المؤلفون: Carnegie, L., Mccrone, J, T, Du Plessis, L., Hasan, M., Ali, M.Z., Begum, R., Hassan, M.Z., Islam, S., Rahman, M.H., Uddin, A.S.M., Sarker, M.S., Das, T., Hossain, M., Khan, M., Razu, M.H., Akram, A., Arina, S., Hoque, E., Molla, M.M.A., Nafisaa, T., Angra, P., Rambaut, A., Pullan, S.T., Osman, K.L., Hoque, M.A., Biswas, P., Flora, M.S., Raghwani, J., Fournié, Guillaume, Samad, M.A., Hill, S.C.

المساهمون: Royal Veterinary College London, University of London London, University of Edinburgh (Edin.), University of Malaya = Universiti Malaya Kuala Lumpur, Malaisie (UM), Luxembourg Centre For Systems Biomedicine (LCSB), Université du Luxembourg = University of Luxembourg = Universität Luxemburg (uni.lu), Laboratoire Jacques-Louis Lions (LJLL (UMR_7598)), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), ESEO - Groupe Radio et Hyperfréquences, ESEO-Tech, Université Bretagne Loire (UBL)-École supérieure d'électronique de l'ouest Angers (ESEO)-Université Bretagne Loire (UBL)-École supérieure d'électronique de l'ouest Angers (ESEO), University of Toronto, Council of Scientific and Industrial Research India (CSIR), Radboud University Medical Center Nijmegen (RadboudUMC), Institute of Astronomy Cambridge, University of Cambridge UK (CAM), Centro de Investigaciones Energéticas, Medioambientales y Tecnológicas (CIEMAT), ISIS Facility, STFC Rutherford Appleton Laboratory (RAL), Science and Technology Facilities Council (STFC)-Science and Technology Facilities Council (STFC), Royal Veterinary College, Unité Mixte de Recherche d'Épidémiologie des maladies Animales et zoonotiques (UMR EPIA), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Bangladesh Livestock Research Institute (BLRI)

المصدر: ISSN: 1743-422X ; Virology Journal ; https://hal.inrae.fr/hal-04819498 ; Virology Journal, 2024, 21 (1), pp.291. ⟨10.1186/s12985-024-02560-2⟩.

مصطلحات موضوعية: SARS-CoV-2 Phylodynamics Bangladesh Genomic epidemiology, SARS-CoV-2, Phylodynamics, Bangladesh, Genomic epidemiology, MESH: Bangladesh, MESH: COVID-19, MESH: Male, MESH: Adult, MESH: Female, MESH: Middle Aged, MESH: Young Adult, MESH: Adolescent, MESH: Child, MESH: Humans, MESH: SARS-CoV-2, MESH: Genome, Viral, MESH: Phylogeography, MESH: Phylogeny, MESH: Whole Genome Sequencing, MESH: Genomics, MESH: Molecular Epidemiology, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/39538264; PUBMED: 39538264; PUBMEDCENTRAL: PMC11562509; WOS: 001354414800003

الاتاحة: https://hal.inrae.fr/hal-04819498
https://hal.inrae.fr/hal-04819498v1/document
https://hal.inrae.fr/hal-04819498v1/file/12985_2024_Article_2560.pdf
https://doi.org/10.1186/s12985-024-02560-2

المؤلفون: Foley, Nicole, Harris, Andrew, Bredemeyer, Kevin, Ruedi, Manuel, Puechmaille, Sébastien, Teeling, Emma, Criscitiello, Michael, Murphy, William

المساهمون: Texas A&M University College Station, Département de mammalogie et d’ornithologie Genève, Museum d'Histoire Naturelle Genève (MHN), Institut universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut de recherche pour le développement IRD : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), University College Dublin Dublin (UCD)

المصدر: ISSN: 2666-979X ; Cell Genomics ; https://hal.science/hal-04751807 ; Cell Genomics, 2024, 4 (2), pp.100482. ⟨10.1016/j.xgen.2023.100482⟩.

مصطلحات موضوعية: MESH: Animals, MESH: Chiroptera, MESH: Genome, MESH: Genomics, MESH: Karyotype, MESH: Antiviral Agents, [SDV.GEN.GA]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Animal genetics, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, [SDV.IMM.II]Life Sciences [q-bio]/Immunology/Innate immunity

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/38237599; PUBMED: 38237599; PUBMEDCENTRAL: PMC10879000

الاتاحة: https://hal.science/hal-04751807
https://hal.science/hal-04751807v1/document
https://hal.science/hal-04751807v1/file/main.pdf
https://doi.org/10.1016/j.xgen.2023.100482

المؤلفون: Wieder, Cecilia, Cooke, Juliette, Frainay, Clement, Poupin, Nathalie, Bowler, Russell, Jourdan, Fabien, Kechris, Katerina, Lai, Rachel Pj, Ebbels, Timothy

