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1Academic Journal
المؤلفون: Camargo, Antonio Pedro, Call, Lee, Roux, Simon, Nayfach, Stephen, Huntemann, Marcel, Palaniappan, Krishnaveni, Ratner, Anna, Chu, Ken, Mukherjeep, Supratim, Reddy, TBK, Chen, I-Min A, Ivanova, Natalia N, Eloe-Fadrosh, Emiley A, Woyke, Tanja, Baltrus, David A, Castañeda-Barba, Salvador, de la Cruz, Fernando, Funnell, Barbara E, Hall, James PJ, Mukhopadhyay, Aindrila, Rocha, Eduardo PC, Stalder, Thibault, Top, Eva, Kyrpides, Nikos C
المصدر: Nucleic Acids Research. 52(D1)
مصطلحات موضوعية: Microbiology, Biological Sciences, Bioinformatics and Computational Biology, Genetics, Human Genome, Humans, Metagenome, Metadata, Software, Databases, Genetic, Plasmids, Microbiota, Environmental Sciences, Information and Computing Sciences, Developmental Biology, Biological sciences, Chemical sciences, Environmental sciences
وصف الملف: application/pdf
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2Academic Journal
المؤلفون: Madin, Joshua S, Nielsen, Daniel A, Brbic, Maria, Corkrey, Ross, Danko, David, Edwards, Kyle, Engqvist, Martin KM, Fierer, Noah, Geoghegan, Jemma L, Gillings, Michael, Kyrpides, Nikos C, Litchman, Elena, Mason, Christopher E, Moore, Lisa, Nielsen, Søren L, Paulsen, Ian T, Price, Nathan D, Reddy, TBK, Richards, Matthew A, Rocha, Eduardo PC, Schmidt, Thomas M, Shaaban, Heba, Shukla, Maulik, Supek, Fran, Tetu, Sasha G, Vieira-Silva, Sara, Wattam, Alice R, Westfall, David A, Westoby, Mark
المصدر: Scientific data. 7(1)
وصف الملف: application/pdf
URL الوصول: https://escholarship.org/uc/item/8qh212fq
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3Report
المؤلفون: Darracq, Baptiste, Littner, Eloi, Brunie, Manon, Bos, Julia, Kaminski, Pierre Alexandre, Depardieu, Florence, Slesak, Weronika, Debatisse, Kevin, Touchon, Marie, Le Roux, Frederique, Bernheim, Aude, Bikard, David, Mazel, Didier, Rocha, Eduardo Pc, Loot, Céline
المساهمون: Plasticité du Génome Bactérien - Bacterial Genome Plasticity (PGB), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Centre d'Études du Bouchet (DGA Maitrise NRBC), Délégation Générale pour l'Armement, Biologie de Synthèse - Synthetic biology, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université du Québec à Montréal = University of Québec in Montréal (UQAM), Diversité moléculaire des microbes / Molecular diversity of microbes, This work was supported by the Institut Pasteur, the Centre National de la RechercheScientifique (CNRS-UMR 3525), the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM Grants No.EQU202103012569 and EQU201903007835), ANR Chromintevol (ANR-21-CE12-0002-01),and by the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ ANR-10-LABX-62-IBEID . E.L. issupported by the Direction Générale de l’Armement (DGA)., ANR-21-CE12-0002,Chromintevol,Etude de l'impact des intégrons chromosiques sur l'évolution des bactéries(2021), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)
المصدر: https://hal.science/hal-04783441 ; 2024.
