المؤلفون: Dejoux, Alice, Zhu, Qianqian, Ganneau, Christelle, Goff, Odile Richard-Le, Godon, Ophélie, Lemaitre, Julien, Relouzat, Francis, Huetz, François, Sokal, Aurélien, Vandenberghe, Alexis, Pecalvel, Cyprien, Hunault, Lise, Derenne, Thomas, Gillis, Caitlin, Iannascoli, Bruno, Wang, Yidan, Rose, Thierry, Mertens, Christel, Nicaise-Roland, Pascale, England, Patrick, Mahévas, Matthieu, de Chaisemartin, Luc, Le Grand, Roger, Letscher, Hélène, Saul, Frederick, Pissis, Cédric, Haouz, Ahmed, Reber, Laurent, L, Chappert, Pascal, Jönsson, Friederike, Ebo, Didier, G, Millot, Gaël, A, Bay, Sylvie, Chollet-Martin, Sylvie, Gouel-Chéron, Aurélie, Bruhns, Pierre, Mancardi, David, Granger, Vanessa, Longrois, Dan, Montravers, Philippe, Sauvan, Caroline, Aubier, Michel, Neukirch, Catherine, Dib, Fadia, Paugam-Burtz, Catherine, Necib, Skander, Keita-Meyer, Hawa, Faitot, Valentina, Mebazaa, Alexandre, Le Dorze, Matthieu, Cholley, Bernard, Mantz, Jean, Langeron, Olivier, Roche, Sabrine, Jacob, Laurent, Plaud, Benoit, Bresson, Julie, Chahine, Carole, Fischler, Marc, Guinnepain, Marie-Thérèse, Tubach, Florence, Mignon, Antoine

المساهمون: Anticorps en thérapie et pathologie - Antibodies in Therapy and Pathology, Institut Pasteur Paris (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Inflammation, microbiome, immunosurveillance (MI2), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Chimie des Biomolécules - Chemistry of Biomolecules, Institut Pasteur Paris (IP)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris-Saclay, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Center for Immunology of Viral Infections and Autoimmune Diseases, Le Kremlin Bicêtre, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-IFR10-Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Service de médecine interne, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Beaujon AP-HP, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires (Infinity), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biologie Cellulaire des Lymphocytes - Lymphocyte Cell Biology, Equipe labellisée Ligue contre le Cancer, Antwerp University Hospital Edegem (UZA), University of Antwerp (UA), AZ Jan Palfijn Hospital Ghent, Belgium, AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard Paris, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Biophysique Moléculaire (plateforme) - Molecular Biophysics (platform), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Cristallographie (Plateforme) - Crystallography (Platform), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Physiopathologie et Epidémiologie des Maladies Respiratoires (PHERE (UMR_S_1152 / U1152)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Laboratoire d'excellence Inflamex site Bichat, Centre de recherche sur l'Inflammation (CRI (UMR_S_1149 / ERL_8252 / U1149)), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Work in the Bruhns lab was supported by the Institut Pasteur, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (Inserm), Fondation pour la Recherche Médicale, Paris, France (Programme Equipe FRM grant EQU202203014631 to P.B.), Accélérateur de l’innovation de l’Institut Pasteur (grant rocuCEPT), Agence Nationale de la Recherche (ANR grant ANR-21-CE15-0027), and European Research Council (ERC)–Seventh Framework Program (ERC-2013-CoG 616050). Data partially resulted from the work performed in the International Research Program IRP “ALLERGYMINE” (Inserm grant call 2022-2026) to P.B. A.D. and L.H. were doctoral fellows of Sorbonne Université. A.D. was partly supported by a fellowship from the Fondation pour la Recherche Médicale grant FDT202304016860. Q.Z. received a PhD scholarship from the Chinese Science Council. A.G.-C. was a recipient of a poste d’accueil 2017 Institut Pasteur–Assistance Publique des Hôpitaux de Paris (APHP) and from a grant provided by INSERM, SFAR (Société Française d’Anesthésie et de Réanimation), and SRLF (Société de Réanimation de Langue Française) through the Bourse de Recherche du Comité d’interface INSERM-SFAR-SRLF 2012. C.M.G. was supported partly by a stipend from the Pasteur-Paris University (PPU) International PhD program and by the Institut Carnot Pasteur Maladies Infectieuses. P.B. benefited from additional support from AP-HP through a “Contrat Local d’Interface 2014” and the “Département Hospitalo-Universitaire” (DHU) FIRE. The sponsor of the NASA study was the Direction de la Recherche Clinique et de l’Innovation de l’AP-HP (France)., ANR-21-CE15-0027,CURAREP,Identification de répertoires d'anticorps humains dans l'hypersensibilité aux curares pour de nouvelles solutions diagnostiques et thérapeutiques(2021), European Project: 616050,EC:FP7:ERC,ERC-2013-CoG,MYELOSHOCK(2014)

