المؤلفون: Izadi, Arman, Karami, Yasaman, Bratanis, Eleni, Wrighton, Sebastian, Khakzad, Hamed, Nyblom, Maria, Olofsson, Berit, Happonen, Lotta, Tang, Di, Sundwall, Martin, Godzwon, Magdalena, Chao, Yashuan, Gomez Toledo, Alejandro, Schmidt, Tobias, Ohlin, Mats, Nilges, Michael, Malmström, Johan, Bahnan, Wael, Shannon, Oonagh, Malmström, Lars, Nordenfelt, Pontus

المصدر: Nature Communications NanoLund: Centre for Nanoscience. 15:1-22

مصطلحات موضوعية: Medicin och hälsovetenskap, Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper, Immunologi inom det medicinska området, Medical and Health Sciences, Basic Medicine, Immunology in the medical area

URL الوصول: https://lup.lub.lu.se/record/8f0da2eb-c108-4fb3-9a71-1bdd0da37c90
http://dx.doi.org/10.1038/s41467-024-47928-8

المؤلفون: Temmam, Sarah, Vongphayloth, Khamsing, Tu, Tran Cong, Regnault, Béatrice, Bonomi, Massimiliano, Baquero, Eduard, Hérate, Cécile, Munier, Sandie, Chrétien, Delphine, Donati, Flora, Bigot, Thomas, Vendramini, Léa, Pérot, Philippe, Karami, Yasaman, Dehan, Océane, Amara, Faustine, Douangboubpha, Bounsavane, Sanamxay, Daosavanh, Xayaphet, Vilakhan, Paphaphanh, Phetphoumin, Somlor, Somphavanh, Lakeomany, Khaithong, Phommavanh, Nothasin, Attia, Mikael, Conquet, Laurine, Jouvion, Grégory, Fonseca, Juliana Pipoli Da, Cokelaer, Thomas, Duong, Tran Nhu, Phong, Tran Vu, Yen, Nguyen Thi, Anh, Hoang Ngoc, Son, Tran Hai, Anh, Pham Tuan, Thong, Vu Dinh, Relouzat, Francis, Naninck, Thibaut, Lemaitre, Julien, Derreudre-Bosquet, Nathalie, Pascal, Quentin, Nilges, Michael, Lacoste, Vincent, Montagutelli, Xavier, Nam, Vu Sinh, Grand, Roger Le, Rey, Félix A., Werf, Sylvie van Der, Brey, Paul T., Eloit., Marc

المساهمون: Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur du Laos, Pasteur Network (Réseau International des Instituts Pasteur), National Institute of Hygiene and Epidemiology / Institut National d'Hygiène et d'Épidémiologie Hanoi, Vietnam (NIHE), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Virologie Structurale - Structural Virology, Immunologie des maladies virales, auto-immunes, hématologiques et bactériennes (IMVA-HB), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Saclay, Infectious Diseases Models for Innovative Therapies (IDMIT), Université Paris-Saclay-Institut de Biologie François JACOB (JACOB), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Centre National de Référence des virus respiratoires (dont la grippe et le SARS-CoV2) Paris (CNR - laboratoire associé), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB, National University of Laos, Génétique de la souris - Mouse Genetics, École nationale vétérinaire d'Alfort (ENVA), Biomics (plateforme technologique), Vietnam Academy of Science and Technology (VAST), ANR, Institut Pasteur, Horizon 2020 European Union Funding for Research and Innovation, ANR-10-LABX-0062,IBEID,Integrative Biology of Emerging Infectious Diseases(2010)

المصدر: 8th World One Health Congress
https://pasteur.hal.science/pasteur-04727508
8th World One Health Congress, Sep 2024, Cape Town / Le Cap, South Africa

مصطلحات موضوعية: [SDV.EE]Life Sciences [q-bio]/Ecology, environment, [SDV.MHEP.ME]Life Sciences [q-bio]/Human health and pathology/Emerging diseases, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology

جغرافية الموضوع: Cape Town / Le Cap, South Africa

Time: Cape Town / Le Cap, South Africa

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-04727508
https://pasteur.hal.science/pasteur-04727508v1/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-04727508v1/file/Poster_v2.pdf

المؤلفون: Karami, Yasaman, Bignon, Emmanuelle

المساهمون: Centre National de la Recherche Scientifique, Grand Équipement National De Calcul Intensif

المصدر: Computational and Structural Biotechnology Journal ; volume 23, page 1387-1396 ; ISSN 2001-0370

