المؤلفون: Kermezli, Yasmina, Lamothe, Lucie, Cros, Jerome, Richard, Magali, Blum, Yuna

المساهمون: Modèles et Algorithmes pour la Génomique (TIMC-MAGe), Translational Innovation in Medicine and Complexity / Recherche Translationnelle et Innovation en Médecine et Complexité - UMR 5525 (TIMC), VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP), Université Grenoble Alpes (UGA)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut polytechnique de Grenoble - Grenoble Institute of Technology (Grenoble INP), Université Grenoble Alpes (UGA), Hôpital Beaujon AP-HP, Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), Université de Rennes (UR)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique), SFBI

المصدر: Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2024) ; https://hal.science/hal-04669313 ; Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2024), Jun 2024, Toulouse, France. ; https://jobim2024.sciencesconf.org/

مصطلحات موضوعية: Cancer, PDAC, Deconvolution, Omics, Single-cell, [SDV.CAN]Life Sciences [q-bio]/Cancer, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [SDV.BBM.GTP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Genomics [q-bio.GN], [SDV.IB]Life Sciences [q-bio]/Bioengineering, [SDV.MHEP.HEG]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Hépatology and Gastroenterology

جغرافية الموضوع: Toulouse, France

الاتاحة: https://hal.science/hal-04669313
https://hal.science/hal-04669313v1/document
https://hal.science/hal-04669313v1/file/2024_poster_COBICA_deconvPDAC.pdf

المؤلفون: Kämpfer, Peter, Lipski, André, Lamothe, Lucie, Clermont, Dominique, Criscuolo, Alexis, McInroy, John A., Glaeser, Stefanie P.

مصطلحات موضوعية: ddc:630

وصف الملف: application/pdf

Relation: https://jlupub.ub.uni-giessen.de//handle/jlupub/18941; http://dx.doi.org/10.22029/jlupub-18302

الاتاحة: https://jlupub.ub.uni-giessen.de//handle/jlupub/18941
https://doi.org/10.22029/jlupub-18302

المؤلفون: Kämpfer, Peter, Lipski, André, Lamothe, Lucie, Clermont, D., Criscuolo, Alexis, Mcinroy, John, A, Glaeser, Stefanie, P

المساهمون: Justus-Liebig-Universität Gießen = Justus Liebig University (JLU), Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Collection de l'Institut Pasteur (CIP), Auburn University (AU), Open Access funding enabled and organised by Projekt DEAL., We acknowledge the help of the HPC Core Facility of the Institut Pasteur for this work. We also thank Bettina Becker and David Heidler von Heilborn for support concerning quinone and polar lipid analyses, and Prof. Aharon Oren for his help with the etymology of the species epithet.

المصدر: ISSN: 0003-6072.

مصطلحات موضوعية: Endophyte, Paenibacillus plantiphilus, Plant associated, Taxonomy, Zea mays, [SDV.BID.SPT]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity/Systematics, Phylogenetics and taxonomy

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37338631; pasteur-04135943; https://pasteur.hal.science/pasteur-04135943; https://pasteur.hal.science/pasteur-04135943/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-04135943/file/2023-Kampfer.et.al-AntonieVanLeeuwenhoek.pdf; PUBMED: 37338631

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-04135943
https://pasteur.hal.science/pasteur-04135943/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-04135943/file/2023-Kampfer.et.al-AntonieVanLeeuwenhoek.pdf
https://doi.org/10.1007/s10482-023-01852-x

المؤلفون: Kämpfer, Peter, Lipski, André, Lamothe, Lucie, Clermont, Dominique, Criscuolo, Alexis, McInroy, John A., Glaeser, Stefanie P.

مصطلحات موضوعية: Paenibacillus allorhizoplanae, Taxonomy, Zea mays, Endophyte, Plant associated, Genome sequence, ddc:630

وصف الملف: application/pdf

Relation: https://jlupub.ub.uni-giessen.de//handle/jlupub/18661; http://dx.doi.org/10.22029/jlupub-18025

الاتاحة: https://jlupub.ub.uni-giessen.de//handle/jlupub/18661
https://doi.org/10.22029/jlupub-18025

المؤلفون: Lamothe, Lucie, Gaignard, Alban, Kierkegaard, Mads, Eldakroury, Hager, Black, Melissa, Brancotte, Bryan, Ison, Jon, Schwämmle, Veit, Kalaš, Matúš, Ménager, Hervé