المصدر: ISSN: 1946-6234.

مصطلحات موضوعية: allergy, perioperative anaphylaxis, therapeutics, antibody repertoires, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/39259810; info:eu-repo/grantAgreement/EC/FP7/616050/EU/Role of myeloid cells, their mediators and their antibody receptors in allergic shock (anaphylaxis) using humanized mouse models and clinical samples/MYELOSHOCK; PUBMED: 39259810

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-04706288
https://pasteur.hal.science/pasteur-04706288v1/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-04706288v1/file/Combined_pdf_no_marks.pdf
https://doi.org/10.1126/scitranslmed.ado4463

المؤلفون: Loot, Céline, Millot, Gael, A, Richard, Egill, Littner, Eloi, Vit, Claire, Lemoine, Frédéric, Néron, Bertrand, Cury, Jean, Darracq, Baptiste, Niault, Théophile, Lapaillerie, Delphine, Parissi, Vincent, Rocha, Eduardo, P C, Mazel, Didier

المساهمون: Plasticité du Génome Bactérien - Bacterial Genome Plasticity (PGB), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Centre d'Études du Bouchet (DGA Maitrise NRBC), Délégation Générale pour l'Armement, TAckling the Underspecified (TAU), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique (LISN), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), We thank G. Macaux for experimental help, all the lab members for helpful discussion, M. Monot and L. Ma from the Biomics platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09) and IBISA. This work was supported by the Institut Pasteur, the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS-UMR 3525), the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM Grant No. EQU202103012569, D.M.), ANR Chromintevol (ANR-21-CE12-0002-01, C.L.) and the French Government’s Investissement d’Avenir programme Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ (ANR-10-LABX-62-IBEID, D.M.)., C.L. and D.M. designed the research. C.L., E.R., C.V., B.D., D.L., V.P., F.L. and T.N. performed the experiments. G.A.M. and F.L. performed the computational analysis of deep sequencing data. E.L., J.C., B.N. and E.P.C.R. performed the bioinformatics genomics analysis. C.L. and G.A.M. wrote the draft of the manuscript. All authors read, amended and approved the final version of the manuscript., ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-21-CE12-0002,Chromintevol,Etude de l'impact des intégrons chromosomiques sur l'évolution des bactéries(2021), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

المصدر: ISSN: 2058-5276.

مصطلحات موضوعية: MESH: Bacteria, MESH: Genome, MESH: Genomics, MESH: Integrases, MESH: Integrons, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/38172619; PUBMED: 38172619

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-04384854
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https://pasteur.hal.science/pasteur-04384854v1/file/2024%20Nat%20Microbiol_Loot.pdf
https://doi.org/10.1038/s41564-023-01548-y

المؤلفون: Richard, Egill, Darracq, Baptiste, Littner, Eloi, Millot, Gael, Conte, Valentin, Cokelaer, Thomas, Engelstädter, Jan, Rocha, Eduardo, P C, Mazel, Didier, Loot, Céline