الاتاحة: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2024.03.025
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S2001037024000795?httpAccept=text/xml
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S2001037024000795?httpAccept=text/plain

المؤلفون: Karami, Yasaman

Thesis Advisors: Paris 6, Carbone, Alessandra

مصطلحات موضوعية: Structure des protéines, Dynamiques des protéines, Mutation, Allostérie, Dynamique moléculaire, Protein structure and dynamics, Allosteric communication, Molecular dynamics, 004

الاتاحة: http://www.theses.fr/2016PA066375/document

المؤلفون: Karami, Yasaman, González-Alemán, Roy, Duch, Mailys, Qiu, Yuya, Kedjar, Yani, Bignon, Emmanuelle

المساهمون: Department of Complex Systems, Artificial Intelligence & Robotics (LORIA - AIS), Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratory of Computational and Theoretical Chemistry, Faculty of Chemistry, University of Havana, Havana, Cuba (LQCT), University of Havana = Universidad de la Habana (UH), Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de Physique et Chimie Théoriques (LPCT), Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)

المصدر: https://hal.science/hal-04746825 ; 2024.

مصطلحات موضوعية: [CHIM.THEO]Chemical Sciences/Theoretical and/or physical chemistry

Relation: BIORXIV: 2024.10.07.616940

الاتاحة: https://hal.science/hal-04746825
https://hal.science/hal-04746825v1/document
https://hal.science/hal-04746825v1/file/2024.10.07.616940.full.pdf
https://doi.org/10.1039/cXCP00000x

المؤلفون: Karami, Yasaman, Murail, Samuel, Giribaldi, Julien, Lefranc, Benjamin, Defontaine, Florian, Lesouhaitier, Olivier, Leprince, Jérôme, de Vries, Sjoerd, Tufféry, Pierre

المساهمون: Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA (UMR_8251 / U1133)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Institut des Biomolécules Max Mousseron Pôle Chimie Balard (IBMM), Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Montpellier (UM)-Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier (ENSCM), Université de Montpellier (UM), Neuroendocrine, Endocrine and Germinal Differentiation Communication (NorDic), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), High-tech Research Infrastructures for Life Sciences (HeRacLeS), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institute for Research and Innovation in Biomedicine (IRIB), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Institut de Chimie - CNRS Chimie (INC-CNRS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Communication Bactérienne et Stratégies Anti-infectieuses (CBSA), Université de Caen Normandie (UNICAEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU), Funding from ANR-10-BINF-0003 (BipBip), ANR-14-2011-IFB, INSERM U 1133, Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale (RPBS) is acknowledged., ANR-10-BINF-0003,Bip:Bip,Paradigme d'inference bayesienne pour la Biologie structurale in silico(2010)

المصدر: ISSN: 1549-9596.

مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/37827517; PUBMED: 37827517; PUBMEDCENTRAL: PMC10599322

الاتاحة: https://hal.science/hal-04406845
https://hal.science/hal-04406845v1/document
https://hal.science/hal-04406845v1/file/ci3c00865.pdf
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.3c00865

المؤلفون: Temmam, Sarah, Vongphayloth, Khamsing, Baquero Salazar, Eduard, Munier, Sandie, Bonomi, Massimiliano, Regnault, Béatrice, Douangboubpha, Bounsavane, Karami, Yasaman, Chrétien, Delphine, Sanamxay, Daosavanh, Xayaphet, Vilakhan, Paphaphanh, Phetphoumin, Lacoste, Vincent, Somlor, Somphavanh, Lakeomany, Khaithong, Phommavanh, Nothasin, Pérot, Philippe, Dehan, Océane, Amara, Faustine, Donati, Flora, Bigot, Thomas, Nilges, Michael, Rey, Félix, van Der Werf, Sylvie, Brey, Paul, Eloit, Marc

المساهمون: Découverte de pathogènes – Pathogen discovery, Institut Pasteur Paris (IP)-Université Paris Cité (UPCité), Centre Collaborateur de l'OIE de Détection et identification chez l’homme des pathogènes animaux émergents et développement d’outils pour leur diagnostic / Collaborating Center for the Detection and identification in humans of emerging animal pathogens and development of tools for their diagnoses (CCOIE-OIECC), Institut Pasteur Paris (IP)-Organisation Mondiale de la Santé Animale / World Organisation Animal Health Paris (OIE)-Université Paris Cité (UPCité), Institut Pasteur du Laos, Pasteur Network (Réseau International des Instituts Pasteur), Virologie Structurale - Structural Virology, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Génétique Moléculaire des Virus à ARN - Molecular Genetics of RNA Viruses (GMV-ARN (UMR_3569 / U-Pasteur_2)), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, National University of Laos, Centre National de Référence des virus des infections respiratoires (dont la grippe) - National Reference Center Virus Influenzae Paris (CNR - laboratoire coordonnateur), Hub Bioinformatique et Biostatistique - Bioinformatics and Biostatistics HUB

