المؤلفون: Aditya, Chetan, Bertaux, François, Batt, Gregory, Ruess, Jakob

المصدر: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022 Mar . 119(11), 1-10.

URL الوصول: https://www.jstor.org/stable/27150940

المؤلفون: Cepeda-Humerez, Sarah A, Ruess, Jakob, Tkačik, Gašper

مصطلحات موضوعية: Quantitative Biology - Quantitative Methods

URL الوصول: http://arxiv.org/abs/1812.11884

المؤلفون: Ruess, Jakob^1,2 (AUTHOR) jakob.ruess@inria.fr, Ballif, Guillaume¹ (AUTHOR), Aditya, Chetan^2,3 (AUTHOR)

المصدر: Journal of Chemical Physics. 11/14/2023, Vol. 159 Issue 18, p1-13. 13p.

مصطلحات موضوعية: *CHEMICAL kinetics, *CELL populations, *POPULATION dynamics, *MARKOV processes, *CELL growth

المؤلفون: Lunz, Davin, Bonnans, J. Frédéric, Ruess, Jakob

المساهمون: InBio - Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes (INBIO), Institut Pasteur Paris (IP)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur Paris (IP), Dynamical Interconnected Systems in COmplex Environments (DISCO), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire des signaux et systèmes (L2S), CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des signaux et systèmes (L2S), CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-18-CE91-0002,CyberCircuits,Circuits cybergénétiques pour tester la composabilité des réseaux génétiques(2018), ANR-22-CE45-0019,Opt-MC,Couplages bidirectionnels entre cellules et populations: contrôle optogénétique de communautés microbiennes(2022)

المصدر: ISSN: 0303-6812.

مصطلحات موضوعية: [MATH.MATH-GM]Mathematics [math]/General Mathematics [math.GM], [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics

الاتاحة: https://inria.hal.science/hal-03445175
https://inria.hal.science/hal-03445175v3/document
https://inria.hal.science/hal-03445175v3/file/bioproduction.pdf
https://doi.org/10.1007/s00285-023-01876-x

المؤلفون: Fox, Zachary, Batt, Gregory, Ruess, Jakob

المساهمون: Oak Ridge National Laboratory Oak Ridge (ORNL), UT-Battelle, LLC, Institut Pasteur Paris (IP), InBio - Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes (INBIO), Institut Pasteur Paris (IP)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris Cité (UPCité), ANR-18-CE91-0002,CyberCircuits,Circuits cybergénétiques pour tester la composabilité des réseaux génétiques(2018), ANR-16-CE33-0018,MEMIP,Modèles à effets mixtes de processus intracellulaires: méthodes, outils et applications(2016), ANR-16-CE12-0025,COGEX,Contrôle automatisé de l'expression des gènes(2016), European Project: 766840,H2020,COSY-BIO(2017)

المصدر: ISSN: 1478-3967.

مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37343568; info:eu-repo/grantAgreement//766840/EU/Control Engineering of Biological Systems for Reliable Synthetic Biology Applications/COSY-BIO; PUBMED: 37343568

الاتاحة: https://inria.hal.science/hal-04148503
https://inria.hal.science/hal-04148503v1/document
https://inria.hal.science/hal-04148503v1/file/biophys_reprint.pdf
https://doi.org/10.1088/1478-3975/ace094

المؤلفون: Fox, Zachary, Fletcher, Steven, Ruess, Jakob, Batt, Gregory

المصدر: Biophysical Journal ; volume 122, issue 3, page 274a ; ISSN 0006-3495

الاتاحة: http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2022.11.1562
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المؤلفون: Davidović, Anđela, Chait, Remy, Batt, Gregory, Ruess, Jakob

المساهمون: Département de Biologie Computationnelle - Department of Computational Biology, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), University of Exeter, Institute of Science and Technology Klosterneuburg, Austria (IST Austria), InBio - Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes (INBIO), Institut Pasteur Paris (IP)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris Cité (UPCité), ANR-18-CE91-0002,CyberCircuits,Circuits cybergénétiques pour tester la composabilité des réseaux génétiques(2018)

المصدر: ISSN: 1553-734X.

مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/35303737; PUBMED: 35303737

الاتاحة: https://inria.hal.science/hal-03625706
https://inria.hal.science/hal-03625706v2/document
https://inria.hal.science/hal-03625706v2/file/journal.pcbi.1009950.pdf
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009950

المؤلفون: Fox, Zachary, Fletcher, Steven, Fraisse, Achille, Aditya, Chetan, Sosa-Carrillo, Sebastián, Petit, Julienne, Gilles, Sébastien, Bertaux, François, Ruess, Jakob, Batt, Gregory

المساهمون: InBio - Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes (INBIO), Institut Pasteur Paris (IP)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris Cité (UPCité), Los Alamos National Laboratory (LANL), Microbiologie structurale - Structural Microbiology (Microb. Struc. (UMR_3528 / U-Pasteur_5)), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Service Expérimentation et Développement (SED Saclay ), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), This work was supported by ANR grants CyberCircuits (ANR‐18‐CE91‐0002), MEMIP (ANR‐16‐CE33‐0018), and Cogex (ANR‐16‐CE12‐0025), by the H2020 Fet‐Open COSY‐BIO grant (grant agreement no. 766840) and by the Inria IPL grant COSY. We acknowledge the support of the U.S. Department of Energy through the LANL/LDRD Program and the Center for Non Linear Studies for this work. We thank Anne-Marie Wehenkel for her detailed comments., ANR-18-CE91-0002,CyberCircuits,Circuits cybergénétiques pour tester la composabilité des réseaux génétiques(2018), ANR-16-CE33-0018,MEMIP,Modèles à effets mixtes de processus intracellulaires: méthodes, outils et applications(2016), ANR-16-CE12-0025,COGEX,Contrôle automatisé de l'expression des gènes(2016), European Project: 766840,H2020,COSY-BIO(2017)

المصدر: ISSN: 2041-1723.

مصطلحات موضوعية: [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Relation: info:eu-repo/grantAgreement//766840/EU/Control Engineering of Biological Systems for Reliable Synthetic Biology Applications/COSY-BIO; hal-03261134; https://hal.science/hal-03261134; https://hal.science/hal-03261134v2/document; https://hal.science/hal-03261134v2/file/s41467-022-29888-z%281%29.pdf

الاتاحة: https://hal.science/hal-03261134
https://hal.science/hal-03261134v2/document
https://hal.science/hal-03261134v2/file/s41467-022-29888-z%281%29.pdf
https://doi.org/10.1038/s41467-022-29888-z

المؤلفون: Lunz, Davin, Frédéric Bonnans, Joseph, Ruess, Jakob

المساهمون: InBio - Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes (INBIO), Institut Pasteur Paris (IP)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire des signaux et systèmes (L2S), CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Grant ANR-18-CE91-0002 (CyberCircuits ), ANR-18-CE91-0002,CyberCircuits,Circuits cybergénétiques pour tester la composabilité des réseaux génétiques(2018)

المصدر: ISSN: 0025-5564 ; Mathematical Biosciences ; https://inria.hal.science/hal-03479587 ; Mathematical Biosciences, 2022, 350, pp.108866. ⟨10.1016/j.mbs.2022.108866⟩.

مصطلحات موضوعية: Heterogeneous models, Population models, Bioproduction, Moment hierarchy, Moment closure, Optimal control, [MATH.MATH-GM]Mathematics [math]/General Mathematics [math.GM]

الاتاحة: https://inria.hal.science/hal-03479587
https://inria.hal.science/hal-03479587v2/document
https://inria.hal.science/hal-03479587v2/file/high_order.pdf
https://doi.org/10.1016/j.mbs.2022.108866

المؤلفون: Ruess, Jakob, Milias-Argeitis, Andreas, Lygeros, John

المصدر: J R Soc Interface 10:20130588 (2013)

مصطلحات موضوعية: Quantitative Biology - Quantitative Methods

URL الوصول: http://arxiv.org/abs/1304.1455

المؤلفون: Lunz, Davin, Batt, Gregory, Ruess, Jakob, Frédéric Bonnans, Joseph

المساهمون: Controle, Optimisation, modèles, Méthodes et Applications pour les Systèmes Dynamiques non linéaires (COMMANDS), Centre de Mathématiques Appliquées de l'Ecole polytechnique (CMAP), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-École polytechnique (X), Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Institut Polytechnique de Paris (IP Paris)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), InBio - Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes (INBIO), Institut Pasteur Paris (IP)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris Cité (UPCité), This work was partially supported by the Inria Project Lab CoSy and by the ANR grants ANR-18- CE91-0002 (CyberCircuits) and ANR-16-CE33-0018 (MEMIP)., ANR-18-CE91-0002,CyberCircuits,Circuits cybergénétiques pour tester la composabilité des réseaux génétiques(2018), ANR-16-CE33-0018,MEMIP,Modèles à effets mixtes de processus intracellulaires: méthodes, outils et applications(2016)

المصدر: ISSN: 1553-734X.

