المؤلفون: Doustmohammadi, Hiva, Sánchez Hernández, Janet, Mahato, Dhani Ram, Osuna Oliveras, Sílvia

المساهمون: European Commission, Agencia Estatal de Investigación

المصدر: Chemistry - A European Journal, 2024, vol. undefined, núm. undef, p. e202403747 ; Articles publicats (D-Q)

مصطلحات موضوعية: Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador, Molecular dynamics -- Computer simulation, Enzims, Enzymes

وصف الملف: application/pdf

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/issn/0947-6539; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/eissn/1521-3765; PID2021-129034NB-I00; PDC2022-133950-I00; info:eu-repo/grantAgreement/EC/H2020/679001/EU/Network models for the computational design of proficient enzymes/NetMoDEzyme; info:eu-repo/grantAgreement/EC/HE/101088032/EU/Fast yet accurate routine rational design of novel enzymes/FASTEN; info:eu-repo/grantAgreement/EC/HE/101112805/EU/Computational design of industrial enzymes for green chemistry/GREENZYME; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2021-2023/PID2021-129034NB-I00/ES/DISEÑO COMPUTACIONAL DE ENZIMAS CONFORMACIONALMENTE DIRIGIDO PARA MEJORAR LA ACTIVIDAD AISLADA O EN COMPLEJO/; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2021-2023/PDC2022-133950-I00/ES/EVOLUCION COMPUTACIONAL DE NUEVOS (BIO)CATALIZADORES/; http://hdl.handle.net/10256/25828

الاتاحة: http://hdl.handle.net/10256/25828

المؤلفون: Duran i Rebenaque, Cristina, Kinateder, Thomas, Hiefinger, Caroline, Osuna Oliveras, Sílvia

المساهمون: Agencia Estatal de Investigación, European Commission

المصدر: ACS Catalysis, 2024, vol. 14, núm. 22, p. 16986-16995 ; Articles publicats (D-Q)

مصطلحات موضوعية: Enzims, Enzymes, Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador, Molecular dynamics -- Computer simulation

وصف الملف: application/pdf

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/eissn/2155-5435; PID2021-129034NB-I00; PDC2022-133950-I00; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2021-2023/PID2021-129034NB-I00/ES/DISEÑO COMPUTACIONAL DE ENZIMAS CONFORMACIONALMENTE DIRIGIDO PARA MEJORAR LA ACTIVIDAD AISLADA O EN COMPLEJO/; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2021-2023/PDC2022-133950-I00/ES/EVOLUCION COMPUTACIONAL DE NUEVOS (BIO)CATALIZADORES/; info:eu-repo/grantAgreement/EC/H2020/679001/EU/Network models for the computational design of proficient enzymes/NetMoDEzyme; info:eu-repo/grantAgreement/EC/HE/101112805/EU/Computational design of industrial enzymes for green chemistry/GREENZYME; info:eu-repo/grantAgreement/EC/HE/101158166/EU/Development of rationally designed enzyme kits/KITZYME; info:eu-repo/grantAgreement/EC/HE/101088032/EU/Fast yet accurate routine rational design of novel enzymes/FASTEN; http://hdl.handle.net/10256/25821; PMC11574760

الاتاحة: http://hdl.handle.net/10256/25821

المؤلفون: König, Caroline, Vellido Alcacena, Alfredo

المساهمون: Universitat Politècnica de Catalunya. Departament de Ciències de la Computació, Universitat Politècnica de Catalunya. IDEAI-UPC - Intelligent Data sciEnce and Artificial Intelligence Research Group

مصطلحات موضوعية: Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Intel·ligència artificial::Aprenentatge automàtic, Molecular dynamics -- Computer simulation, Machine learning, ADME properties, Explainable machine learning, Molecular descriptors, Drug design, Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador, Aprenentatge automàtic

وصف الملف: application/pdf

Relation: https://biodatamining.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13040-024-00378-w; König, C.; Vellido, A. Understanding predictions of drug profiles using explainable machine learning models. "Biodata mining", 1 Agost 2024, vol. 17, núm. article 25.; http://hdl.handle.net/2117/414759

الاتاحة: http://hdl.handle.net/2117/414759
https://doi.org/10.1186/s13040-024-00378-w