المساهمون: Imperial College London, Métabolisme et Xénobiotiques (ToxAlim-MeX), ToxAlim (ToxAlim), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Ecole Nationale Vétérinaire de Toulouse (ENVT), Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université de Toulouse (UT)-Ecole d'Ingénieurs de Purpan (INP - PURPAN), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), National Jewish Health (NJH), MetaboHUB-MetaToul, MetaboHUB-Génopole Toulouse Midi-Pyrénées Auzeville (GENOTOUL), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Colorado Anschutz Medical Campus Aurora, Wellcome Trust 222837/Z/21/Z, BBSRC grants BB/T007974/1 and BB/W002345/1, UK MRC fellowship (MR/R008922/1) which is part of the EDCTP2 programme supported by the European Union and a NIH-NIAID grant (R01 AI145436)., the National Heart Lung Blood Institute of the National Institutes of Health R01HL152735, NHLBI grants U01 HL089897 and U01 HL089856 and by NIH contract 75N92023D00011., The COPDGene study (NCT00608764), ANR-11-INBS-0010,METABOHUB,Développement d'une infrastructure française distribuée pour la métabolomique dédiée à l'innovation(2011)

المصدر: ISSN: 1553-734X.

مصطلحات موضوعية: MESH: Genomics* / methods, MESH: Multiomics, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/38527092; PUBMED: 38527092; WOS: 001190665900001

الاتاحة: https://hal.science/hal-04597222
https://hal.science/hal-04597222v1/document
https://hal.science/hal-04597222v1/file/2024_Wieder_Plos%20Computational%20Biology.pdf
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1011814

المؤلفون: Boetto, Christophe, Frouin, Arthur, Henches, Léo, Auvergne, Antoine, Suzuki, Yuka, Patin, Etienne, Bredon, Marius, Chiu, Alec, Sankararaman, Sriram, Zaitlen, Noah, Kennedy, Sean, Quintana-Murci, Lluis, Duffy, Darragh, Sokol, Harry, Aschard, Hugues

المساهمون: Département de Biologie Computationnelle - Department of Computational Biology, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Centre de Recherche Saint-Antoine (CRSA), Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), CHU Saint-Antoine AP-HP, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), University of California Los Angeles (UCLA), University of California (UC), Collège de France - Chaire Génomique humaine et évolution, Collège de France (CdF (institution)), Immunologie Translationnelle - Translational Immunology lab, Paris Center for Microbiome Medicine (FHU PaCeMM), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-CHU Pitié-Salpêtrière AP-HP, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Harvard T.H. Chan School of Public Health, This research was supported by the Agence Nationale pour la Recherche (ANR-20-CE15-0012-01). This work has been conducted as part of the INCEPTION program (Investissement d’Avenir grant ANR-16-CONV-0005). The Milieu Interieur consortium was also supported by the Agence Nationale pour la Recherche (ANR-10-LABX-69-01)., ANR-20-CE15-0012,MICMAT,Prédicteurs de la variabilité du microbiome et leurs role dans les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin(2020), ANR-16-CONV-0005,INCEPTION,Institut Convergences pour l'étude de l'Emergence des Pathologies au Travers des Individus et des populatiONs(2016), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

المصدر: ISSN: 1467-5463.

مصطلحات موضوعية: biomarkers, correlation, covariance, multivariate analysis, statistics, MESH: Humans, MESH: Multivariate Analysis, MESH: Principal Component Analysis, MESH: Computational Biology, MESH: Phenotype, MESH: Algorithms, MESH: Genomics, MESH: Biomarkers, MESH: Computer Simulation, [SDV]Life Sciences [q-bio], [MATH.MATH-ST]Mathematics [math]/Statistics [math.ST]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/38856173; pasteur-04646136; https://pasteur.hal.science/pasteur-04646136; https://pasteur.hal.science/pasteur-04646136/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-04646136/file/bbae272.pdf; PUBMED: 38856173; PUBMEDCENTRAL: PMC11163461

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-04646136
https://pasteur.hal.science/pasteur-04646136/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-04646136/file/bbae272.pdf
https://doi.org/10.1093/bib/bbae272

المؤلفون: Loot, Céline, Millot, Gael, A, Richard, Egill, Littner, Eloi, Vit, Claire, Lemoine, Frédéric, Néron, Bertrand, Cury, Jean, Darracq, Baptiste, Niault, Théophile, Lapaillerie, Delphine, Parissi, Vincent, Rocha, Eduardo, P C, Mazel, Didier

المساهمون: Plasticité du Génome Bactérien - Bacterial Genome Plasticity (PGB), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Génomique évolutive des Microbes / Microbial Evolutionary Genomics, Centre d'Études du Bouchet (DGA Maitrise NRBC), Délégation Générale pour l'Armement, TAckling the Underspecified (TAU), Inria Saclay - Ile de France, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique (LISN), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-CentraleSupélec-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Microbiologie Fondamentale et Pathogénicité (MFP), Université Bordeaux Segalen - Bordeaux 2-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), We thank G. Macaux for experimental help, all the lab members for helpful discussion, M. Monot and L. Ma from the Biomics platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09) and IBISA. This work was supported by the Institut Pasteur, the Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS-UMR 3525), the Fondation pour la Recherche Médicale (FRM Grant No. EQU202103012569, D.M.), ANR Chromintevol (ANR-21-CE12-0002-01, C.L.) and the French Government’s Investissement d’Avenir programme Laboratoire d’Excellence ‘Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases’ (ANR-10-LABX-62-IBEID, D.M.)., C.L. and D.M. designed the research. C.L., E.R., C.V., B.D., D.L., V.P., F.L. and T.N. performed the experiments. G.A.M. and F.L. performed the computational analysis of deep sequencing data. E.L., J.C., B.N. and E.P.C.R. performed the bioinformatics genomics analysis. C.L. and G.A.M. wrote the draft of the manuscript. All authors read, amended and approved the final version of the manuscript., ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-21-CE12-0002,Chromintevol,Etude de l'impact des intégrons chromosomiques sur l'évolution des bactéries(2021), ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

المصدر: ISSN: 2058-5276.