المساهمون: Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ITX - unité de recherche de l'institut du thorax (ITX), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Nantes - UFR de Médecine et des Techniques Médicales (UFR MEDECINE), Université de Nantes (UN)-Université de Nantes (UN), University of Southern Denmark (SDU), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics, Institut Pasteur Paris (IP), University of Bergen (UiB)

المصدر: JOBIM ; https://hal.science/hal-03702557 ; JOBIM, Jul 2022, Rennes, France. ⟨10.5281/zenodo.6769072⟩

مصطلحات موضوعية: Ontology, Life sciences, Open Science, FAIR, Computational tools, Learning materials, Standards, Data management, [SDV]Life Sciences [q-bio], [INFO]Computer Science [cs]

جغرافية الموضوع: Rennes, France

الاتاحة: https://hal.science/hal-03702557
https://hal.science/hal-03702557v1/document
https://hal.science/hal-03702557v1/file/EDAM%20ontology,%20life%20science%20ontology%20of%20data%20analysis%20and%20management%20%20%28Poster%20JOBIM%202022%29.pdf
https://doi.org/10.5281/zenodo.6769072

المؤلفون: Lamothe, Lucie, Jensen, Jennifer Rugaard Bregndahl, Ienasescu, Hans, Gustafsson, Ove Johan Ragnar, Gaignard, Alban, Repchevsky, Dmitry, Svobodová, Radka, Raček, Tomáš, Antol, Matej, Palmblad, Magnus, Kalaš, Matúš, Ménager, Hervé

المساهمون: Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Melbourne, Institut du Thorax Nantes, Barcelona Supercomputing Center - Centro Nacional de Supercomputacion (BSC-CNS), Instituto Nacional de Bioinformática = Spanish National Bioinformatics Institute Barcelona, Spain (INB-ISCIII), Central European Institute of Technology Brno (CEITEC MU), Brno University of Technology Brno (BUT), Leiden University Medical Center (LUMC), Universiteit Leiden = Leiden University, University of Bergen (UiB), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), the Australian BioCommons which is enabled by NCRIS via Bioplatforms Australia funding, ELIXIR, European Project: 211601,EC:FP7:INFRA,FP7-INFRASTRUCTURES-2007-1,ELIXIR(2007)

المصدر: https://hal.science/hal-04206284 ; ELIXIR. 2023.

مصطلحات موضوعية: [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM], [INFO]Computer Science [cs]

Relation: info:eu-repo/grantAgreement/EC/FP7/211601/EU/European Life-science Infrastructure for Biological Information/ELIXIR

الاتاحة: https://hal.science/hal-04206284
https://hal.science/hal-04206284v1/document
https://hal.science/hal-04206284v1/file/An%20evaluation%20of%20EDAM%20coverage%20in%20the%20Tools%20Ecosystem%20and%20prototype%20integration%20of%20Galaxy%20and%20WorkflowHub%20systems-1.pdf
https://doi.org/10.37044/osf.io/79kje

المؤلفون: Hatat, Anne‐Sophie, Benoit‐Pilven, Clara, Pucciarelli, Amélie, de Fraipont, Florence, Lamothe, Lucie, Perron, Pascal, Rey, Amandine, Levra, Matteo Giaj, Toffart, Anne‐Claire, Auboeuf, Didier, Eymin, Beatrice, Gazzeri, Sylvie

المساهمون: Ligue Contre le Cancer, Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer, Institut National Du Cancer, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale

المصدر: Molecular Oncology ; volume 16, issue 19, page 3490-3508 ; ISSN 1574-7891 1878-0261

الاتاحة: http://dx.doi.org/10.1002/1878-0261.13229
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1002/1878-0261.13229
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full-xml/10.1002/1878-0261.13229
https://febs.onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1002/1878-0261.13229

المؤلفون: Kämpfer, Peter, Lipski, André, Lamothe, Lucie, Clermont, Dominique, Criscuolo, Alexis, Mcinroy, John, Glaeser, Stefanie

المساهمون: Justus-Liebig-Universität Gießen = Justus Liebig University (JLU), Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur Paris (IP), Collection de l'Institut Pasteur (CIP), Auburn University (AU), Open Access funding enabled and organized by Projekt DEAL. No funding was received., We thank Gundula Will, Maria Sowinsky and Katja Grebing for excellent technical assistance and Prof. Aharon Oren for his help with the etymology of the specific epithet. We also acknowledge the help of the HPC Core Facility of the Institut Pasteur for this work.

المصدر: ISSN: 0302-8933.