المصدر: Journées Francophones de Virologie ; https://pasteur.hal.science/pasteur-03663296 ; Journées Francophones de Virologie, Apr 2022, Strasbourg, France

مصطلحات موضوعية: coronavirus, chauve-souris, pandémie, [SDV.MP.VIR]Life Sciences [q-bio]/Microbiology and Parasitology/Virology, [SDE.BE]Environmental Sciences/Biodiversity and Ecology

جغرافية الموضوع: Strasbourg, France

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-03663296
https://pasteur.hal.science/pasteur-03663296v1/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-03663296v1/file/Talk%20JFV2022_v2.pdf

المؤلفون: Izadi-Pruneyre, Nadia, Karami, Yasaman, Nilges, Michael

المساهمون: Systèmes transmembranaires bactériens - Bacterial transmembrane systems, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Inria Nancy - Grand Est, Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria), Department of Complex Systems, Artificial Intelligence & Robotics (LORIA - AIS), Laboratoire Lorrain de Recherche en Informatique et ses Applications (LORIA), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Université de Lorraine (UL)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Lorraine (UL), Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics

المصدر: Macromolecular Protein Complexes V ; https://hal.science/hal-04671491 ; Macromolecular Protein Complexes V, 104, Springer International Publishing, pp.549-563, 2024, Subcellular Biochemistry, ⟨10.1007/978-3-031-58843-3_21⟩

مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: hal-04671491; https://hal.science/hal-04671491

الاتاحة: https://hal.science/hal-04671491
https://doi.org/10.1007/978-3-031-58843-3_21

المؤلفون: Temmam, Sarah, Vongphayloth, Khamsing, Baquero, Eduard, Munier, Sandie, Bonomi, Massimiliano, Regnault, Béatrice, Douangboubpha, Bounsavane, Karami, Yasaman, Chrétien, Delphine, Sanamxay, Daosavanh, Xayaphet, Vilakhan, Paphaphanh, Phetphoumin, Lacoste, Vincent, Somlor, Somphavanh, Lakeomany, Khaithong, Phommavanh, Nothasin, Pérot, Philippe, Dehan, Océane, Amara, Faustine, Donati, Flora, Bigot, Thomas, Nilges, Michael, Rey, Félix A., Werf, Sylvie van der, Brey, Paul T., Eloit, Marc

المصدر: Nature, 604, 330-336, (2022-02-16)

مصطلحات موضوعية: Biodiversity, Taxonomy

Relation: https://doi.org/10.5281/zenodo.6419065; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419067; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419069; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419071; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419073; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419105; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419075; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419077; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419079; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419107; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419081; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419111; https://doi.org/10.5281/zenodo.6419083; https://doi.org/10.3389/fpubh.2020.581569; https://doi.org/10.1101/2021.05.31.446374; https://doi.org/10.1128/mBio.00760-20; https://doi.org/10.1111/tbed.14105; https://zenodo.org/communities/biosyslit; oai:zenodo.org:6419063; lsid:urn:lsid:plazi.org:pub:FFAAFF911E43D104D6427538FF95065B

الاتاحة: https://doi.org/10.1038/s41586-022-04532-4

المؤلفون: Khakzad, Hamed, Happonen, Lotta, Karami, Yasaman, Chowdhury, Sounak, Bergdahl, Gizem Ertürk, Nilges, Michael, Tran Van Nhieu, Guy, Malmström, Johan, Malmström, Lars

المصدر: PLoS Computational Biology. 17(1)

مصطلحات موضوعية: Medicin och hälsovetenskap, Klinisk medicin, Infektionsmedicin, Medical and Health Sciences, Clinical Medicine, Infectious Medicine

URL الوصول: https://lup.lub.lu.se/record/8f043d21-9529-4edc-a8d2-fe8a6a18ca4b
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008169