مصطلحات موضوعية: MESH: Bacteria, MESH: Genome, MESH: Genomics, MESH: Integrases, MESH: Integrons, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/38172619; PUBMED: 38172619

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-04384854
https://pasteur.hal.science/pasteur-04384854v1/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-04384854v1/file/2024%20Nat%20Microbiol_Loot.pdf
https://doi.org/10.1038/s41564-023-01548-y

المؤلفون: Claessens, Antoine, Stewart, Lindsay, B, Drury, Eleanor, Ahouidi, Ambroise, D, Amambua-Ngwa, Alfred, Diakite, Mahamadou, Kwiatkowski, Dominic, P, Awandare, Gordon, A, Conway, David, J

المساهمون: Laboratory of Pathogen and Host Immunity Montpellier (LPHI), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD Occitanie )-Université de Montpellier (UM), London School of Hygiene and Tropical Medicine (LSHTM), London School of Hygiene and Tropical Medicine Fajara, Gambia, The Wellcome Trust Sanger Institute Cambridge, Hôpital Aristide-Le-Dantec, Université Cheikh Anta Diop de Dakar Sénégal (UCAD), University of Bamako Mali, West African Centre for Cell Biology of Infectious Pathogens Legon, Ghana (WACCBIP), Université du Ghana = University of Ghana, This study was supported by funding from the European Research Council (AdG-2011–294428), the Royal Society (AA110050) and the UK Medical Research Council (MR/S009760/1). Support for A.C. was provided by a joint MRC Gambia-LSHTM fellowship. Genome sequencing was conducted at the Wellcome Sanger Institute, with funding from The Wellcome Trust (grants 098051, 206194, 090770)., ANR-18-CE15-0009,MIRaGe,Le silence assourdissant du portage asymptomatique du Plasmodium falciparum(2018)

المصدر: ISSN: 2057-5858.

مصطلحات موضوعية: culture, loss-of-function mutants, mixed genotypes, genomic relatedness, adaptation, MESH: Humans, MESH: Plasmodium falciparum, MESH: Genotype, MESH: Malaria, MESH: Genomics, MESH: Guanine Nucleotide Exchange Factors, MESH: Protein Serine-Threonine Kinases, [SDV.MHEP]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology, [SDV.MP]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37204422; PUBMED: 37204422

الاتاحة: https://hal.umontpellier.fr/hal-04109945
https://hal.umontpellier.fr/hal-04109945v1/document
https://hal.umontpellier.fr/hal-04109945v1/file/Claessens23%20Conway%20cultadapt.pdf
https://doi.org/10.1099/mgen.0.001009

المؤلفون: Laso-Jadart, Romuald, O'Malley, Michael, Sykulski, Adam M., Ambroise, Christophe, Madoui, Mohammed-Amin

المساهمون: Génomique métabolique (UMR 8030), Genoscope - Centre national de séquençage Evry (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Global Oceans Systems Ecology & Evolution - Tara Oceans (GOSEE), Université de Perpignan Via Domitia (UPVD)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Aix Marseille Université (AMU)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université de Toulon (UTLN)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes 2016-2019 (UGA 2016-2019 )-Institut de Recherche pour le Développement (IRD Ile-de-France )-Ecole Normale Supérieure Paris-Saclay (ENS Paris Saclay)-European Molecular Biology Laboratory (EMBL)-NANTES UNIVERSITÉ - École Centrale de Nantes (Nantes Univ - ECN), Nantes Université (Nantes Univ)-Nantes Université (Nantes Univ)-Université australe du Chili, Lancaster University, Laboratoire de Mathématiques et Modélisation d'Evry (LaMME), Ecole Nationale Supérieure d'Informatique pour l'Industrie et l'Entreprise (ENSIIE)-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Groupe d'Innovation Diagnostique et Thérapeutique sur les Infections à Prions, Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Département de Recherche Médicale-DSV/DRM, Biogéosciences UMR 6282 (BGS), Université de Bourgogne (UB)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l’Energie Atomique et aux énergies alternatives., ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), ANR-11-BTBR-0008,OCEANOMICS,Biotechnologies et bioressources pour la valorisation des écosystèmes marins planctoniques(2011)

المصدر: ISSN: 2730-7182.