مصطلحات موضوعية: genetic adaptation, bacterial immunity, streamlined anti-phage system, Vibrio spp, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Relation: BIORXIV: 2024.07.02.601686
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4Report
المؤلفون: Lemarignier, Marion, Savin, Cyril, Ruedas Torres, Ines, Derbise, Anne, Coluzzi, Charles, Burlaud-Gaillard, Julien, Madej, Julien, Beau, Rémi, Roingeard, Philippe, Lechat, Pierre, Rocha, Eduardo Pc, Gomez-Laguna, Jaime, Pizarro-Cerdá, Javier
المساهمون: Yersinia, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre collaborateur de l'OMS Yersinia - WHO Collaborating Center Yersinia (CC-OMS / WHO-CC), Institut Pasteur Paris (IP)-Organisation Mondiale de la Santé / World Health Organization Office Genève, Suisse (OMS / WHO)-Université Paris Cité (UPCité), UK Health Security Agency London (UKHSA), Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Plateforme IBISA de Microscopie Electronique CHRU de Tours (PFME-Tours), Centre Hospitalier Régional Universitaire de Tours (CHRU Tours)-Université de Tours (UT), Morphogénèse et antigénicité du VIH, des Virus des Hépatites et Emergents (MAVIVHe), Université de Tours (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Universidad de Córdoba = University of Córdoba Córdoba, This work received financial support from Institut Pasteur, Université Paris Cité and LabEX Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (ANR-10_LBX-62-IBEID). ML received a Ph.D. fellowship from MENESR (Ministère de l’Education Nationale, de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche)., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)
المصدر: https://pasteur.hal.science/pasteur-04612996 ; 2024.
مصطلحات موضوعية: Yersinia pseudotuberculosis, Far East scarlet-like fever, pVM82, type IVB secretion system (T4BSS), dot/icm genes, virulence factor, [SDV]Life Sciences [q-bio]
Relation: pasteur-04612996; https://pasteur.hal.science/pasteur-04612996; https://pasteur.hal.science/pasteur-04612996/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-04612996/file/2024.06.14.598817v1.full.pdf; BIORXIV: 2024.06.14.598817
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5Academic Journal
المساهمون: Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), ANR JCJC (Agence national de recherche) grant ANR 18 CE12-0001 01 ENCAPSULATION Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ (grant ANR-10-LABX-62-IBEID)FRM EQU201903007835, ANR-18-CE12-0001,ENCAPSULATION,Le rôle évolutif des capsules dans l'adaptation bactérienne(2018), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)
المصدر: EISSN: 2050-084X ; eLife ; https://pasteur.hal.science/pasteur-04057813 ; eLife, 2023, 12, pp.e83479. ⟨10.7554/eLife.83479⟩
Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/36975200; pasteur-04057813; https://pasteur.hal.science/pasteur-04057813; https://pasteur.hal.science/pasteur-04057813/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-04057813/file/elife-83479-v3.pdf; PUBMED: 36975200
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6Report
المؤلفون: Abby, Sophie S., Denise, Rémi, Rocha, Eduardo Pc
المساهمون: Translational microbial Evolution and Engineering (TIMC-TrEE), Translational Innovation in Medicine and Complexity / Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité - UMR 5525 (TIMC), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP), Université Grenoble Alpes (UGA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP), Université Grenoble Alpes (UGA), University College Cork (UCC), Génétique des génomes - Genetics of Genomes (UMR 3525), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics
المصدر: https://cnrs.hal.science/hal-04257010 ; 2023.
مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Relation: BIORXIV: 2023.01.06.522999
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7Academic Journal
المساهمون: Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), We thank the Microbial Evolutionary Genomics members across the years for numerous discussions on these topics. We thank Julia Frunzke and Aude Bernheim for comments and suggestions on earlier versions of this paper. We thank the INCEPTION project (PIA/ANR-16-CONV-0005), Equipe Fondation pour la Recherche Médicale (EQU201903007835), and the Laboratoire d’Excellence IBEID Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases (ANR-10-LABX-62-IBEID) for funding., ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)
المصدر: ISSN: 1369-5274.
مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]
Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/36335712; hal-04604548; https://hal.science/hal-04604548; https://hal.science/hal-04604548/document; https://hal.science/hal-04604548/file/COM-2022-phage_interact_final.pdf; PUBMED: 36335712
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8Academic Journal
المؤلفون: Bonnin, Rémy A, Creton, Elodie, Perrin, Amandine, Girlich, Delphine, Emeraud, Cecile, Jousset, Agnès B, Duque, Mathilde, Jacquemin, Aymeric, Hopkins, Katie, Bogaerts, Pierre, Glupczynski, Youri, Pfennigwerth, Niels, Gniadkowski, Marek, Hendrickx, Antoni PA, van der Zwaluw, Kim, Apfalter, Petra, Hartl, Rainer, Studentova, Vendula, Hrabak, Jaroslav, Larrouy-Maumus, Gerald, Rocha, Eduardo PC, Naas, Thierry, Dortet, Laurent
المصدر: The Lancet. Microbe ; 5 ; 6 ; e547 ; e558 ; England
Relation: http://hdl.handle.net/10029/627657; Lancet Microbe 2024; 5(6):e547-e558
الاتاحة: http://hdl.handle.net/10029/627657
https://doi.org/10.1016/S2666-5247(23)00407-X -
9Report
المؤلفون: Loot, Céline, Millot, Gael, A, Richard, Egill, Vit, Claire, Darracq, Baptiste, Parissi, Vincent, Lemoine, Frédéric, Niault, Théophile, Cury, Jean, Rocha, Eduardo, Pc, Mazel, Didier
المساهمون: Plasticité du Génome Bactérien - Bacterial Genome Plasticity (PGB), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Viral DNA Integration and Chromatin Dynamics Network (DyNAVir), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, This work was supported by the Institut Pasteur, the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS-UMR 3525), the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM Grant No. EQU202103012569), ANR Chromintevol (ANR-21-CE12-0002-01), and by the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ ANR-10-LABX-62-IBEID ., We would like to thank Gaspard Macaux for its experimental help. We also thank Jason Bland, a native English speaker, for helpful reading of the manuscript and all the lab members for helpful discussion., C.L and D.M designed the research. C.L, E.R, C.V, B.D, V.P, F.L and T.N performed the experiments. G.M and F. L performed the computational analysis of Deep sequencing data. J.C and E.P.C.R performed the bioinformatics genomics analysis. C.L and G. M wrote the draft of the manuscript. All authors read, amended the manuscript, and approved its final version., ANR-21-CE12-0002,Chromintevol,Etude de l'impact des intégrons chromosiques sur l'évolution des bactéries(2021), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)
المصدر: https://pasteur.hal.science/pasteur-03826688 ; 2022.
مصطلحات موضوعية: Bacterial evolution, antibiotic resistance, site-specific recombination, Integron, cassette dynamics, attC sites, genome-wide mapping, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology
Relation: pasteur-03826688; https://pasteur.hal.science/pasteur-03826688; https://pasteur.hal.science/pasteur-03826688/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-03826688/file/2022%20BioRxiv_Loot_v1.full.pdf
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10Academic Journal
المؤلفون: Touchon, Marie, Perrin, Amandine, de Sousa, Jorge André Moura, Vangchhia, Belinda, Burn, Samantha, O’Brien, Claire L., Denamur, Erick, Gordon, David, Rocha, Eduardo PC
المساهمون: Didelot, Xavier
المصدر: PLOS Genetics ; volume 16, issue 6, page e1008866 ; ISSN 1553-7404
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11
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12Academic Journal
المؤلفون: Perrin, Amandine, Larsonneur, Elise, Nicholson, Ainsley C, Edwards, David J, Gundlach, Kristin M, Whitney, Anne M, Gulvik, Christopher A, Bell, Melissa E, Rendueles, Olaya, Cury, Jean, Hugon, Perrine, Clermont, Dominique, Enouf, Vincent, Loparev, Vladimir, Juieng, Phalasy, Monson, Timothy, Warshauer, David, Elbadawi, Lina I, Walters, Maroya Spalding, Crist, Matthew B, Noble-Wang, Judith, Borlaug, Gwen, Rocha, Eduardo PC, Criscuolo, Alexis, Touchon, Marie, Davis, Jeffrey P, Holt, Kathryn E, McQuiston, John R, Brisse, Sylvain
وصف الملف: text