المؤلفون: Shaikh, Abdul Rajjak, Vidal López, Anna, Brotons Rufes, Artur, Pajski, Jason J., Zafar, Sadain, Mahmood, Raisul Awal, Khan, Muhammad Usman, Poater Teixidor, Albert, Chawla, Mohit, Cavallo, Luigi

المساهمون: Agencia Estatal de Investigación

المصدر: Results in Surfaces and Interfaces, 2024, vol. 14, art.núm. 100175 ; Articles publicats (D-Q)

مصطلحات موضوعية: Química verda, Green chemistry, Teoria del funcional de densitat -- Simulació per ordinador, Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador, Density functionals -- Computer simulation, Molecular dynamics -- Computer simulation

وصف الملف: application/pdf

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/issn/2666-8459; PID2021-127423NB-I00; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2021-2023/PID2021-127423NB-I00/ES/CATALISIS PREDICTIVA PARA CAMBIAR EL ODEN SECUENCIAL ENTRE EXPERIMENTOS I CALCULOS/; http://hdl.handle.net/10256/25105

الاتاحة: http://hdl.handle.net/10256/25105

المؤلفون: Jurado Romero, Arnau, Calero, Carles, Sibert III, Edwin L., Rey Oriol, Rosendo

المساهمون: Universitat Politècnica de Catalunya. Doctorat en Física Computacional i Aplicada, Universitat Politècnica de Catalunya. Departament de Física, Universitat Politècnica de Catalunya. CCQM - Condensed, Complex and Quantum Matter Group

مصطلحات موضوعية: Àrees temàtiques de la UPC::Física, Nitromethane, Energy transfer, Molecular dynamics -- Computer simulation, Nitrometà, Transferència d'energia, Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador

وصف الملف: 16 p.; application/pdf

Relation: https://pubs.aip.org/aip/jcp/article/158/19/194501/2890474; Jurado, A. [et al.]. High energy vibrational excitations of nitromethane in liquid water. "The Journal of chemical physics", 15 Maig 2023, vol. 158, núm. 19, article 194501, p. 1-16.; http://hdl.handle.net/2117/387822

الاتاحة: http://hdl.handle.net/2117/387822
https://doi.org/10.1063/5.0147459

المؤلفون: López Correa, Juan Manuel, König, Caroline, Vellido Alcacena, Alfredo

المساهمون: Universitat Politècnica de Catalunya. Doctorat en Intel·ligència Artificial, Universitat Politècnica de Catalunya. Departament de Ciències de la Computació, Universitat Politècnica de Catalunya. IDEAI-UPC - Intelligent Data sciEnce and Artificial Intelligence Research Group

مصطلحات موضوعية: Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Intel·ligència artificial::Aprenentatge automàtic, G proteins, Molecular dynamics -- Computer simulation, Cell membranes, Machine learning, Proteïnes G, Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador, Membranes cel·lulars, Aprenentatge automàtic

وصف الملف: 16 p.; application/pdf

Relation: https://www.nature.com/articles/s41598-023-48346-4; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/PID2019-104551RB-I00/ES/APRENDIZAJE AUTOMATICO PARA LA MODELIZACION DE LA DINAMICA MOLECULAR DE LAS PROTEINAS GPCR/; Lopez, J.; König, C.; Vellido, A. GPCR molecular dynamics forecasting using recurrent neural networks. "Scientific reports", 2023, vol. 13, article 20995.; http://hdl.handle.net/2117/398449

الاتاحة: http://hdl.handle.net/2117/398449
https://doi.org/10.1038/s41598-023-48346-4

المؤلفون: López Villellas, Lorién, Kjelgaard Mikkelsen, Carl Christian, Galano Frutos, Juan José, Marco Sola, Santiago, Alastruey Benedé, Jesús, Ibáñez Marín, Pablo Enrique, Moretó Planas, Miquel, Sancho Sanz, Javier, García Risueño, Pablo

المساهمون: Universitat Politècnica de Catalunya. Departament d'Arquitectura de Computadors, Barcelona Supercomputing Center