مصطلحات موضوعية: Isolation-by-currents, Marine plankton, Metagenomics, Population genetics, MESH: Animals, MESH: Plankton, MESH: Acclimatization, MESH: Zooplankton, MESH: Genomics, MESH: Atlantic Ocean, MESH: Eukaryota, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37658324; PUBMED: 37658324; PUBMEDCENTRAL: PMC10472650

الاتاحة: https://u-bourgogne.hal.science/hal-04215576
https://u-bourgogne.hal.science/hal-04215576v1/document
https://u-bourgogne.hal.science/hal-04215576v1/file/s12862-023-02160-8.pdf
https://doi.org/10.1186/s12862-023-02160-8

المؤلفون: Apicella, Clara, Ruano, Camino, Thilaganathan, Basky, Khalil, Asma, Giorgione, Veronica, Gascoin, Géraldine, Marcellin, Louis, Gaspar, Cassandra, Jacques, Sébastien, Murdoch, Colin, Miralles, Francisco, Méhats, Céline, Vaiman, Daniel

المساهمون: Des gamètes à la naissance : génomique, épigénétique et physiopathologie de la reproduction, Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), St George’s University Hospitals, NHS Foundation Trust London, The Royal Marsden, Université d'Angers (UA), Hôpital Cochin AP-HP, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Hôpitaux Universitaires Paris Centre (CHU Paris Centre), Plateforme Post-génomique de la Pitié-Salpêtrière (PASS-P3S), Unité Mixte de Service Production et Analyse de données en Sciences de la vie et en Santé (PASS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Plateforme de genomique (GENOM'IC), University of Dundee, European Project: 765274,H2020-MSCA-ITN-2017,iPLACENTA(2018)

المصدر: ISSN: 2073-4409 ; Cells ; https://u-paris.hal.science/hal-04096063 ; Cells, 2023, 12 (4), pp.578. ⟨10.3390/cells12040578⟩.

مصطلحات موضوعية: expression Quantitative Trait Loci, placenta, preeclampsia, MESH: Humans, MESH: Pregnancy, MESH: Female, MESH: Placenta, MESH: Trophoblasts, MESH: Transcriptome, MESH: Gene Expression Regulation, MESH: Genomics, [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/36831244; info:eu-repo/grantAgreement//765274/EU/Innovation in modelling Placenta for Maternal and Fetal Health/iPLACENTA; PUBMED: 36831244; PUBMEDCENTRAL: PMC9954093

الاتاحة: https://u-paris.hal.science/hal-04096063
https://u-paris.hal.science/hal-04096063v1/document
https://u-paris.hal.science/hal-04096063v1/file/cells-12-00578.pdf
https://doi.org/10.3390/cells12040578

المؤلفون: Lamy-Besnier, Quentin, Bignaud, Amaury, Garneau, Julian, R, Titecat, Marie, Conti, Devon, E, von Strempel, Alexandra, Monot, Marc, Stecher, Bärbel, Koszul, Romain, Debarbieux, Laurent, Marbouty, Martial

المساهمون: Bactériophage, bactérie, hôte - Bacteriophage, bacterium, host, Université Paris Cité (UPCité)-Microbiologie Intégrative et Moléculaire (UMR6047), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Régulation spatiale des Génomes - Spatial Regulation of Genomes, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Collège Doctoral, Sorbonne Université (SU), Biomics (plateforme technologique), Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institute for Translational Research in Inflammation - U 1286 (INFINITE), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Lille-Centre Hospitalier Régional Universitaire CHU Lille (CHRU Lille), Centre Hospitalier Régional Universitaire CHU Lille (CHRU Lille), Max Von Pettenkofer Institute (MVP), Ludwig Maximilian University Munich = Ludwig Maximilians Universität München (LMU), German Center for Infection Research, Partnersite Munich (DZIF), This research was supported by funding to BS from DFG-STE-1971/11–1 (PhaStGut project), to BS from the European Research Council under the Horizon 2020 Program (ERC grant agreement 865615), to LD and MMa from PRCI ANR-20-CE92-0048 (PhaStGut project), and to RK from the European Research Council under the Horizon 2020 Program (ERC grant agreement 771813) and from JPI-EC-AMR STARCS ANR-16-JPEC-0003–05. QLB received funding from École Doctorale FIRE-Program Bettencourt. AB is supported by an ENS fellowship from the French Ministry of Higher Education, Research and Innovation. MMo and JRG were supported by JCJC ANR-18-CE35-0011 (project CDPhages). MT received funding from DigestScience. Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, was supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09) and IBISA. AB and DC belong to Ecole Doctorale Complexité du vivant ED515 of Sorbonne Université., ANR-20-CE92-0048,PhaStGut,Etude des mécanismes de la coexistence stable entre bactériophages et bactéries et de ses conséquences sur la fonction du microbiote intestinal(2020), ANR-16-JPEC-0003,STARCS,Selection and Transmission of Antimicrobial Resistance in Complex Systems(2016), ANR-18-CE35-0011,CDPhages,Le role des bactériophages dans l'évolution de la virulence chez Clostridium difficile(2018), ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), European Project: 771813,ERC-2017-COG,SynarchiC(2018)

المصدر: EISSN: 2049-2618 ; Microbiome ; https://pasteur.hal.science/pasteur-04158849 ; Microbiome, 2023, 11 (1), pp.111. ⟨10.1186/s40168-023-01541-x⟩

مصطلحات موضوعية: 3D signatures, Gut, HiC, OMM12, Phages, Virome, Phages Gut HiC Virome OMM12 3D signatures, MESH: Mice, MESH: Humans, MESH: Animals, MESH: Prophages, MESH: Ecosystem, MESH: Bacteriophages, MESH: Genomics, MESH: Chromosomes, MESH: Bacteria, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BBM.BM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Molecular biology, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37208714; info:eu-repo/grantAgreement//771813/EU/Investigating the functional architecture of microbial genomes with synthetic approaches/SynarchiC; pasteur-04158849; https://pasteur.hal.science/pasteur-04158849; https://pasteur.hal.science/pasteur-04158849/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-04158849/file/s40168-023-01541-x.pdf; PUBMED: 37208714; PUBMEDCENTRAL: PMC10197239