المساهمون: Plasticité du Génome Bactérien - Bacterial Genome Plasticity (PGB), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Ecole Doctorale Complexité du Vivant (ED515), Sorbonne Université (SU), Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Centre d'Études du Bouchet (DGA Maitrise NRBC), Délégation Générale pour l'Armement, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Biomics (plateforme technologique), School of Biological Sciences Brisbane, The University of Queensland (UQ All campuses : Brisbane, Dutton Park Gatton, Herston, St Lucia and other locations ), Génétique des génomes - Genetics of Genomes (UMR 3525), This work was supported by the Institut Pasteur (GAM, TC, DM), the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS-UMR 3525) (DM, CL), the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM Grant No. EQU202103012569) (DM), the ANR Chromintevol (ANR-21-CE12-0002-01) (CL), the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ (ANR-10-LABX-62-IBEID) (DM), the Inception program (Investissement d’Avenir grant ANR-16-CONV- 0005) (ER), the Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche and the Direction Générale de l’Armement (DGA) (EL). The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript., We thank Marc Monot, Laurence Ma, Juliana Pipoli Da Fonseca and Laure Lemée from the Biomics platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09) and IBISA, ANR-21-CE12-0002,Chromintevol,Etude de l'impact des intégrons chromosomiques sur l'évolution des bactéries(2021), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016)

المصدر: ISSN: 1553-7390.

مصطلحات موضوعية: bacterial evolution, genome plasticity, genome organization, site specific recombination, homologous recombination, mobile elements, sedentary chromosomal integron, MESH: Bacteria, MESH: DNA Transposable Elements, MESH: Integrases, MESH: Integrons, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/38578806; PUBMED: 38578806; PUBMEDCENTRAL: PMC11023631

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-04305445
https://pasteur.hal.science/pasteur-04305445v1/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-04305445v1/file/2023%20BioRxiv_Loot_v2.full.pdf
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1011231

المؤلفون: Godard Aurélien, Millot Gaël

المصدر: Journal of Oral Medicine and Oral Surgery, Vol 29, Iss 1, p 3 (2023)

مصطلحات موضوعية: surgical complication, nerve lesion, nerve repair, complication management, Dentistry, RK1-715, Surgery, RD1-811

Relation: https://www.jomos.org/articles/mbcb/full_html/2023/01/mbcb220186/mbcb220186.html; https://doaj.org/toc/2608-1326; https://doaj.org/article/a4bb11604fbc4c00a7ae4d1567ca4aa3

الاتاحة: https://doi.org/10.1051/mbcb/2022036
https://doaj.org/article/a4bb11604fbc4c00a7ae4d1567ca4aa3

المؤلفون: Richard, Egill, Darracq, Baptiste, Littner, Eloi, Millot, Gael, Conte, Valentin, Cokelaer, Thomas, Engelstädter, Jan, Rocha, Eduardo, P C, Mazel, Didier, Loot, Céline

المساهمون: Plasticité du Génome Bactérien - Bacterial Genome Plasticity (PGB), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Ecole Doctorale Complexité du Vivant (ED515), Sorbonne Université (SU), Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Centre d'Études du Bouchet (DGA Maitrise NRBC), Délégation Générale pour l'Armement, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Biomics (plateforme technologique), School of Biological Sciences Brisbane, University of Queensland Brisbane, This work was supported by the Institut Pasteur, the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS-UMR 3525), the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM Grant No. EQU202103012569), the ANR Chromintevol (ANR-21-CE12-0002-01), the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ ANR-10-LABX-62-IBEID , the Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche and the Direction Générale de l’Armement (DGA)., We thank Marc Monot, Laurence Ma, Juliana Pipoli Da Fonseca and Laure Lemée from the Biomics platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09) and IBISA., ANR-21-CE12-0002,Chromintevol,Etude de l'impact des intégrons chromosiques sur l'évolution des bactéries(2021), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

المصدر: https://pasteur.hal.science/pasteur-04305445 ; 2023.

مصطلحات موضوعية: bacterial evolution, genome plasticity, genome organization, site specific recombination, homologous recombination, mobile elements, sedentary chromosomal integron, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology

Relation: pasteur-04305445; https://pasteur.hal.science/pasteur-04305445; https://pasteur.hal.science/pasteur-04305445/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-04305445/file/2023%20BioRxiv_Loot_v2.full.pdf; BIORXIV: 2023.08.31.555669

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-04305445
https://pasteur.hal.science/pasteur-04305445/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-04305445/file/2023%20BioRxiv_Loot_v2.full.pdf
https://doi.org/10.1101/2023.08.31.555669

المؤلفون: N’gadjaga, Maimouna D, Perrinet, Stéphanie, Connor, Michael G, Bertolin, Giulia, Millot, Gael A., Subtil, Agathe

المساهمون: Biologie cellulaire de l'Infection microbienne - Cellular Biology of Microbial Infection, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Chromatine et Infection - Chromatin and Infection, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes ( Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique ), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, This work was supported by the Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer, France, the Institut Pasteur, France (GPF-LINMEC grant METINFECT), les Entreprises contre le cancer (GEFLUC, France), and the Centre National de la Recherche Scientifique, France.