المؤلفون: Karami, Yasaman, López-Castilla, Aracelys, Ori, Andrea, Thomassin, Jenny-Lee, Bardiaux, Benjamin, Malliavin, Therese, Izadi-Pruneyre, Nadia, Francetic, Olivera, Nilges, Michael

المساهمون: Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Résonance Magnétique Nucléaire des Biomolécules, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Biochimie des Interactions Macromoléculaires / Biochemistry of Macromolecular Interactions, This work was funded by the Institut Pasteur, the Centre National de la Recherche Scientifique, the Fondation pour la Recherche Medicale (Equipe FRM 2017M.DEQ20170839114 to Y.K., A.C.L., N.I.P., and M.N.), the French Agence Nationale de la Recherche (grant ANR-19-CE11-0020 to O.F., N.I.P., and M.N.), the Institut Pasteur Roux-Cantarini fellowship and NSERC grant (to J.L.T.), Fulbright fellowship (to A.O.). Y.K. acknowledges the PRACE for awarding access to Piz Daint at CSCS, Switzerland., ANR-19-CE11-0020,SYNERGY_T2SS,Structure et fonction moléculaire du pseudopilus dans la sécrétion de protéines par lla voiè de type 2(2019)

المصدر: ISSN: 0969-2126 ; Structure ; https://pasteur.hal.science/pasteur-03380000 ; Structure, 2021, 29, pp.1-13. ⟨10.1016/j.str.2021.07.008⟩.

مصطلحات موضوعية: Type IV pili, Escherichia coli, EHEC, pilus stability, pilus dynamics, calcium binding, molecular dynamics, [INFO.INFO-MO]Computer Science [cs]/Modeling and Simulation, [SDV.BBM.BP]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology/Biophysics

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/3452073; PUBMED: 3452073

الاتاحة: https://pasteur.hal.science/pasteur-03380000
https://pasteur.hal.science/pasteur-03380000v2/document
https://pasteur.hal.science/pasteur-03380000v2/file/PIIS0969212621002586.pdf
https://doi.org/10.1016/j.str.2021.07.008

المؤلفون: Spill, Yannick, G, Karami, Yasaman, Maisonneuve, Pierre, Wolff, Nicolas, Nilges, Michael

المساهمون: Bioinformatique structurale - Structural Bioinformatics, Institut Pasteur Paris (IP)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Cellule Pasteur UPMC, Institut Pasteur Paris (IP)-Sorbonne Université (SU), Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute Toronto, Canada, Plateforme technologique de RMN biologique - Biological NMR Technological Platform, This work was supported by The Fondation pour la Recherche Medicale (Equipe FRM 2017M.DEQ20170839114) to YK and MN. PM was supported by grants from the Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche and the Fondation pour la Recherche Médicale (FDT20130927999).

المصدر: ISSN: 2296-889X ; Frontiers in Molecular Biosciences ; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03268506 ; Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, 8, pp.671011. ⟨10.3389/fmolb.2021.671011⟩.

مصطلحات موضوعية: SAXS, bayesian scoring, automatic weighting, inferential structure determination, PTPN4, allosteric regulation, conformational dynamics, [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/34150847; hal-03268506; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03268506; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03268506/document; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03268506/file/fmolb-08-671011.pdf; PUBMED: 34150847; PUBMEDCENTRAL: PMC8212126

الاتاحة: https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03268506
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03268506/document
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03268506/file/fmolb-08-671011.pdf
https://doi.org/10.3389/fmolb.2021.671011

المؤلفون: Karami, Yasaman, Francetic, Olivera, Izadi Pruneyre, Nadia, Nilges, Michael

المصدر: Biophysical Journal ; volume 120, issue 3, page 294a ; ISSN 0006-3495

الاتاحة: http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2020.11.1885
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0006349520327922?httpAccept=text/xml
https://api.elsevier.com/content/article/PII:S0006349520327922?httpAccept=text/plain

المؤلفون: Izadi, Arman, Karami, Yasaman, Bratanis, Eleni, Wrighton, Sebastian, Khakzad, Hamed, Nyblom, Maria, Olofsson, Berit, Happonen, Lotta, Tang, Di, Sundwall, Martin, Godzwon, Magdalena, Chao, Yashuan, Toledo, Alejandro Gomez, Schmidt, Tobias, Ohlin, Mats, Nilges, Michael, Malmström, Johan, Bahnan, Wael, Shannon, Oonagh, Malmström, Lars