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-04158849
https://pasteur.hal.science/pasteur-04158849/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-04158849/file/s40168-023-01541-x.pdf
https://doi.org/10.1186/s40168-023-01541-x

المؤلفون: Stoneking, Mark, Arias, Leonardo, Liu, Dang, Oliveira, Sandra, Pugach, Irina, Rodriguez, Jae, Joseph Russell B

المساهمون: Département PEGASE LBBE (PEGASE), Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Department of Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology Leipzig, Max-Planck-Gesellschaft-Max-Planck-Gesellschaft, Leiden University Centre for Linguistics (LUCL), Universiteit Leiden = Leiden University, Génomique évolutive, modélisation et santé (GEMS), Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Evolutive Humaine - Human Evolutionary Genetics, Institute of Ecology and Evolution Bern, Switzerland, Universität Bern / University of Bern (UNIBE), University of the Philippines Los Baños (UP Los Baños), University of the Philippines Diliman (UP Diliman)

المصدر: ISSN: 0027-8424.

مصطلحات موضوعية: genomics, dispersal, Holocene, humans, MESH: Agriculture, MESH: Genomics, MESH: History, Ancient, MESH: Human migration, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BID.EVO]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SDV.GEN.GPO]Life Sciences [q-bio]/Genetics/Populations and Evolution [q-bio.PE], [SHS.ARCHEO]Humanities and Social Sciences/Archaeology and Prehistory

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/36649433; hal-03952281; https://cnrs.hal.science/hal-03952281; https://cnrs.hal.science/hal-03952281/document; https://cnrs.hal.science/hal-03952281/file/Stoneking_Holocene_dispersals.PNAS.pdf; PUBMED: 36649433

الاتاحة: https://cnrs.hal.science/hal-03952281
https://cnrs.hal.science/hal-03952281/document
https://cnrs.hal.science/hal-03952281/file/Stoneking_Holocene_dispersals.PNAS.pdf
https://doi.org/10.1073/pnas.2209475119

المؤلفون: Shirakawa, Karina, Sala, Fernanda Angélica, Miyachiro, Mayara, Job, Viviana, Trindade, Daniel Maragno, Dessen, Andréa

المساهمون: Universidade Estadual de Campinas = University of Campinas (UNICAMP), Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais = Brazilian Center for Research in Energy and Materials (CNPEM), Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Grenoble Alpes (UGA), ANR-10-INBS-0005,FRISBI,Infrastructure Française pour la Biologie Structurale Intégrée(2010), ANR-17-EURE-0003,CBH-EUR-GS,CBH-EUR-GS(2017)

المصدر: ISSN: 0027-8424.

مصطلحات موضوعية: Bordetella spp, Mur ligases, chimeric proteins, peptidoglycan, MESH: Bacterial Proteins, MESH: Bacteria, MESH: Ligases, MESH: Cell Wall, MESH: Genomics, MESH: Peptidoglycan, MESH: Peptide Synthases, [SDV.MP.BAC]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Bacteriology, [SDV.BBM.BS]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Structural Biology [q-bio.BM], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37186837; PUBMED: 37186837; PUBMEDCENTRAL: PMC10214165

الاتاحة: https://hal.science/hal-04162887
https://hal.science/hal-04162887v1/document
https://hal.science/hal-04162887v1/file/Shirakawa%20et%20al.%20pnas.pdf
https://doi.org/10.1073/pnas.2219540120

المؤلفون: Reboud, Eliette, L, Nabholz, Benoit, Chevalier, Emmanuelle, Tilak, Marie-Ka, Bito, Darren, Condamine, Fabien, L

المساهمون: Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier (UMR ISEM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-École Pratique des Hautes Études (EPHE), Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Université Paris Sciences et Lettres (PSL)-Institut de recherche pour le développement IRD : UR226-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), Institut universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.), This project has received funding from the European Research Council (ERC) under the European Union’s Horizon 2020 research and innovation program (project GAIA, agreement no. 851188). This project has been generously supported by the Swallowtail & Birdwing Butterfly Trust, and we thank the Trust’s Chair, N. Mark Collins, for his continuous advice and encouragement. We thank Henry S. Barlow and Ian Orrell who helped with the organization of the field work as well as with the export and CITES permits. We thank Conwell Nukara for field work assistance in the Managalas Plateau. This study also benefited from lab facilities near Popondetta funded by the Sime Darby Foundation. CITES permits were obtained for O. alexandrae (FR1903400125-I, 019418, delivered October 23, 2019), O. priamus (FR1903400124-I, 019429, delivered November 1, 2019), T. oblongomaculatus (FR1903400124-I, 019429, delivered November 1, 2019).

المصدر: ISSN: 1759-6653.