مصطلحات موضوعية: [MATH.MATH-GM]Mathematics [math]/General Mathematics [math.GM], [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/34319979; PUBMED: 34319979; PUBMEDCENTRAL: PMC8352075

الاتاحة: https://inria.hal.science/hal-02991103
https://inria.hal.science/hal-02991103v2/document
https://inria.hal.science/hal-02991103v2/file/journal.pcbi.1009214.pdf
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009214

المؤلفون: Aditya, Chetan, Bertaux, François, Batt, Gregory, Ruess, Jakob

المساهمون: InBio - Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes (INBIO), Institut Pasteur Paris (IP)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported by the H2020 Fet‐Open COSY‐BIO grant (grant agreement no. 766840), by the Inria grant IPL COSY and by ANR grants CyberCircuits (ANR‐18‐CE91‐0002), MEMIP (ANR‐16‐CE33‐0018), and Cogex (ANR‐16‐CE12‐0025), ANR-18-CE91-0002,CyberCircuits,Circuits cybergénétiques pour tester la composabilité des réseaux génétiques(2018), ANR-16-CE33-0018,MEMIP,Modèles à effets mixtes de processus intracellulaires: méthodes, outils et applications(2016), ANR-16-CE12-0025,COGEX,Contrôle automatisé de l'expression des gènes(2016), European Project: 766840,H2020,COSY-BIO(2017)

المصدر: ISSN: 2041-1723.

مصطلحات موضوعية: [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Relation: info:eu-repo/grantAgreement//766840/EU/Control Engineering of Biological Systems for Reliable Synthetic Biology Applications/COSY-BIO

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-03263577
https://pasteur.hal.science/pasteur-03263577v1/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-03263577v1/file/s41467-021-26129-7%281%29.pdf
https://doi.org/10.1038/s41467-021-26129-7

المؤلفون: Bertaux, François, Ruess, Jakob, Batt, Grégory

المساهمون: InBio - Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes (INBIO), Institut Pasteur Paris (IP)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris Cité (UPCité), This work was supported in part by ANR grants CyberCircuits (ANR-18-CE91-0002), MEMIP (ANR-16-CE33-0018), and Cogex (ANR-16-CE12-0025), by the H2020 Fet-Open COSY-BIO grant (grant agreement no. 766840), and by the Inria IPL grant COSY., ANR-18-CE91-0002,CyberCircuits,Circuits cybergénétiques pour tester la composabilité des réseaux génétiques(2018), ANR-16-CE33-0018,MEMIP,Modèles à effets mixtes de processus intracellulaires: méthodes, outils et applications(2016), ANR-16-CE12-0025,COGEX,Contrôle automatisé de l'expression des gènes(2016), European Project: 766840,H2020,COSY-BIO(2017)

المصدر: ISSN: 2452-3100 ; Current Opinion in Systems Biology ; https://inria.hal.science/hal-03536479 ; Current Opinion in Systems Biology, 2021, 28, pp.100394. ⟨10.1016/j.coisb.2021.100394⟩.

مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/grantAgreement//766840/EU/Control Engineering of Biological Systems for Reliable Synthetic Biology Applications/COSY-BIO

الاتاحة: https://inria.hal.science/hal-03536479
https://inria.hal.science/hal-03536479v1/document
https://inria.hal.science/hal-03536479v1/file/S2452310021000895.pdf
https://doi.org/10.1016/j.coisb.2021.100394

المؤلفون: Lunz, Davin, Batt, Gregory, Ruess, Jakob

المساهمون: Agence Nationale de la Recherche

المصدر: Epidemics ; volume 34, page 100428 ; ISSN 1755-4365

الاتاحة: http://dx.doi.org/10.1016/j.epidem.2020.100428
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S1755436520300475?httpAccept=text/xml
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S1755436520300475?httpAccept=text/plain

المؤلفون: Kryukov, Maxim, Carcano, Arthur, Batt, Gregory, Ruess, Jakob

Relation: https://zenodo.org/communities/cosy-bio; https://zenodo.org/communities/eu; https://doi.org/10.23919/ECC.2019.8796209; oai:zenodo.org:4835969

الاتاحة: https://doi.org/10.23919/ECC.2019.8796209

المؤلفون: Weill, Élise, Andréani, Virgile, Aditya, Chetan, Martinon, Pierre, Ruess, Jakob, Batt, Grégory, Bonnans, Frédéric

المصدر: 2019 18th European Control Conference (ECC), Naples, Italy, 25-28 June 2019