المصدر: ISSN: 0021-9258.

مصطلحات موضوعية: ATP, Chlamydia trachomatis, glycolysis, host-pathogen interaction, metabolism, oxidative phosphorylation, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/35931114; hal-03757326; https://hal.science/hal-03757326; https://hal.science/hal-03757326/document; https://hal.science/hal-03757326/file/PIIS0021925822007803.pdf; PUBMED: 35931114

الاتاحة: https://hal.science/hal-03757326
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https://hal.science/hal-03757326/file/PIIS0021925822007803.pdf
https://doi.org/10.1016/j.jbc.2022.102338

المؤلفون: Theulot, Bertrand, Lacroix, Laurent, Arbona, Jean-Michel, Millot, Gael, A, Jean, Etienne, Cruaud, Corinne, Pellet, Jade, Proux, Florence, Hennion, Magali, Engelen, Stefan, Lemainque, Arnaud, Audit, Benjamin, Hyrien, Olivier, Le Tallec, Benoît

المساهمون: Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Département de Biologie - ENS-PSL (IBENS), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Laboratoire de biologie et modélisation de la cellule (LBMC UMR 5239), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Centre épigénétique et destin cellulaire (EDC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génomique métabolique (UMR 8030), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique de l'ENS Lyon (Phys-ENS), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), This work was supported by the Ligue Nationale Contre le Cancer, the Association pour la Recherche sur le Cancer, the Agence Nationale de la Recherche ANR-18-CE45-0002 to B.A. and ANR-19-CE12-0028 to O.H. , the Fondation pour la Recherche Médicale FRM DEI201512344404 to O.H. and the Cancéropôle Ile-de-France PLBIO16-302 to O.H. . This work was partly supported by the Genoscope, the Commissariat à l’Energie Atomique et aux Energies Alternatives (CEA) and France Génomique ANR-10-INBS-09-08 . B.T. was supported by fellowships from the Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche and the Fondation pour la Recherche Médicale FRM FDT202106013030 ., ANR-18-CE45-0002,NanoPoRep,Le sequençage nanopore pour une cartographie haute-performance de la réplication de l'ADN(2018), ANR-19-CE12-0028,HUDROR,Origines de réplication humaines : réconcilier des visions disparates(2019), ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010)

المصدر: ISSN: 2041-1723.

مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/35676270; PUBMED: 35676270; PUBMEDCENTRAL: PMC9177527

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-03693859
https://pasteur.hal.science/pasteur-03693859v1/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-03693859v1/file/2022%20Nat%20Comm.pdf
https://doi.org/10.1038/s41467-022-31012-0

المؤلفون: Canales-Herrerias, Pablo, Crickx, Etienne, Broketa, Matteo, Sokal, Aurélien, Chenon, Guilhem, Azzaoui, Imane, Vandenberghe, Alexis, Perima, Angga, Iannascoli, Bruno, Richard Le Goff, Odile, Castrillon, Carlos, Mottet, Guillaume, Sterlin, Delphine, Robbins, Ailsa, Michel, Marc, England, Patrick, Millot, Gaël, A, Eyer, Klaus, Baudry, Jean, Mahevas, Matthieu, Bruhns, Pierre