مصطلحات موضوعية: Conservation genomics, Heterozygosity, Low genetic diversity, Ornithoptera alexandrae, Reference genome, MESH: Animals, MESH: Butterflies, MESH: Demography, MESH: Genome, MESH: Genomics, MESH: Metagenomics, [SDV]Life Sciences [q-bio], [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/36896590; PUBMED: 36896590; PUBMEDCENTRAL: PMC10101050; WOS: 000970810900002

الاتاحة: https://hal.umontpellier.fr/hal-04050092
https://hal.umontpellier.fr/hal-04050092v2/document
https://hal.umontpellier.fr/hal-04050092v2/file/Reboud%20et%20al.%202023%20-%20GBE.pdf
https://doi.org/10.1093/gbe/evad040

المؤلفون: Hemmerle, Marine, Senger, Bruno, Kucharczyk, Roza, Becker, Hubert

المساهمون: Génétique moléculaire, génomique, microbiologie (GMGM), Université de Strasbourg (UNISTRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Polska Akademia Nauk = Polish Academy of Sciences = Académie polonaise des sciences (PAN)

المصدر: Mitochondria ; https://hal.science/hal-03798229 ; Mitochondria, 2497, Springer US, pp.255-267, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-2309-1_16⟩

مصطلحات موضوعية: BiG Mito-Split-GFP, Dual localized, Epifluorescence microscopy, Living cells, Localization, Mitochondria, Saccharomyces cerevisiae, MESH: Genomics, MESH: Green Fluorescent Proteins, MESH: Microscopy, Fluorescence, MESH: Mitochondria, MESH: Saccharomyces cerevisiae, [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/35771447; hal-03798229; https://hal.science/hal-03798229; https://hal.science/hal-03798229/document; https://hal.science/hal-03798229/file/Hemmerle%20MMB%202021full.pdf; PUBMED: 35771447

الاتاحة: https://hal.science/hal-03798229
https://hal.science/hal-03798229/document
https://hal.science/hal-03798229/file/Hemmerle%20MMB%202021full.pdf
https://doi.org/10.1007/978-1-0716-2309-1_16

المؤلفون: Sawadogo, Yacouba, Galal, Lokman, Belarbi, Essia, Zongo, Arsène, Schubert, Grit, Leendertz, Fabian, Kanteh, Abdoulie, Sesay, Abdul, Karim, Erhart, Annette, Bañuls, Anne-Laure, Tarnagda, Zékiba, Godreuil, Sylvain, Tinto, Halidou, Ouedraogo, Abdoul-Salam

المساهمون: Centre Hospitalier Universitaire Souro Sanou Bobo-Dioulasso (CHUSS), Université Nazi Boni (Bobo-Dioulasso) (UNB), Département de Bactériologie-Virologie CHRU Montpellier, Pôle Biologie-Pathologie CHRU Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire Montpellier (CHRU Montpellier)-Centre Hospitalier Régional Universitaire Montpellier (CHRU Montpellier), Maladies infectieuses et vecteurs : écologie, génétique, évolution et contrôle (MIVEGEC), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD Occitanie )-Université de Montpellier (UM), Robert Koch Institute Berlin (RKI), Centre Muraz Bobo-Dioulasso, Burkina Faso, Medical Research Council Unit The Gambia (MRC), Institut de Recherche en Sciences de la Santé Bobo Dioulasso (INSSA), Institut de recherche pour le développement (IRD Burkina Faso ), Centre national de la recherche scientifique et technologique Ouagadougou (CNRST), Institut de Recherche en Sciences de la Santé Ouagadougou, Burkina Faso (IRSS), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), ANR-20-COVI-0088,EPIDEMIC,Déterminants et conséquences sociaux et psychosociaux de l'épidémie COVID19 et le confinement de la population(2020)

المصدر: ISSN: 1999-4915 ; Viruses ; https://hal.science/hal-04234584 ; Viruses, 2022, 14 (12), pp.2788. ⟨10.3390/v14122788⟩.

مصطلحات موضوعية: COVID-19, SARS-CoV-2, Whole genome sequencing, Genomic epidemiology, West Africa, Burkina Faso, MESH: Burkina Faso / epidemiology, MESH: COVID-19 / epidemiology, MESH: Genomics, MESH: Humans, MESH: Phylogeny, MESH: Phylogeography, MESH: SARS-CoV-2 / genetics, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.MHEP.MI]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Infectious diseases, [SDV.SPEE]Life Sciences [q-bio]/Santé publique et épidémiologie

Relation: IRD: fdi:010086771

الاتاحة: https://hal.science/hal-04234584
https://hal.science/hal-04234584v1/document
https://hal.science/hal-04234584v1/file/viruses-14-02788.pdf
https://doi.org/10.3390/v14122788

المؤلفون: Largeaud, Laetitia, Bertoli, Sarah, Bérard, Emilie, Tavitian, Suzanne, Picard, Muriel, Dufrechou, Stéphanie, Prade, Naïs, Vergez, François, Rieu, Jean, Baptiste, Luquet, Isabelle, Sarry, Audrey, Huguet, Françoise, Ruiz, Jean, de Mas, Véronique, Delabesse, Eric, Récher, Christian

المساهمون: Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole (IUCT Oncopole - UMR 1037), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (CRCT), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Service Hématologie - IUCT-Oncopole CHU Toulouse, Pôle Biologie CHU Toulouse, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse)-Pôle IUCT CHU Toulouse, Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse (CHU Toulouse), Equipe Vieillissement (CERPOP), Centre d'Epidémiologie et de Recherche en santé des POPulations (CERPOP), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service de Réanimation polyvalente CHU Toulouse, Pôle Anesthésie Réanimation CHU de Toulouse

المصدر: ISSN: 2044-5385 ; Blood Cancer Journal ; https://ut3-toulouseinp.hal.science/hal-04469133 ; Blood Cancer Journal, 2022, 12 (1), pp.4. ⟨10.1038/s41408-021-00601-5⟩.