مصطلحات موضوعية: Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Arquitectura de computadors, Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Informàtica teòrica::Algorísmica i teoria de la complexitat, Molecular dynamics -- Computer simulation, Constraint algorithms, Non-linear equations, Newton's method, SHAKE, LINCS, Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador

وصف الملف: 12 p.; application/pdf

Relation: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465523000875; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/PID2019-105660RB-C21/ES/JERARQUIA DE MEMORIA, GESTION DE TAREAS Y OPTIMIZACION DE APLICACIONES/; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/PID2019-107255GB-C21/ES/BSC - COMPUTACION DE ALTAS PRESTACIONES VIII/; López, L. [et al.]. Accurate and efficient constrained molecular dynamics of polymers using Newton's method and special purpose code. "Computer physics communications", Juliol 2023, vol. 288, article 108742, p. 1-12.; http://hdl.handle.net/2117/386996

الاتاحة: http://hdl.handle.net/2117/386996
https://doi.org/10.1016/j.cpc.2023.108742

المؤلفون: Wieczór, Milosz, Genna, Vito, Aranda Moratalla, Juan, Badia Sala, Rosa Maria, Gelpi Buchaca, Josep Lluís, Gapsys, Vytautas, de Groot, Bert L., Lindahl, Erik, Municoy Terol, Martí, Hospital, Adam, Orozco López, Modesto

المساهمون: Universitat Politècnica de Catalunya. Departament d'Arquitectura de Computadors, Universitat Politècnica de Catalunya. Doctorat en Física Computacional i Aplicada, Barcelona Supercomputing Center, Universitat Politècnica de Catalunya. CAP - Grup de Computació d'Altes Prestacions

مصطلحات موضوعية: Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, COVID-19 (Disease), Molecular dynamics -- Computer simulation, BioExcel, COVID19, Exascale, COVID-19 (Malaltia), Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador

وصف الملف: 25 p.; application/pdf

Relation: Wieczór, M. [et al.]. Pre-exascale HPC approaches for molecular dynamics simulations. Covid-19 research: a use case. "Wiley interdisciplinary reviews. Computational molecular science", Gener/Febrer 2023, vol. 13, núm. 1, article e1622, p. 1-25.; http://hdl.handle.net/2117/368565

الاتاحة: http://hdl.handle.net/2117/368565
https://doi.org/10.1002/wcms.1622

المؤلفون: Molina López, Elena, Vázquez Alcocer, Pere Pau

المساهمون: Universitat Politècnica de Catalunya. Doctorat en Computació, Universitat Politècnica de Catalunya. Departament de Ciències de la Computació, Universitat Politècnica de Catalunya. ViRVIG - Grup de Recerca en Visualització, Realitat Virtual i Interacció Gràfica

مصطلحات موضوعية: Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Infografia, Virtual reality, Molecular dynamics -- Computer simulation, Three-dimensional imaging, Human-centered computing, Interaction design process and methods, Realitat virtual, Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador, Imatgeria tridimensional

وصف الملف: 11 p.; application/pdf

Relation: https://diglib.eg.org/handle/10.2312/stag20221257; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2013-2016/TIN2017-88515-C2-1-R/ES/VISUALIZACION, MODELADO, SIMULACION E INTERACCION CON MODELOS 3D. APLICACIONES EN CIENCIAS DE LA VIDA Y ENTORNOS RURALES Y URBANOS/; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/PID2021-122136OB-C21/ES/Entornos 3D de alta fidelidad para Realidad Virtual y Computación Visual: geometría, movimiento, interacción y visualización para salud, arquitectura y ciudades/; Molina, E.; Vazquez, P. Accurate molecular atom selection in VR. A: Smart Tools and Applications in Graphics. "Smart Tools and Applications in Graphics: Eurographics Italian Chapter Conference: Cagliari (Italy), 17-18 November 2022". European Association for Computer Graphics (Eurographics), 2022, p. 69-79. ISBN 978-3-03868-191-5. DOI 10.2312/stag.20221257.; http://hdl.handle.net/2117/384036

الاتاحة: http://hdl.handle.net/2117/384036
https://doi.org/10.2312/stag.20221257

المؤلفون: Casadevall Franco, Guillem, Duran i Rebenaque, Cristina, Estévez Gay, Miquel, Osuna Oliveras, Sílvia