المصدر: Nature Communications; 3/6/2024, Vol. 15 Issue 1, p1-22, 22p

المؤلفون: Karami, Yasaman, Saighi, Paul, Vanderhaegen, Rémy, Gerlier, Denis, Longhi, Sonia, Laine, Elodie, Carbone, Alessandra

المساهمون: Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Immunobiologie des infections virales – Immunobiology of Viral Infections CIRI (IbIV), Centre International de Recherche en Infectiologie (CIRI), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon), Université de Lyon-Université de Lyon-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon), Université de Lyon-Université Jean Monnet - Saint-Étienne (UJM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Architecture et fonction des macromolécules biologiques (AFMB), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Institut de pharmacologie et de biologie structurale (IPBS), Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3), Université de Toulouse (UT)-Université de Toulouse (UT)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-11-BINF-0003,MAPPING,Vers une cartographie haute résolution des interactions protéiques à l'échelle du génome.(2011), ANR-10-EQPX-0029,EQUIP@MESO,Equipement d'excellence de calcul intensif de Mesocentres coordonnés - Tremplin vers le calcul petaflopique et l'exascale(2010), ANR-11-IDEX-0004,SUPER,Sorbonne Universités à Paris pour l'Enseignement et la Recherche(2011), ANR-11-LABX-0037,CALSIMLAB,LABEX pour la modélisation et la simulation scientifiques en recherche(2011)

المصدر: ISSN: 1471-2105 ; BMC Bioinformatics ; https://hal.science/hal-03154196 ; BMC Bioinformatics, 2020, 21 (S19), ⟨10.1186/s12859-020-03867-x⟩.

مصطلحات موضوعية: Protein structure, Protein dynamics, Coiled-coil, Molecular dynamics, Protein disorder, Protein stability, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM], [SDV.BBM]Life Sciences [q-bio]/Biochemistry, Molecular Biology

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/33349244; PUBMED: 33349244; WOS: 000602690400001

الاتاحة: https://hal.science/hal-03154196
https://hal.science/hal-03154196v2/document
https://hal.science/hal-03154196v2/file/Karami%20et%20al%20BMC%20Bioinformatics%202020.pdf
https://doi.org/10.1186/s12859-020-03867-x

المؤلفون: Temmam, Sarah, Vongphayloth, Khamsing, Salazar, Eduard Baquero, Munier, Sandie, Bonomi, Massimiliano, Régnault, Béatrice, Douangboubpha, Bounsavane, Karami, Yasaman, Chretien, Delphine, Sanamxay, Daosavanh, Xayaphet, Vilakhan, Paphaphanh, Phetphoumin, Lacoste, Vincent, Somlor, Somphavanh, Lakeomany, Khaithong, Phommavanh, Nothasin, Pérot, Philippe, Donati, Flora, Bigot, Thomas, Nilges, Michael, Rey, Félix, Werf, Sylvie van Der, Brey, Paul, Eloit, Marc

المساهمون: Institut Pasteur Paris (IP), National University of Laos, Institut Pasteur du Laos, Pasteur Network (Réseau International des Instituts Pasteur), The work was funded by an Institut Pasteur “Covid Taskforce” and in part by the H2020 project 101003589 (RECOVER) grants. Field and laboratory work at IP-Laos was also funded by a UK embassy grant (Grant No. INT 2021/LOV C19 02) and Luxembourg Development special grant (Grant No. LAO/030·202324)., The authors want to thank Souand Mohamed Ali, Nicolas Da Rocha, Thonglakhone Xaybounsou, and Somsanith Chonephetsarath for their help at the bench. Next-generation sequencing was performed with the help of Biomics Platform, C2RT, Institut Pasteur, Paris, France, supported by France Génomique (ANR-10-INBS-09-09), IBISA, and the Illumina COVID-19 Projects’ offer. The work was granted access to the HPC resources of IDRIS under the allocation 2020-101592 made by GENCI. We thank the Ministry of Health and the Ministry of Natural Resources and Environments, Lao PDR, for their authorization of the field work and the Faculty of Environmental Science for its authorization of the field research collaboration., ANR-10-INBS-0009,France Génomique,Organisation et montée en puissance d'une Infrastructure Nationale de Génomique(2010), European Project: 101003589, H2020-SC1-PHE-CORONAVIRUS-2020,RECOVER(2020)

المصدر: https://hal.science/hal-03417488 ; 2021.