مصطلحات موضوعية: [SDE]Environmental Sciences, [SDV.BID]Life Sciences [q-bio]/Biodiversity

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/36115912; pasteur-03791319; https://pasteur.hal.science/pasteur-03791319; https://pasteur.hal.science/pasteur-03791319/document; https://pasteur.hal.science/pasteur-03791319/file/s00203-022-03225-w.pdf; PUBMED: 36115912; PUBMEDCENTRAL: PMC9482572

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-03791319
https://pasteur.hal.science/pasteur-03791319/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-03791319/file/s00203-022-03225-w.pdf
https://doi.org/10.1007/s00203-022-03225-w

المؤلفون: Lapalu, Nicolas, Lamothe, Lucie, Petit, Yohann, Genissel, Anne, Delude, Camille, Feurtey, Alice, Abraham, Leen, Smith, Dan, King, Robert, Renwick, Alison, Appertet, Mélanie, Sucher, Justine, Steindorff, Andrei, Goodwin, Stephen, Kema, Gert H.J., Grigoriev, Igor, Hane, James, Rudd, Jason, Stukenbrock, Eva, Croll, Daniel, Scalliet, Gabriel, Lebrun, Marc-Henri

المساهمون: BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Syngenta AG Suisse, Department of Biology ETH Zürich (D-BIOL), Eidgenössische Technische Hochschule - Swiss Federal Institute of Technology Zürich (ETH Zürich), Université de Neuchâtel = University of Neuchatel (UNINE), Rothamsted Research, Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC), Curtin University, Joint Genome Institute (JGI), United States Department of Energy, United States Department of Agriculture (USDA), Wageningen University and Research Wageningen (WUR), Max-Planck-Institut

المصدر: https://hal.science/hal-04542681 ; 2024.

مصطلحات موضوعية: [SDE]Environmental Sciences

Relation: BIORXIV: 2023.04.26.537486

الاتاحة: https://hal.science/hal-04542681
https://doi.org/10.1101/2023.04.26.537486

المؤلفون: Black, Melissa, Lamothe, Lucie, Eldakroury, Hager, Kierkegaard, Mads, Priya, Ankita, Machinda, Anne, Singh Khanduja, Uttam, Patoliya, Drashti, Rathi, Rashika, Che Nico, Tawah Peggy, Umutesi, Gloria, Blankenburg, Claudia, Op, Anita, Chieke, Precious, Babatunde, Omodolapo, Laurie, Steve, Neumann, Steffen, Schwämmle, Veit, Kuzmin, Ivan, Hunter, Chris, Karr, Jonathan, Ison, Jon, Gaignard, Alban, Brancotte, Bryan, Ménager, Hervé, Kalaš, Matúš

Relation: https://doi.org/10.7490/f1000research.1118900.1

الاتاحة: https://hdl.handle.net/11250/2988255

المؤلفون: Lebrun, Marc-Henri, Lapalu, Nicolas, Lamothe, Lucie, Petit, Yohann, Gabriel, Scalliet

المساهمون: BIOlogie et GEstion des Risques en agriculture (BIOGER), Université Paris-Saclay-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Syngenta Crop Protection, Stein, Switzerland, Susanne Zeilinger-Migsich, Hubertus Haas

المصدر: 16TH EUROPEAN CONFERENCE ON FUNGAL GENETICS
https://hal.inrae.fr/hal-04102741
16TH EUROPEAN CONFERENCE ON FUNGAL GENETICS, Susanne Zeilinger-Migsich
Hubertus Haas, Mar 2023, Innsbruck, Austria. pp.625
https://www.ecfg16.org/

مصطلحات موضوعية: genome, sequence, fungal, Wheat, [SDV]Life Sciences [q-bio]

جغرافية الموضوع: Innsbruck, Austria

الاتاحة: https://hal.inrae.fr/hal-04102741

المؤلفون: Kämpfer, Peter, Lipski, André, Mcinroy, John, A, Clermont, D., Lamothe, Lucie, Glaeser, Stefanie, P, Criscuolo, Alexis

المساهمون: Justus-Liebig-Universität Gießen = Justus Liebig University (JLU), Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn, Auburn University (AU), Collection de l'Institut Pasteur (CIP), Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB

المصدر: ISSN: 1466-5026.

مصطلحات موضوعية: endophyte, Paenibacillus auburnensis, Paenibacillus pseudetheri, plant associated, taxonomy and Zea mays, [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37014794; pasteur-04110096; https://pasteur.hal.science/pasteur-04110096; PUBMED: 37014794

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-04110096
https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005808