المساهمون: Laboratoire Colloïdes et Matériaux Divisés (LCMD), Chimie-Biologie-Innovation (UMR 8231) (CBI), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Anticorps en thérapie et pathologie - Antibodies in Therapy and Pathology, Institut Pasteur Paris (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris Cité (UPCité), Ecole Doctorale Frontières du Vivant - Programme Bettencourt (FdV), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-PRES Sorbonne Paris Cité, Institut Necker Enfants-Malades (INEM - UM 111 (UMR 8253 / U1151)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre de référence maladie rare des cytopénies auto-immunes de l'adulte (GECAI - Hôpital Henri-Mondor - UPEC), Diaccurate SAS, Physiologie, physiopathologie et thérapeutique (ED 394), Sorbonne Université (SU), Université Paris-Est Créteil Val-de-Marne - Paris 12 (UPEC UP12), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Hôpital Robert Debré, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital universitaire Robert Debré Reims (CHU Reims), CHU Henri Mondor Créteil, Biophysique Moléculaire (plateforme) - Molecular Biophysics (platform), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology Zürich (ETH Zürich), P.C-H. was supported partly by a stipend from the Pasteur - Paris University (PPU) InternationalPhD program, and by a fellowship from the French Fondation pour la Recherche Médicale (FRM). M.B.is the recipient of a CIFRE PhD fellowship. C.C. was supported by CONCYTEC, Peru. P.B. acknowledgesfunding from the French National Research Agency grants ANR-18-CE15-0001 project Autoimmuni-Band ANR-14-CE16-0011 project DROPmAbs, funding by the Institut Carnot Pasteur Microbes et Santé,the Institut Pasteur and the Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM). E.K.acknowledges funding from the Branco Weiss Fellowship (Society in Science) and the European ResearchCouncil (ERC) (grant agreement #80336). J.B. acknowledges funding from the French government throughBPIFrance under the frame “Programme d’Investissements d’Avenir” (CELLIGO Project), the “InstitutPierre-Gilles de Gennes” through the laboratoire d’excellence, “Investissements d’avenir” programs ANR-10-IDEX-0001-02 PSL, ANR-10- EQPX-34 and ANR-10-LABX-3, The authors acknowledge Ms Laetitia Languille for the coordination of patient recruitment at Hôpital Henri Mondor, Créteil, France, Dr Maxime Moulard (BioCytex, Marseille, France) and Dr Habib Boukerche (Faculté de Médecine René Laënnec, Lyon, France) for their kind gifts of anti-αIIbβ3 (GPIIbIIIa) mAb clones., ANR-18-CE15-0001,Autoimmuni-B,Etude de la rupture de tolérance dans une maladie humaine autoimmune médiée par les lymphocytes B(2018), ANR-14-CE16-0011,DROP-mAbs,Analyse en profondeur de répertoires d'anticorps par microfluidique en gouttelettes couplé à du séquençage haut-débit pour le diagnostic et la découverte d'anticorps thérapeutiques(2014), ANR-10-IDEX-0001,PSL,Paris Sciences et Lettres(2010), ANR-10-EQPX-0034,IPGG,Institut Pierre Gilles de Gennes pour la microfluidique(2010)

المصدر: ISSN: 1558-8238 ; The Journal of clinical investigation ; https://pasteur.hal.science/pasteur-03669881 ; The Journal of clinical investigation, 2022, ⟨10.1172/JCI153580⟩.

مصطلحات موضوعية: Adaptive immunity, Autoimmune diseases, Autoimmunity, Platelets, Therapeutics, [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/35503254; PUBMED: 35503254

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https://doi.org/10.1172/JCI153580

المؤلفون: Loot, Céline, Millot, Gael, A, Richard, Egill, Vit, Claire, Darracq, Baptiste, Parissi, Vincent, Lemoine, Frédéric, Niault, Théophile, Cury, Jean, Rocha, Eduardo, Pc, Mazel, Didier

المساهمون: Plasticité du Génome Bactérien - Bacterial Genome Plasticity (PGB), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Viral DNA Integration and Chromatin Dynamics Network (DyNAVir), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Recherche en Informatique (LRI), CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, This work was supported by the Institut Pasteur, the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS-UMR 3525), the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM Grant No. EQU202103012569), ANR Chromintevol (ANR-21-CE12-0002-01), and by the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ ANR-10-LABX-62-IBEID ., We would like to thank Gaspard Macaux for its experimental help. We also thank Jason Bland, a native English speaker, for helpful reading of the manuscript and all the lab members for helpful discussion., C.L and D.M designed the research. C.L, E.R, C.V, B.D, V.P, F.L and T.N performed the experiments. G.M and F. L performed the computational analysis of Deep sequencing data. J.C and E.P.C.R performed the bioinformatics genomics analysis. C.L and G. M wrote the draft of the manuscript. All authors read, amended the manuscript, and approved its final version., ANR-21-CE12-0002,Chromintevol,Etude de l'impact des intégrons chromosiques sur l'évolution des bactéries(2021), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

المصدر: https://pasteur.hal.science/pasteur-03826688 ; 2022.