مصطلحات موضوعية: MESH: Genomics, MESH: Humans, MESH: Leukemia, Myeloid, Acute / complications, Acute / genetics, MESH: Leukocyte Count, MESH: Leukocytosis / complications, MESH: Leukocytosis / genetics, MESH: Mutation, MESH: Retrospective Studies, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/34987148; PUBMED: 34987148; PUBMEDCENTRAL: PMC8733030

الاتاحة: https://ut3-toulouseinp.hal.science/hal-04469133
https://ut3-toulouseinp.hal.science/hal-04469133v1/document
https://ut3-toulouseinp.hal.science/hal-04469133v1/file/Largeaud_2022.pdf
https://doi.org/10.1038/s41408-021-00601-5

المؤلفون: Bridel, Sébastien, Bouchez, Valérie, Brancotte, Bryan, Hauck, Sofia, Armatys, Nathalie, Landier, Annie, Mühle, Estelle, Guillot, Sophie, Toubiana, Julie, Maiden, Martin, Jolley, Keith, Brisse, Sylvain

المساهمون: Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre national de Référence de la Coqueluche et autres Bordetelloses - National Reference Center for Whooping Cough and other Bordetella infections (CNR), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, University of Oxford, Collection de l'Institut Pasteur (CIP), Département de Pédiatrie et maladies infectieuses CHU Necker, Hôpital Necker - Enfants Malades AP-HP, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Department of Zoology Oxford, This work was supported financially by the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence “Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases” (ANR-10-LABX-62-IBEID). BIGSdb development is funded by a Wellcome Trust Biomedical Resource grant (218205/Z/19/Z). This work used the computational and storage services provided by the IT Department at Institut Pasteur. The National Reference Center for Whooping Cough and other Bordetella Infections is supported by Institut Pasteur and Santé publique France (Public Health France)., We thank Julien Guglielmini and Alexis Criscuolo (Bioinformatics and Biostatistics HUB in Institut Pasteur) for help with the BIGSdb-Pasteur database configuration and for advice regarding bioinformatics analyses., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

المصدر: ISSN: 2041-1723.

مصطلحات موضوعية: Bordetella, Bordetella pertussis, Bordetella bronchiseptica, phylogenetic diversity, taxonomy, virulence factors, diagnostic markers, antimicrobial resistance, MESH: Animals, MESH: Anti-Bacterial Agents, MESH: Biodiversity, MESH: Bordetella pertussis, MESH: Drug Resistance, Bacterial, MESH: Genomics, MESH: Humans, MESH: Macrolides, MESH: Phylogeny, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/35778384; pasteur-03754631; https://pasteur.hal.science/pasteur-03754631; https://pasteur.hal.science/pasteur-03754631/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-03754631/file/ComprehensiveBordetellaDB-v3.pdf; PUBMED: 35778384; PUBMEDCENTRAL: PMC9249784

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-03754631
https://pasteur.hal.science/pasteur-03754631/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-03754631/file/ComprehensiveBordetellaDB-v3.pdf
https://doi.org/10.1038/s41467-022-31517-8

المؤلفون: Poulain, Pierre, Camadro, Jean-Michel

المساهمون: Institut Jacques Monod (IJM (UMR_7592)), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité)

المصدر: ISSN: 1756-0500 ; BMC Research Notes ; https://hal.science/hal-03858142 ; BMC Research Notes, 2022, 15 (1), pp.241. ⟨10.1186/s13104-022-06129-6⟩.

مصطلحات موضوعية: Autoclass, Bayesian, Clustering, Genomics, Machine learning, Proteomics, MESH: Bayes theorem, MESH: Cluster Analysis, MESH: Genomics, MESH: Programming Languages, MESH: Software, [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/35799281; hal-03858142; https://hal.science/hal-03858142; https://hal.science/hal-03858142/document; https://hal.science/hal-03858142/file/13104_2022_Article_6129-1.pdf; PUBMED: 35799281; PUBMEDCENTRAL: PMC9264669

الاتاحة: https://hal.science/hal-03858142
https://hal.science/hal-03858142/document
https://hal.science/hal-03858142/file/13104_2022_Article_6129-1.pdf
https://doi.org/10.1186/s13104-022-06129-6

المؤلفون: Hennart, Melanie, Guglielmini, Julien, Bridel, Sébastien, Maiden, Martin, C J, Jolley, Keith, A., Criscuolo, Alexis, Brisse, Sylvain