Relation: https://researchonline.lshtm.ac.uk/id/eprint/4650384/1/Evolutionary%20dynamics%20and%20genomic%20features%20of%20the%20Elizabethkingia%20anophelis%202015%20to%202016%20Wisconsin%20outbreak%20strain.pdf; Perrin, Amandine; Larsonneur, Elise; Nicholson, Ainsley C; Edwards, David J; Gundlach, Kristin M; Whitney, Anne M; Gulvik, Christopher A; Bell, Melissa E; Rendueles, Olaya; Cury, Jean; +19 more. Hugon, Perrine; Clermont, Dominique; Enouf, Vincent; Loparev, Vladimir; Juieng, Phalasy; Monson, Timothy; Warshauer, David; Elbadawi, Lina I; Walters, Maroya Spalding; Crist, Matthew B; Noble-Wang, Judith; Borlaug, Gwen; Rocha, Eduardo PC; Criscuolo, Alexis; Touchon, Marie; Davis, Jeffrey P; Holt, Kathryn E ; McQuiston, John R; Brisse, Sylvain; (2017) Evolutionary dynamics and genomic features of the Elizabethkingia anophelis 2015 to 2016 Wisconsin outbreak strain. NATURE COMMUNICATIONS, 8 (1). 15483-. ISSN 2041-1723 DOI: https://doi.org/10.1038/ncomms15483
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13Academic Journal
المؤلفون: Cury, Jean, Jové, Thomas, Touchon, Marie, Néron, Bertrand, Rocha, Eduardo Pc
المساهمون: Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Anti-infectieux : supports moléculaires des résistances et innovations thérapeutiques (RESINFIT), CHU Limoges-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut Génomique, Environnement, Immunité, Santé, Thérapeutique (GEIST), Université de Limoges (UNILIM)-Université de Limoges (UNILIM), Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI), European Research Council EVOMOBILOME, 281605 to E.P.C.R. . Funding for open access charge: ERC EVOMOBILOME, European Project: 281605,EC:FP7:ERC,ERC-2011-StG_20101109,EVOMOBILOME(2012)
المصدر: ISSN: 0305-1048.
مصطلحات موضوعية: [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology
Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/27130947; info:eu-repo/grantAgreement/EC/FP7/281605/EU/Evolution of gene mobility: how mobile elements shape the function and sociality of microbial communities/EVOMOBILOME; pasteur-01374968; https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01374968; https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01374968/document; https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01374968/file/gkw319.pdf; PUBMED: 27130947; PUBMEDCENTRAL: PMC4889954
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14Academic Journal
المؤلفون: Bobay, Louis-Marie, Rocha, Eduardo PC, Touchon, Marie
مصطلحات موضوعية: Research Article
وصف الملف: text/html
Relation: http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/short/mss279v1; http://dx.doi.org/10.1093/molbev/mss279
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15Academic Journal
المؤلفون: Guglielmini, Julien, de la Cruz, Fernando, Rocha, Eduardo PC
مصطلحات موضوعية: Research Article
وصف الملف: text/html
Relation: http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/short/mss221v1; http://dx.doi.org/10.1093/molbev/mss221
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16Academic Journal
المؤلفون: Rocha Eduardo PC, Fang Gang, Danchin Antoine
المصدر: BMC Genomics, Vol 9, Iss 1, p 4 (2008)
مصطلحات موضوعية: Biotechnology, TP248.13-248.65, Genetics, QH426-470
Relation: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/9/4; https://doaj.org/toc/1471-2164; https://doaj.org/article/2a0dcc8670204f6090308deb4ce2160e
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17Academic Journal
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18Academic Journal
المؤلفون: Abraham, Anne-Laure, Pothier, Joël, Rocha, Eduardo PC
المصدر: BMC Bioinformatics ; volume 9, issue S10 ; ISSN 1471-2105
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19Academic Journal
المؤلفون: Treangen, Todd J, Ambur, Ole, Tonjum, Tone, Rocha, Eduardo PC
المصدر: Genome Biology ; volume 9, issue 3, page R60 ; ISSN 1465-6906
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20Academic Journal
المؤلفون: Touchon, Marie, Rocha, Eduardo PC
مصطلحات موضوعية: Research Article
وصف الملف: text/html
Relation: http://mbe.oxfordjournals.org/cgi/content/short/msm014v1; http://dx.doi.org/10.1093/molbev/msm014