etienne, Schrenzel, Jacques

المساهمون: Geneva University Hospitals and Geneva University, Infection, Anti-microbiens, Modélisation, Evolution (IAME (UMR_S_1137 / U1137)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité)-Université Sorbonne Paris Nord, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard Paris, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpitaux universitaires de Genève = University Hospitals of Geneva (HUG)

المصدر: EISSN: 2730-6151 ; ISME Communications ; https://hal.science/hal-04698595 ; ISME Communications, 2022, 2 (1), pp.122. ⟨10.1038/s43705-022-00208-2⟩

مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37938717; PUBMED: 37938717; PUBMEDCENTRAL: PMC9792467

الاتاحة: https://hal.science/hal-04698595
https://hal.science/hal-04698595v1/document
https://hal.science/hal-04698595v1/file/s43705-022-00208-2.pdf
https://doi.org/10.1038/s43705-022-00208-2