المساهمون: Biodiversité et Epidémiologie des Bactéries pathogènes - Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Sorbonne Université (SU), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Department of Zoology Oxford, University of Oxford, M.H. was supported financially by the PhD grant “Codes4strains” from the European Joint Programme One Health, which has received funding from the European Union’s Horizon 2020 Research and Innovation Programme under Grant Agreement No. 773830. This work was supported financially by the French Government’s Investissement d’Avenir program Laboratoire d’Excellence “Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases” (ANR-10-LABX-62-IBEID) and by an award from the Bill and Melinda Gates Foundation (INV-025280). BIGSdb development is funded by a Wellcome Trust Biomedical Resource grant (218205/Z/19/Z). This work used the computational and storage services provided by the IT department at Institut Pasteur. This research was funded, in whole or in part, by Institut Pasteur and by European Union’s Horizon 2020 research and innovation programme.For the purpose of open access, the authors have applied a CC-BY public copyright license to any Author Manuscript version arising from this submission., This work builds partly on the classical 7-gene MLST database, which has been curated by Virginie Passet, Radek Izdebski, Carla Rodrigues, and Federica Palma. We thank Adrien Le Meur for help with the genome data set constitution and initial analyses of intra-outbreak variation., ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010), European Project: 773830,H2020-SFS-2017-1,MedVetKlebs (a component of European Joint Programme One Health)(2018)

المصدر: ISSN: 0737-4038.

مصطلحات موضوعية: genomic classification, strain nomenclature, microevolution, pathogen tracking, genomic library, international harmonization, MESH: Genome, Bacterial, MESH: Genomics, MESH: Genotype, MESH: Klebsiella pneumoniae, MESH: Multilocus Sequence Typing, MESH: Phylogeny, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/35700230; info:eu-repo/grantAgreement//773830/EU/Klebsiella pneumoniae: from ecology to source attribution and transmission control/MedVetKlebs (a component of European Joint Programme One Health); pasteur-03759200; https://pasteur.hal.science/pasteur-03759200; https://pasteur.hal.science/pasteur-03759200/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-03759200/file/1_Brisse_Submission_Manuscrit_Dual_Bacording_approach.pdf; PUBMED: 35700230; PUBMEDCENTRAL: PMC9254007

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-03759200
https://pasteur.hal.science/pasteur-03759200/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-03759200/file/1_Brisse_Submission_Manuscrit_Dual_Bacording_approach.pdf
https://doi.org/10.1093/molbev/msac135

المؤلفون: Di Stefano, Marco, Cavalli, Giacomo

المساهمون: Institut de génétique humaine (IGH), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM), This work was supported by the European Research Council (Advanced Grant 3DEpi, under grant agreement number 788972), the European Union (CHROMDESIGN Project, under the Marie Skłodowska-Curie grant agreement number 813327), the Fondation pour la Recherche Médicale (DEI20151234396), the MSDAVENIR foundation (project GENE-IGH), the Centre National pour la Recherche Scientifique, the Agence Nationale de la Recherche (E-RARE project “IMPACT” and project ANR-18-CE15-0010), and the French National Cancer Institute (INCaPLBIO18-362)., ANR-18-CE15-0010,PLASMADIFF-3D,Rôle de l'organisation tridimensionnelle et de la dynamique de la chromatine au cours de la différenciation plasmocytaire(2018)

المصدر: ISSN: 0959-440X ; Current Opinion in Structural Biology ; https://hal.umontpellier.fr/hal-04114081 ; Current Opinion in Structural Biology, 2022, 77, pp.102493. ⟨10.1016/j.sbi.2022.102493⟩.

مصطلحات موضوعية: Genome structural organization, 3D genome modeling, Data integration, Top-down methods, Bottom-up methods, MESH: Genome, MESH: Genomics, MESH: DNA Replication, MESH: Chromatin, [SDV.GEN]Life Sciences [q-bio]/Genetics

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/36335845; PUBMED: 36335845

الاتاحة: https://hal.umontpellier.fr/hal-04114081
https://hal.umontpellier.fr/hal-04114081v1/document
https://hal.umontpellier.fr/hal-04114081v1/file/1-s2.0-S0959440X22001725-main.pdf
https://doi.org/10.1016/j.sbi.2022.102493

المؤلفون: Pellestor, F., Gaillard, Jb, Schneider, A., Puechberty, J., Gatinois, V., Gatinois, Vincent

المساهمون: Département de génétique médicale, maladies rares et médecine personnalisée CHU Montpellier, Centre Hospitalier Régional Universitaire Montpellier (CHRU Montpellier), Cellules Souches, Plasticité Cellulaire, Médecine Régénératrice et Immunothérapies (IRMB), Centre Hospitalier Régional Universitaire Montpellier (CHRU Montpellier)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Work in the unit of Chromosomal Genetics is supported by the CHU research platform CHROMOSTEM.

المصدر: ISSN: 1084-9521.

مصطلحات موضوعية: Chromanasynthesis, Chromatin bridges, Chromoanagenesis, Chromoplexy, Chromosome missegregation, Chromothripsis, Instability, Micronucleus, MESH: Chromosome Aberrations, MESH: Chromothripsis, MESH: Gene Rearrangement, MESH: Genomic Instability, MESH: Genomics, MESH: Humans, MESH: Telomere, [SDV.BC]Life Sciences [q-bio]/Cellular Biology, [SDV.BDD]Life Sciences [q-bio]/Development Biology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/33608210; PUBMED: 33608210

الاتاحة: https://hal.science/hal-04503066
https://hal.science/hal-04503066v1/document
https://hal.science/hal-04503066v1/file/S1084952121000124.pdf
https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2021.01.004