مصطلحات موضوعية: Bacterial evolution, antibiotic resistance, site-specific recombination, Integron, cassette dynamics, attC sites, genome-wide mapping, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology

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https://doi.org/10.1101/2022.09.11.507474

المؤلفون: Marbouty, Martial, Thierry, Agnès, Millot, Gael A., Koszul, Romain

المساهمون: Régulation spatiale des Génomes - Spatial Regulation of Genomes, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, This research was supported by funding to RK from the European Research Council under the Horizon 2020 Program (ERC grant agreement 771813) and JPI-EC-AMR STARCS ANR-16-JPEC-0003–05., ANR-16-JPEC-0003,STARCS,Selection and Transmission of Antimicrobial Resistance in Complex Systems(2016), European Project: 771813,ERC-2017-COG,SynarchiC(2018)

المصدر: EISSN: 2050-084X ; eLife ; https://pasteur.hal.science/pasteur-03369735 ; eLife, 2021, 10, pp.e60608. ⟨10.7554/eLife.60608⟩

مصطلحات موضوعية: Hi-C, bacteroidetes, computational biology, human, infectious disease, metagenomics, microbiology, microbiome, proximity ligation, virus, [SDV]Life Sciences [q-bio]

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المؤلفون: Millot, Gael

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المؤلفون: Millot, Gael

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المؤلفون: Millot, Gael

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المؤلفون: Millot, Gael

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المؤلفون: Millot, Gael

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المؤلفون: Millot, Gael

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المؤلفون: Millot, Gael

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المؤلفون: Millot, Gael

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المؤلفون: Monteiro, Alvaro, Bouwman, Peter, Nedergaard, Arne, Eccles, Diana, Millot, Gael A., Masson, Jean-Yves, Schmidt, Marjanka K., Sharan, Shyam K., Scully, Ralph, Wiesmuller, Lisa, Couch, Fergus, Vreeswijk, Maaike P.G.

وصف الملف: text

Relation: https://eprints.soton.ac.uk/436745/1/Functional_framework_for_HBOC_genes_JMG_REV_OCT_2019_track.docx; Monteiro, Alvaro, Bouwman, Peter, Nedergaard, Arne, Eccles, Diana, Millot, Gael A., Masson, Jean-Yves, Schmidt, Marjanka K., Sharan, Shyam K., Scully, Ralph, Wiesmuller, Lisa, Couch, Fergus and Vreeswijk, Maaike P.G. (2020) Variants of uncertain clinical significance in hereditary breast and ovarian cancer genes: best practices in functional analysis for clinical annotation. Journal of Medical Genetics, 57 (8). (doi:10.1136/jmedgenet-2019-106368 ).

الاتاحة: https://eprints.soton.ac.uk/436745/
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المؤلفون: Gérard, Annabelle, Woolfe, Adam, Mottet, Guillaume, Reichen, Marcel, Castrillón, Carlos, Menrath, Vera, Ellouze, Sami, Poitou, Adeline, Doineau, Raphaël, Briseño-Roa, Luis, Canales-Herrerias, Pablo, Mary, Pascaline, Rose, Gregory, Ortega, Charina, Delincé, Matthieu, Essono, Sosthène, Jia, Bin, Iannascoli, Bruno, Richard-Le Goff, Odile, Kumar, Roshan, Stewart, Samantha, N, Pousse, Yannick, Shen, Bingqing, Grosselin, Kevin, Saudemont, Baptiste, Sautel-Caillé, Antoine, Godina, Alexei, Mcnamara, Scott, Eyer, Klaus, Millot, Gaël, A, Baudry, Jean, England, Patrick, Nizak, Clément, Jensen, Allan, Griffiths, Andrew, D, Bruhns, Pierre, Brenan, Colin