Relation: https://zenodo.org/communities/cosy-bio; https://zenodo.org/communities/eu; https://doi.org/10.23919/ECC.2019.8795858; oai:zenodo.org:4836268

الاتاحة: https://doi.org/10.23919/ECC.2019.8795858

المؤلفون: Fox, Zachary, Chait, Remy, Batt, Gregory, Ruess, Jakob

المصدر: Biophysical Journal ; volume 118, issue 3, page 610a ; ISSN 0006-3495

الاتاحة: http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2019.11.3293
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0006349519342262?httpAccept=text/xml
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المؤلفون: Davidović, Anđela, Chait, Remy, Batt, Gregory, Ruess, Jakob

المساهمون: Département de Biologie Computationnelle - Department of Computational Biology, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institute of Science and Technology Klosterneuburg, Austria (IST Austria), University of Exeter, InBio - Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes (INBIO), Institut Pasteur Paris (IP)-Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris Cité (UPCité), ANR-16-CE33-0018,MEMIP,Modèles à effets mixtes de processus intracellulaires: méthodes, outils et applications(2016)

المصدر: https://inria.hal.science/hal-03544059 ; 2021.

مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: hal-03544059; https://inria.hal.science/hal-03544059; https://inria.hal.science/hal-03544059/document; https://inria.hal.science/hal-03544059/file/2021.08.24.457516v1.full.pdf; BIORXIV: 2021.08.24.457516

الاتاحة: https://inria.hal.science/hal-03544059
https://inria.hal.science/hal-03544059/document
https://inria.hal.science/hal-03544059/file/2021.08.24.457516v1.full.pdf
https://doi.org/10.1101/2021.08.24.457516

المؤلفون: Aditya, Chetan, Bertaux, François, Batt, Gregory, Ruess, Jakob

المساهمون: InBio - Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes, Institut Pasteur Paris -Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université Paris Cité (UPC), This work was supported by the H2020 Fet-Open COSYBIO grant (grant agreement no. 766840) and by the ANR grant CyberCircuits (ANR-18-CE91-0002)., ANR-18-CE91-0002,CyberCircuits,Circuits cybergénétiques pour tester la composabilité des réseaux génétiques(2018), European Project: 766840,H2020,COSY-BIO(2017)

المصدر: https://hal.inria.fr/hal-03544044 ; 2021.

مصطلحات موضوعية: Optogenetics, Synthetic differentiation circuits, Composability, Chemical master equation, Population dynamics, [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/grantAgreement//766840/EU/Control Engineering of Biological Systems for Reliable Synthetic Biology Applications/COSY-BIO; hal-03544044; https://hal.inria.fr/hal-03544044; https://hal.inria.fr/hal-03544044/document; https://hal.inria.fr/hal-03544044/file/2021.08.03.454887v1.full.pdf; BIORXIV: 2021.08.03.454887

الاتاحة: https://hal.inria.fr/hal-03544044
https://hal.inria.fr/hal-03544044/document
https://hal.inria.fr/hal-03544044/file/2021.08.03.454887v1.full.pdf
https://doi.org/10.1101/2021.08.03.454887

المؤلفون: Lunz, Davin, Bonnans, Joseph Frédéric, Ruess, Jakob

المساهمون: Méthodes Expérimentales et Computationnelles pour la Modélisation des Processus Cellulaires / Experimental and Computational Methods for Modeling Cellular Processes (InBio ), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur Paris -Inria de Paris, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Institut Pasteur Paris, Dynamical Interconnected Systems in COmplex Environments (DISCO), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire des signaux et systèmes (L2S), CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire des signaux et systèmes (L2S), CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Controle, Optimisation, modèles, Méthodes et Applications pour les Systèmes Dynamiques non linéaires (COMMANDS), Centre de Mathématiques Appliquées - Ecole Polytechnique (CMAP), École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École polytechnique (X)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Inria Saclay - Ile de France

المصدر: https://hal.inria.fr/hal-03445175 ; 2021.

مصطلحات موضوعية: [MATH.MATH-GM]Mathematics [math]/General Mathematics [math.GM], [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics

Relation: hal-03445175; https://hal.inria.fr/hal-03445175; https://hal.inria.fr/hal-03445175/document; https://hal.inria.fr/hal-03445175/file/bioproduction.pdf

الاتاحة: https://hal.inria.fr/hal-03445175
https://hal.inria.fr/hal-03445175/document
https://hal.inria.fr/hal-03445175/file/bioproduction.pdf