مصطلحات موضوعية: Coronaviruses, SARS-CoV-2, spike sequence, angiotensin-converting enzyme 2 pathway, receptor-binding domain, cave bats, Indochinese peninsula, [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/grantAgreement//101003589/EU/Rapid European COVID-19 Emergency Response research/RECOVER

الاتاحة: https://hal.science/hal-03417488
https://hal.science/hal-03417488v1/document
https://hal.science/hal-03417488v1/file/986c09ca-d494-4a7c-a65b-9eec9c0a06b8.pdf
https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-871965/v1

المؤلفون: Karami, Yasaman, Rey, Julien, Postic, Guillaume, Murail, Samuel, Tuffery, Pierre, de Vries, Sjoerd J.

المساهمون: Unité de Biologie Fonctionnelle et Adaptative (BFA (UMR_8251 / U1133)), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Cité (UPCité), Ressource Parisienne en Bioinformatique Structurale, Institut Français de Bioinformatique (IFB-CORE), Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), ANR-10-BINF-0003,Bip:Bip,Paradigme d'inference bayesienne pour la Biologie structurale in silico(2010)

المصدر: ISSN: 0305-1048.

مصطلحات موضوعية: [SDV]Life Sciences [q-bio]

Relation: info:eu-repo/semantics/altIdentifier/pmid/3111487; hal-03201549; https://cnrs.hal.science/hal-03201549; https://cnrs.hal.science/hal-03201549/document; https://cnrs.hal.science/hal-03201549/file/gkz403.pdf; PUBMED: 3111487; PUBMEDCENTRAL: PMC6602439; WOS: 000475901600061

الاتاحة: https://cnrs.hal.science/hal-03201549
https://cnrs.hal.science/hal-03201549/document
https://cnrs.hal.science/hal-03201549/file/gkz403.pdf
https://doi.org/10.1093/nar/gkz403

المؤلفون: Laine, Elodie, Karami, Yasaman, Carbone, Alessandra

المساهمون: Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), ANR-11-IDEX-0004,SUPER,Sorbonne Universités à Paris pour l'Enseignement et la Recherche(2011), ANR-11-LABX-0037,CALSIMLAB,LABEX pour la modélisation et la simulation scientifiques en recherche(2011)

المصدر: ISSN: 0737-4038.

مصطلحات موضوعية: protein, epistasis, mutational landscape, evolution, conservation, viral sequence, mutation, [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Relation: hal-02431792; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02431792; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02431792/document; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02431792/file/msz179.pdf

الاتاحة: https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02431792
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02431792/document
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02431792/file/msz179.pdf
https://doi.org/10.1093/molbev/msz179

المؤلفون: Karami, Yasaman, Guyon, Frédéric, de Vries, Sjoerd, Tufféry, Pierre

المساهمون: Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Molécules Thérapeutiques in silico (MTI), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université Paris Diderot - Paris 7 (UPD7), ANR-10-BINF-0003,Bip:Bip,Paradigme d'inference bayesienne pour la Biologie structurale in silico(2010)

المصدر: ISSN: 2045-2322.

مصطلحات موضوعية: [SDV.BIBS]Life Sciences [q-bio]/Quantitative Methods [q-bio.QM]

Relation: hal-03824438; https://hal.science/hal-03824438; https://hal.science/hal-03824438/document; https://hal.science/hal-03824438/file/s41598-018-32079-w.pdf

الاتاحة: https://hal.science/hal-03824438
https://hal.science/hal-03824438/document
https://hal.science/hal-03824438/file/s41598-018-32079-w.pdf
https://doi.org/10.1038/s41598-018-32079-w

المؤلفون: Karami, Yasaman, Bitard-Feildel, Tristan, Laine, Elodie, Carbone, Alessandra

المساهمون: Biologie Computationnelle et Quantitative = Laboratory of Computational and Quantitative Biology (LCQB), Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Biologie Paris Seine (IBPS), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut des Sciences du Calcul et des Données (ISCD), Sorbonne Université (SU), Institut universitaire de France (IUF), Ministère de l'Education nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche (M.E.N.E.S.R.)

المصدر: ISSN: 2045-2322.

مصطلحات موضوعية: Computational biology and bioinformatics, Mathematics and computing, [INFO.INFO-BI]Computer Science [cs]/Bioinformatics [q-bio.QM]

Relation: hal-01911176; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01911176; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01911176/document; https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01911176/file/s41598-018-34508-2.pdf

الاتاحة: https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01911176
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01911176/document
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01911176/file/s41598-018-34508-2.pdf
https://doi.org/10.1038/s41598-018-34508-2