المساهمون: HiFiBiO Therapeutics SAS Paris, Anticorps en thérapie et pathologie - Antibodies in Therapy and Pathology, Institut Pasteur Paris (IP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Ecole Doctorale Frontières du Vivant - Programme Bettencourt (FdV), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-PRES Sorbonne Paris Cité, Chimie-Biologie-Innovation (UMR 8231) (CBI), Ecole Superieure de Physique et de Chimie Industrielles de la Ville de Paris (ESPCI Paris), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire Colloïdes et Matériaux Divisés (LCMD), HiFiBiO Therapeutics Inc. Cambridge, Abbvie Bioresearch Center Worcester, Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biophysique Moléculaire (Plate-forme), Biophysique des macromolécules et leurs interactions, This work was supported by the French Agence Nationale de la Recherche (ANR-14-CE16-0011 project DROPmAbs), by the Centre d’Innovation et Recherche Technologique (Citech) through the Institut Carnot Pasteur Microbes & Santé (ANR 16 CARN 0023-01), by BPI France (OSIRIS and CELLIGO projects) and by the French ‘Investissements d’Avenir’ program via the CELLIGO project and grant agreements ANR-10-NANO-02, ANR-10-IDEX-0001-02 PSL, ANR-10-LABX-31 and ANR-10-EQPX-34. NGS was performed by the ICGex NGS platform of the Institut Curie and the Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) platform (Gif-sur-Yvette) supported by the grants ANR-10-EQPX-03 and ANR-10-INBS-09-08 (France Génomique Consortium), by the Canceropole Ile-de-France and by the SiRIC-Curie program (SiRIC Grant INCa-DGOS- 4654). C.C. acknowledges financial support from CONCYTEC, Peru. P.C.H. is a scholar in the Pasteur - Paris University (PPU) International PhD program and was also supported by the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM, FDT201904008240). K.E. acknowledges financial support from the Swiss National Science Foundation and The Branco Weiss Fellowship - Society in Science., We would like to thank M. Holsti and W. Somers (Pfizer, BioMedicine Design) for advice on the technology development and critical reading of the manuscript, R. Nicol (Whitehead Institute, MIT Center for Genome Research) for advice on barcoded sequencing, at the Institut Pasteur, H. Mouquet for advice on antibody sequence selection, and F. Jönsson for advice on flow cytometry analysis, T. Kirk and S. Foulon (ESPCI Paris) for their help developing the barcoded hydrogel beads, S. N. Stewart (HiFiBio Therapeutics Inc.) for her help producing and analysing recombinant antibodies, the Institut Pierre-Gilles de Gennes (IPGG) for use of clean room facilities and the laser engraver (CII08, Axyslaser)., ANR-14-CE16-0011,DROP-mAbs,Analyse en profondeur de répertoires d'anticorps par microfluidique en gouttelettes couplé à du séquençage haut-débit pour le diagnostic et la découverte d'anticorps thérapeutiques(2014), ANR-10-IDEX-0001,PSL,Paris Sciences et Lettres(2010), ANR-10-EQPX-0034,IPGG,Institut Pierre Gilles de Gennes pour la microfluidique(2010), ANR-10-EQPX-0003,ICGex,Equipement de biologie intégrative du cancer pour une médecine personnalisée(2010), ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010)

المصدر: ISSN: 1087-0156 ; Nature Biotechnology ; https://pasteur.hal.science/pasteur-02505776 ; Nature Biotechnology, 2020, 38, pp.715-721. ⟨10.1038/s41587-020-0466-7⟩.

مصطلحات موضوعية: [SDV.IMM]Life Sciences [q-bio]/Immunology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/32231335; pasteur-02505776; https://pasteur.hal.science/pasteur-02505776; https://pasteur.hal.science/pasteur-02505776/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-02505776/file/Bruhns_Nature_Biotech_2020.pdf; PUBMED: 32231335

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-02505776
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https://doi.org/10.1038/s41587-020-0466-7