المساهمون: European Commission, Agencia Estatal de Investigación

المصدر: Protein Science, 2022, vol. 31, núm. 10, p. e4426 ; Articles publicats (D-Q)

مصطلحات موضوعية: Enzims, Enzymes, Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador, Molecular dynamics -- Computer simulation

وصف الملف: application/pdf

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/issn/0961-8368; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/eissn/1469-896X; PGC2018-102192-B-I00; info:eu-repo/grantAgreement/EC/H2020/679001/EU/Network models for the computational design of proficient enzymes/NetMoDEzyme; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/PGC2018-102192-B-I00/ES/EVOLUCION COMPUTACIONAL DE ENZIMAS MEDIANTE LA EXPLORACION DE LA SUPERFICIE CONFORMACIONAL/; http://hdl.handle.net/10256/21725

الاتاحة: http://hdl.handle.net/10256/21725

المؤلفون: Giramé, Helena, Garcia Borràs, Marc, Feixas Geronès, Ferran

المساهمون: Agencia Estatal de Investigación

المصدر: Frontiers in Molecular Biosciences, vol. 9, art. núm. 922361 ; Articles publicats (D-Q)

مصطلحات موضوعية: Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador, Molecular dynamics -- Computer simulation, Protons -- Reaccions de transferència, Proton transfer reactions

وصف الملف: application/pdf

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/eissn/2296-889X; PID2019-111300GA-I00; RTI2018-101032-J-I00; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/PID2019-111300GA-I00/ES/CARACTERIZACION MULTIESCALAR DE INTERMEDIOS REACTIVOS PARA EL DESCUBRIMIENTO Y DISEÑO DE NUEVAS ACTIVIDADES BIOCATALITICAS/; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/RTI2018-101032-J-I00/ES/ACELERACION DE LOS PROCESOS (BIO)MOLECULARES DE RECONOCIMIENTO Y ENSAMBLAJE MOLECULAR CON METODOS COMPUTACIONALES/; http://hdl.handle.net/10256/21724

الاتاحة: http://hdl.handle.net/10256/21724

المؤلفون: Hirst-Dunton, Thomas Alexander

المساهمون: Osborne, James M., Gavaghan, David J., Sansom, Mark S. P.

مصطلحات موضوعية: 572, Computational biology, Biophysics, Proteins--Physiological transport, Molecules--Computer simulation, Molecular dynamics--Computer simulation

URL الوصول: https://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.711850

المؤلفون: Wonjin Yang, Beom Soo Kim, Srinivasan Muniyappan, Young-Ho Lee, Jin Hae Kim, Wookyung Yu

المصدر: Frontiers in Molecular Biosciences, Vol 8 (2021)

مصطلحات موضوعية: transthyretin, nuclear magnetic resonance chemical shift, molecular dynamics computer simulation, protein aggregation, ensemble structure, linear regression, Biology (General), QH301-705.5

وصف الملف: electronic resource

Relation: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2021.766830/full; https://doaj.org/toc/2296-889X

URL الوصول: https://doaj.org/article/d55c174fb4834a01b5cd73de6ecf6ce2

المؤلفون: Silvia Morante, Giovanni La Penna, Giancarlo Rossi, Francesco Stellato

المصدر: Frontiers in Molecular Biosciences, Vol 7 (2020)

مصطلحات موضوعية: SARS-CoV-2, Zn binding, molecular dynamics computer simulation, zinc finger, tetherin/Bst2, orf7a and orf8 proteins, Biology (General), QH301-705.5

وصف الملف: electronic resource

Relation: https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmolb.2020.00222/full; https://doaj.org/toc/2296-889X

URL الوصول: https://doaj.org/article/82b2b27e2e64499eba41afe7f69313ae

المؤلفون: Isaias Lans, Óscar Díaz, James A. R. Dalton, Jesús Giraldo

المصدر: Frontiers in Molecular Biosciences, Vol 7 (2020)

مصطلحات موضوعية: G protein-coupled receptors, mGlu5 receptor, molecular dynamics computer simulation, potential of mean force calculations, free energies, mGlu, Biology (General), QH301-705.5

وصف الملف: electronic resource

Relation: https://www.frontiersin.org/article/10.3389/fmolb.2020.00038/full; https://doaj.org/toc/2296-889X

URL الوصول: https://doaj.org/article/1e8feb3199bf4434bfe33b9803350628

المساهمون: Draganescu, Andrei

وصف الملف: Medium: ED; Size: 107 p.

URL الوصول: http://www.osti.gov/scitech/servlets/purl/902881

المساهمون: Budzien, Joanne

وصف الملف: Medium: ED; Size: 80 p.

URL الوصول: http://www.osti.gov/scitech/servlets/purl/893971

المؤلفون: Wang, Lei, Marciello, Marzia, Estévez Gay, Miquel, Soto Rodriguez, Paul E. D., Luengo Morato, Yurena, Iglesias-Fernández, Javier, Huang, Xin, Osuna Oliveras, Sílvia, Filice, Marco, Sánchez, Samuel

المساهمون: Agencia Estatal de Investigación, European Commission

المصدر: © Angewandte Chemie: iInternational Eedition, 2020, vol. 59, núm. 47, p. 21080-21087 ; Articles publicats (D-Q)

مصطلحات موضوعية: Catàlisi enzimàtica, Enzyme catalysis, Dinàmica molecular -- Simulació per ordinador, Molecular dynamics -- Computer simulation, Nanobiotecnologia, Nanobiotechnology

وصف الملف: application/pdf

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/issn/1433-7851; info:eu-repo/semantics/altIdentifier/eissn/1521-3773; PGC2018-102192-B-I00; info:eu-repo/grantAgreement/AEI/Plan Estatal de Investigación Científica y Técnica y de Innovación 2017-2020/PGC2018-102192-B-I00/ES/EVOLUCION COMPUTACIONAL DE ENZIMAS MEDIANTE LA EXPLORACION DE LA SUPERFICIE CONFORMACIONAL/; info:eu-repo/grantAgreement/EC/H2020/679001/EU/Network models for the computational design of proficient enzymes/NetMoDEzyme; http://hdl.handle.net/10256/23186

الاتاحة: http://hdl.handle.net/10256/23186

المؤلفون: Niederdorfer, Barbara, Touré, Vasundra, Vazquez, Miguel, Thommesen, Liv, Kuiper, Martin, Lægreid, Astrid, Flobak, Åsmund

المساهمون: Barcelona Supercomputing Center

مصطلحات موضوعية: Àrees temàtiques de la UPC::Informàtica::Aplicacions de la informàtica::Bioinformàtica, Cancer--Therapy, Molecular dynamics--Computer simulation, Computer simulation, Logic modeling, Synergy prediction, High-influence nodes, Cell signaling network, Drug combination, Càncer -- Aspectes genètics, Simulació per ordinador

وصف الملف: 16 p.; application/pdf

Relation: https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fphys.2020.00862/full; Niederdorfer, B. [et al.]. Strategies to enhance logic modeling-based cell line-specific drug synergy prediction. "Frontiers in Psychology", Juliol 2020, vol. 11, 862.; http://hdl.handle.net/2117/351195

الاتاحة: http://hdl.handle.net/2117/351195
https://doi.org/10.3389/fphys.2020.00862

المؤلفون: Lans, Isaias, Díaz Sanzo, Óscar, Dalton, James A. R., Giraldo, Jesús

مصطلحات موضوعية: G protein-coupled receptors, Mglu5 receptor, Molecular dynamics computer simulation, Potential of mean force calculations, Free energies, Mglu, Class C GPCR

وصف الملف: application/pdf

Relation: Ministerio de Economía y Competitividad SAF2014-58396-R; Ministerio de Ciencia e Innovación SAF2017-87199-R; Frontiers in Molecular Biosciences; Vol. 7 (march 2020); https://ddd.uab.cat/record/227685; urn:10.3389/fmolb.2020.00038; urn:oai:ddd.uab.cat:227685; urn:pmid:32211419; urn:pmcid:PMC7069277; urn:pmc-uid:7069277; urn:oai:pubmedcentral.nih.gov:7069277; urn:oai:egreta.uab.cat:publications/e83fe491-b974-48b7-921f-daa63200ca3a; urn:scopus_id:85082667516

الاتاحة: https://ddd.uab.cat/record/227685